下簷和上簷均施有外簷鬥栱。前後簷明間平身科四攢，次間三攢，梢間一攢，明間、次間平身科與柱頭科均為無出跳重栱造，梢間一攢鬥栱為無出跳單栱造。在花籃形坐鬥上安正心瓜栱，瓜栱上隱刻出槽升子，上托正心萬栱。萬栱上隱刻出槽升子，上托下金枋和下金檁。鬥栱之間有鏤花墊栱板。
明間前簷柱間安兩扇六抹板門，高3.10米，寬1.27米，呈狹長形。次間前簷柱間砌檻牆，上開一固定方窗，高2.10米，寬1.4米，槅心用木條拚成花格。明間後簷柱間不砌牆，也不安門窗，次間砌牆，牆中部開窗，形製與前簷次間相同。梢間不開門窗。
3.觀音殿
觀音殿位於大殿之後，其左、右兩前端則建有東、西廂廡。中有天井，寬約10米，深約8米，小巧宜人。觀音殿，原名法堂，創建於南宋紹興年間（1131-1162）。據嘉慶《保國寺誌》卷上“法堂”條載：“宋高宗紹興間僧仲卿建。國朝順治十五年戊戌西房僧石瑛重修，康熙二十三年甲子僧顯齋重修，乾隆五十二年僧常齋同孫敏庵重建。現殿正中脊枋下皮尚存墨書“大清乾隆伍拾二年歲次八月暨望特調慈溪縣正堂李光，本山住持方丈常齋、監院比丘敏庵重建”正楷大字一行。民國9年（1920），法堂改稱觀音殿。據此可知，現存觀音殿建築是在乾隆五十二年（1787）重建的法堂基礎上，於民國9年（1920）翻造而成的。
觀音殿麵闊五間加二窄弄，進深五間加前廊，為單簷歇山造。麵闊各間的尺度依次為：明間廣約5.20米，次間廣約3.68米，窄弄廣約1.30米，盡間廣約4.80米，通麵闊約為24.80米。進深方向前廊深約1.76米，第一間深約2.45米，第二間深約2.50米，第三間深約2.50米，第四間深約1.28米，第五間深約2.90米，通進深約為13.40米。殿內明間和東、西次間的前端不作隔斷，且其上端不設樓板，構成了前槽寬大、後槽高深的空間，以滿足不同功用的需要。次間後槽與窄弄、盡間皆自成一間，上鋪樓板。觀音殿共用柱52根，其中明間兩縫各用七柱；次間兩縫各用十一柱；窄弄兩縫各用五柱，盡間兩縫各用三柱。
觀音殿梁架采用穿鬥式與抬梁式的混合構架。明間兩縫梁架為：中柱直接支頂脊檁，中柱上端前後分別安有一道單步月梁，月梁的另一端上抵前後上金檁，上金檁與單步梁交接處下方用駝峰、十字栱支托，駝峰、十字栱立於其下端的雙步月梁上。雙步月梁的一端插入中柱內，另一端上承中金檁，檁下用十字栱，栱下立前二金柱支撐，雙步梁下是一道串枋。前一金柱上安有一道單步月梁，梁的前端下安十字栱和駝峰，十字栱和駝峰立於其下端的雙步月梁上。雙步月梁後端插入前一金柱內，前端抵前簷柱以承簷檁。後二金柱與後一金柱之間上端設有一道單步月梁，月梁下設一道串枋，後一金柱上端的北側再出一單步月梁，梁下立十字栱和駝峰，下有一道雙步月梁，月梁兩端分別插入後一金柱和後簷柱內。次間各縫梁架均為：每根檁下各立一柱，柱與柱的上端分別安有一道單步月梁，脊柱與前、後兩金柱之間的月梁下分別安一道串枋。
觀音殿下簷前廊通達左、右山麵，明間和東、西次間廊身作船篷軒。明間、次間前上簷施外簷鬥栱，其形式為七踩象鼻昂式鬥栱。明間前簷柱間安六抹槅扇門四扇，次間為木質檻牆，上安五抹槅扇窗兩扇。盡間用牆封閉，均無門窗。
東、西兩側廂廡均為兩層三開間硬山造小樓，通麵闊約7.95米，其中明間廣約3.95米，次間廣約2米。通進深約5.90米，其中前廊深約1.30米，第一間深約2.30米，第二間深約2.30米。共用柱14根，梁架結構較為簡單粗率。
4.藏經樓
藏經樓位於觀音殿後。民國《保國寺誌》記載：“法堂之後本係竹園，茲一齋鳩工開鑿岩石，擴基地數十丈，擬於中間建造方丈殿五間。”錢三照：《保國寺誌》（抄本），寧波保國寺文物管理所藏。可見該殿建於民國9年（1920）之後，是保國寺“第五次建置”時期的產物。
藏經樓麵闊五開間，進深三間加前後廊，硬山造。明間廣約4.90米，次間廣約4.80米，梢間廣約4.17米，通麵闊約22.90米。進深方向前廊深約2.20米，第一間深約2.60米，第二間深約7.60米，第三間進深約2.40米，後廊深約1.40米，通進深約16米。前廊通達左、右山牆，後廊僅限明間。
藏經樓共用柱44根，明間兩縫各用六柱，次間兩縫各用七柱，梢間兩縫各用九柱。柱身斷麵全皆圓形，除前廊柱外，其餘均為木質，柱下立素麵鼓墩柱礎。前廊柱為石柱，明間柱身正麵和側麵刻有楹聯，柱下端立花籃形柱礎。底層柱與柱之間用串枋相拉牽，上鋪樓板，構成二樓樓麵。前後廊柱與簷柱間安有一道月梁，月梁上設板狀天花。
明間兩縫梁架采用抬梁式構架。前後金柱上端架設七架月梁，月梁兩端承第二中金檁。柱、梁交接處下端安有雕花雀替；梁上立駝峰、十字栱，上承五架月梁；五架梁上端再立駝峰和十字栱，支托其上方的上金檁和三架月梁；三架梁中部立有鷹嘴形蜀柱，承托脊檁。前金柱出雙步月梁，上承單步月梁與金檁。後槽結構與前槽大致相同，因進深增加一步架，故後簷增加了一單步梁。次間兩縫梁架為穿鬥式構架。
藏經樓前廊作船篷軒，軒頂有方形軒檁兩根，檁下用雕花月梁撐托，月梁前端下方立方形廊柱；後側梁檁交接處下方用垂柱支頂，垂柱下端有根穿插枋穿過垂柱，分別插入簷柱與前金柱內。前後簷門窗已明顯帶有中國近代建築的做法與特點。
5.鍾樓與鼓樓
鍾、鼓樓分列於寺院中軸線兩側，呈對稱布置。鍾樓始建於乾隆十九年（1754），嘉慶十三年（1808）移現址並重建。鼓樓建於清嘉慶十五年（1810）。
鍾樓麵闊三間，進深三間，是一幢歇山重簷樓閣式建築。明間廣約4.60米，南、北次間廣各約2米，通麵闊約8.65米。通進深與通麵闊尺度相差不大，約8.25米。其中第一間（前廊）深約2米，第二間深4.60米，第三間深1.65米。二層僅有一開間，麵闊約4.60米，與一層明間相對應。進深五檁，約4.60米。北側無腰簷，辟為一小間，麵闊約2米。鍾樓南北兩側與僧房山麵相接。樓板中部留空，上懸大銅鍾一口，鍾高約1.8米，口徑約1.35米，鑄有八卦圖、佛像、及鹹豐四年所撰“鑄鍾記”，工藝精美。隨脊枋的下皮尚留二行題款：“大清乾隆年間更建於關聖殿東首嘉慶十三年歲次辰春月穀旦本山主持方丈敏庵和尚移建於老地。”
鼓樓麵闊三間，進深二間，也是一幢歇山重簷樓閣式建築。明間廣約4.30米，南、北次間廣各約2.12米，通麵闊約8.55米。通進深約4.25米。二層處理與鍾樓基本相同。