清代頻繁的修繕、重修活動中，以康熙二十三年重修工程對宋構大殿原建築麵貌影響最大。此次重修大殿可以說是一次利弊參半的修繕工程。經過修繕，大殿由原先麵闊三間、進深三間的單簷九脊殿，變成了麵闊五間、進深五間的重簷歇山頂建築，其外觀一改宋式建築的模樣，而成為江南常見的清代佛殿的形象。好在此次修繕對宋代木構架部分未作較大的變動，且四周所加各一間對被包裹的宋代木構部分在客觀上起了一定的保護作用。
清代前期大小數十次的修繕、重建活動，使保國寺的總體布局產生了較大改變，逐步向今天所存的寺院建築格局接近。由於此時尚無鼓樓，因而保國寺的布局仍然保留些許唐宋時期佛教寺院形製中有鍾樓而無鼓樓早期布局痕跡。嘉慶時期鍾樓的移建和鼓樓增建，是一次改變原有建置，按照明清時期通行的寺院格局對保國寺進行改建的舉措。可以說，保國寺的寺院建置和建築布局最終脫宋入清，是在清代嘉慶時期最終完成的。
5.“第五次建置”--民國時期保國寺的修繕
清代嘉慶以後保國寺修繕活動不多，見於記載的隻有鹹豐四年（1854）重鑄大鍾；宣統二年（1910）天王殿毀於火，宣統三年（1911）僧一齋募建天王殿，民國3年（1914）竣工等。除了完成天王殿的重建外，民國時期有幾次規模較大的修繕活動。按民國《保國寺誌》的說法，“迄今民國九年，一齋監院開辟後山基地數十丈，擬重修大殿，改造觀音殿，建造方丈殿，工程浩大，此為第五次之建置矣。”大殿似乎沒有重修，觀音殿在民國9年（1920）得到了翻造。此外，民國23年（1934）還增建了藏經樓等。不過“第五次建置”時期對保國寺整體格局影響不大。
二、建築布局
保國寺坐北朝南，依山勢而建。南北長124米，東西寬64米，占地麵積約7000平方米。因環境條件的製約，用地較為局促，但為保證寺院有一定的規模，滿足佛事活動的需要，保國寺在不大的空間內陸續興建了不少建築，並形成了主要建築沿三條軸線分列的寺院建築布局。中軸線上依次有天王殿、大殿、觀音殿和藏經樓。在大殿月台前的左右，分別有鍾樓和鼓樓。
1.中軸線
中軸線為寺院的主軸線，沿中軸線布局的建築主要有：
山門：原山門於1941年拆除，現存山門係1989年遷他處舊建築重建。麵闊三間，約6.25米；進深兩間，約3米。尺度偏小，與寺院原有建築不相匹配。
影牆：即照壁，位於天王殿前，現不存。
天王殿：其所在疑為宋代山門位置，始建年代不詳，自清代康熙、乾隆年間起曆經修葺，宣統二年（1910）毀於火。現存建築係宣統三年（1911）之後重建。
淨土池：位於大殿之前，長13米，寬6米。始鑿於南宋紹興年間（1131-1162），係寺中現存的唯一南宋時期構築物。明萬曆二十二年（1594），禦使顏鯨題名“一碧涵空”，清代四周加以石欄。
大殿：又稱大雄寶殿、佛殿和祥符殿，是寺院留存至今的最早建築，北宋大中祥符六年（1013）建。此後曆代多次修葺，但位置未移，原製未改。
觀音殿：原名法堂，南宋高宗紹興年間（1131-1162）僧仲卿建。清代順治、康熙年間李敬修葺。乾隆五十二年（1787）重建為樓屋五間兩弄，現存建築為民國9年（1920）翻造而成，但基本保持了清代乾隆時期建築的麵貌。
藏經樓：建於民國23年（1934），為五開間樓房，其結構、裝修已帶有濃重的近代建築特點。
2.東軸線
東軸線是寺院的輔助軸線，沿東軸線布局的建築主要有：
第一幢：麵闊三間，進深五間，坐東向西，一樓一底，硬山造。原為東客堂。
第二幢：麵闊三間，進深十一檁，硬山造。原為念佛堂和僧房。
第三幢：鍾樓，位於大殿東首。始建於清代乾隆十九年（1754），原址在寺之東南青龍山嘴後，後遷至文武殿東，嘉慶十三年（1808）移建鍾樓於現址。
第四幢：三開間兩弄樓房，麵闊15.50米，進深9.44米，硬山造。原為齋房、祖堂。
第五幢：原麵闊五開間，現存三開間，樓房。原為廚房。
3.西軸線
西軸線也是寺院的輔助軸線，沿西軸線布局的建築主要有：
第一幢：位於天王殿的西側，三開間硬山造樓房。原為僧房。
第二幢：麵闊三間，約13.46米，進深三間，約6.38米，硬山造樓房。原為雲水堂。
第三幢：鼓樓，位大殿月台的西側。清代嘉慶十五年（1810）建，麵闊三間，歇山重樓。
第四幢：廂房，麵闊八間，進深九檁，硬山造。原應為朝元閣、禪堂。
第五幢：原為僧房，1962年毀於火。其西側應為迎薰樓、十六觀堂（已廢）。1983年從市區遷入三開間明代建築。
第六幢：麵闊十一間，約42.97米，進深五間，約12.97米，硬山造樓房，建於民國23年（1934）。原為客房。
三、主要建築
保國寺的現存建築主要有大殿、天王殿、觀音殿、藏經樓、鍾樓、鼓樓等。除大殿為宋代原構，其他殿宇均為清代康熙以後陸續重建或增建的。
1.大殿
如上所述，保國寺始建於唐代，宋代大中祥符年間（1008-1016）重建，現存保國寺大雄寶殿便是此時的遺物，建成於大中祥符六年（1013）。現存大殿麵闊、進深皆五間，中部三間為宋代原構，四周副階為清代增建。宋構部分的材栔、柱梁、闌額、鋪作、舉折、簷出等許多做法與《營造法式》製度非常吻合，這在現存諸多宋代建築遺物中是難得的一例。室內天花中的藻井、平棊以及額枋上的“七朱八白”等也是非常珍貴的宋代遺物。有關大殿的詳細情況，將在後一節中作進一步介紹。
2.天王殿
據清代嘉慶《保國寺誌》記載，天王殿與大殿一樣，也建於宋大中祥符六年（1013）。此時所建恐非天王殿，疑為山門。天王殿始建於何時，目前尚不清楚，但據嘉慶《保國寺誌》所記載的康熙二十三年（1684）和乾隆十年（1745）兩次重修天王殿推測，天王殿的出現應在清代之前，其中建於明代的可能性最大，因為此時社會上正好出現了崇拜天王之風氣，且明代江南的佛教寺院中也普遍設置了天王殿。不過現存的天王殿建築係清宣統二年（1910）失火被毀後於宣統三年（1911）開始重新興建的。
天王殿麵闊五開間，進深四間，重簷歇山造。各開間尺度不等，其中明間廣約5.80米，東西次間廣約3.85米，兩梢間廣約2.80米，通麵闊約19.08米。進深方向第一間深1.52米，第二間深約3.70米，第三間深約3.75米，第四間深約1.58米，通進深約10.60米。明間與次間寬度之比接近3∶2，似乎仍留有宋代江南建築較通行的柱網布局的遺風。天王殿共用柱28根，分內外兩圈，外圈簷柱18根，裏圈金柱10根。柱子斷麵呈圓形，柱礎為素麵鼓形，礎下有方形柱頂石。
殿內徹上明造，梁架有多種形式。明間東、西兩縫為七架梁加前後廊，用四柱。七架梁兩端安有透雕的雀替，下有隨梁枋，並設兩攢翼形隔架科。七架梁上端安鬥形蜀柱以承月梁狀五架梁，五架梁上端同樣用鬥形蜀柱承三架梁。三架梁由前後兩段單步月梁構成，中間被由脊檁下垂的吊柱分割。吊柱為方形，下端垂花雕刻成花籃狀。前後廊為單步月梁，月梁之下，設穿插枋一道，穿插枋也作月梁形。前後簷柱上端安撐栱，以托挑簷檁。次間與梢間之間的梁架又是一種形式。因梁架中間添加了中柱，因此，七架梁換成了前後三步梁。三步梁下有隨梁枋，上安蜀柱以承雙步梁。雙步梁上承月梁形單步梁和穿插枋。前後廊做法與明間梁架相同。雀替、撐栱、隔架科等雕刻較為精美，題材多為花卉、人物故事等，為同期江南地區建築所常用。