大殿坐落在寺院中軸線上，朝向南偏東36度，為全寺的主殿，也是寺內最有價值的一座建築。現存宋構大殿為三開間建築，體量不大，但用材不小，材高21.80厘米，厚14.10厘米，兩者之比接近3∶2，與《營造法式》規定的五等材大致相當，適合該殿三間廳堂式建築的造作。
一、建造年代
據寺誌記載，北宋大中祥符四年（1011），名僧德賢、德誠主持保國寺，修建了山門和大殿。其中大殿於大中祥符六年（1013）建成，並留存至今。《寧波府誌》、《慈溪縣誌》等地方文獻也有類似的記載。大殿佛像早廢，但佛壇尚存。在佛台須彌座束腰部背麵保留有《造石佛座記》石刻一塊，其文字抄錄如下：
明州管內都僧正國寧寺傳天台教觀，賜紫智印大師，約之同弟子陳延、延紹，妻孔十四娘，弟新婦夏十一娘，男世卿、世清，弟子丁彥隆、彥昌，壽母徐念五娘，妻陳小二娘，弟新婦龔小五娘，男公明、公升等，同施淨財，製造精進院大殿內石佛座一所，式裒巨利，奉答四恩，用資三有，仰乞玉相垂明，諸天昭鑒。時壬午崇寧元年五月謹記。石匠許明禮、住持沙門約文。
從中可以看到，當時的保國寺名為“精進院”。“製造精進院大殿內石佛座一所”，則說明大殿已經存在。所以崇寧元年（1102）所建造的佛壇，並非與大殿同時建造，而是大殿在先，佛壇在後。這一點在大殿所留墨書題記中得到證實。1975年維修大殿時，發現在西南角簷柱鋪作的一根下昂的昂尾尚留有“甲子元豐七年”的墨書題記。這說明至少在元豐七年（1084），保國寺大殿已存在。元豐七年上距大中祥符六年已有70餘年，墨書題記很可能是對大殿進行維修是工匠所留。
此外，1981年經國家文物局文物科學技術研究所用碳14的方法對大殿鬥栱、昂等木材進行年代測定，其最大數據為1220±65，最小數據為1120±65，說明這些木材距今年代已有1100年以上。這為確定保國寺大殿建築的建造年代，提供了重要的參考數據。
二、台基與平麵
大殿建在樸質的台基上，台基通高1.10米，相當於大殿用材的五倍，通寬約21米。壓闌石厚均0.14米，當心間壓闌石寬0.67米，其餘為0.44米。陡板石高0.84米，土襯石高0.12米。前簷台基邊緣至簷柱中心線約1米。台基正麵當心間和兩側靠牆處各設垂帶踏道。中間的踏道寬3.98米，左右側踏道寬約2米。後當心間部位順地勢而上作垂帶踏道，通寬2.64米。大殿前有一寬廣的月台，石板鋪墁，寬約16米，深13.70米。月台的前端設有石雕欄杆。
宋構大殿麵闊、進深都是三間，平麵略呈縱向長方形。當心間廣5.80米，次間廣3.05米，通麵闊11.90米；進深方向第一間（由南至北）深4.44米，第二間深5.82米，第三間深3.10米，通進深為13.36米。進深大於麵闊1.46米。
殿內石板墁地，當心間的正中有一塊尺度為2.74×1.10米的分心石，其周圍鐫刻有花紋。兩前內柱間略靠北置1.05×0.63米的拜石。後內柱間施板製扇麵牆，前置石佛台，但塑像無存。佛台寬8.20米，超過當心間麵闊，深3.70米，高約1米，作須彌座形式。束腰上雕減地平鈒如意紋，並留有北宋崇寧元年（1102）的“造石佛座記”題刻。殿內兩側及後簷沿牆砌高低兩層台，係清代所加，原用於置放羅漢等塑像，現塑像不存。
三、柱與柱礎
宋構大殿共用柱16根，其中內柱4根。所用的16根柱都作瓜棱狀，其瓜瓣數因柱的位置不同，分作三種：一種是周圍都作瓜棱，為八瓣，如簷柱、內柱等；另一種作四瓣瓜棱，如後簷角柱、東山柱等；第三種為二瓣狀，如後簷平柱、後山柱等。後兩種柱皆是朝外一麵有瓣，向殿內部分作圓弧狀，無瓣。瓜棱柱的做法，采用了兩種以小拚大的手段：一種是在一根較小直徑的木料周圍，根據實際需要再用多根一定厚度的小木料鑲嵌而成比較大的柱子，類似“包鑲作”；另一種是一根柱子用同樣大小的四塊木料通過榫卯拚合而成。這種方法既解決了大木料來源困難的問題，又具有很強的裝飾效果。
柱子排列縱橫成行，整齊規則，但高度不盡相同，大致有三種不同的高度：簷柱高約4.26米（包括柱礎高度，下同），前內柱高度約為8.06米，後內柱高度約為6.45米。前後簷的平柱與角柱高度差隻有1至2厘米，與《營造法式》一間生起2寸的規定相比，顯然偏少，所以大殿柱子生起並不明顯。柱子有收分，柱頭以及部分柱的柱腳略有卷殺。各類柱的直徑皆在50厘米以上，簷柱小於內柱，前者直徑在50-54厘米之間，後者相差較大，大者達77厘米，小的也有62厘米。這是現存唐、宋、遼、金遺構中用材比較粗大的柱子。