公文辦理就是指公文在機關內部從形成到運轉處理所必須經過的一係列環節，主要包括收文辦理、發文辦理等環節。公文辦理的每個環節都有固定的程序。這些程序是基於使公文辦理過程更加科學有序高效的原則，在公文處理實踐活動總結和固定下來的規律性的基本步驟。
涉密公文要區別於普通公文的辦理，實行特殊辦理。涉密公文應當通過機要交通、郵政機要通信、城市機要文件交換站或者收發件機關機要收發人員進行傳遞，通過密碼電報或者符合國家保密規定的計算機信息係統進行傳輸。
（一）收文辦理
1.收文辦理的一般程序。
（1）簽收。對收到的公文應當逐件清點，核對無誤後簽字或者蓋章，並注明簽收時間。簽收單位在履行規定的確認、清點、核對、檢查、簽注手續之後，分別從發文機關、郵政部門、機要通信部門、文件交換站，或者通過自備的通信設備收取公文。
（2）登記。登記是指對公文的主要信息和辦理情況應當詳細記載。公文登記的形式主要有簿式、卡片式、聯單式三種。
（3）初審。對收到的公文應當進行初審。初審的重點是：是否應當由本機關辦理，是否符合行文規則，文種、格式是否符合要求，涉及其他地區或者部門職權範圍的事項是否已經協商、會簽；是否符合公文起草的其他要求。經初審不符合規定的公文，應當及時退回來文單位並說明理由。
（4）承辦。閱知性公文應當根據公文內容、要求和工作需要確定範圍後分送。批辦性公文應當提出擬辦意見報本機關負責人批示或者轉有關部門辦理；需要兩個以上部門辦理的，應當明確主辦部門。緊急公文應當明確辦理時限。承辦部門對交辦的公文應當及時辦理，有明確辦理時限要求的應當在規定時限內辦理完畢。
（5）傳閱。正確組織公文傳閱可使公文得到及時有效的運轉處理，避免延誤時機、空費時間和精力，從而實現並放大公文的效能。要根據領導批示和工作需要將公文及時送傳閱對象閱知或者批示。辦理公文傳閱應當隨時掌握公文去向，不得漏傳、誤傳、延誤。
（6）催辦。催辦是指根據承辦時限和有關要求對公文承辦過程所實施的催促和檢查活動。這項活動有利於加速公文的有效運轉，防止失控，有助於避免公文的積壓延誤，對迅速有效地實現公文效用具有推動作用。要及時了解掌握公文的辦理進展情況，督促承辦部門按期辦結。緊急公文或者重要公文應當由專人負責催辦。催辦有兩種形式，一種是內催辦，一種是外催辦。
（7）答複。公文的辦理結果應當及時答複來文單位，並根據需要告知相關單位。
2.不同類別公文的具體處理程序。
（1）各單位向上級黨委報送的請示、報告、彙報等材料的處理程序。
（2）上級領導部門來文的處理程序。
通知、指示類的文件應先登記。登記內容包括收文日期、收文編號、來文日期、來文單位、原文號、密級、緩急等。收文編號由收文代字（機要、明電、密電、信訪）、年份和序號組成。同時，根據文件類別附上“機要文件處理單”“公文處理單”等公文處理單，並將“機要文件處理單”“公文處理單”貼附在文件首頁前。
交黨辦主任簽寫辦公室擬辦意見。
按照主任意見轉有關職能部門或黨委領導批示。
將領導批示摘錄到收文登記簿上。
檢查來文的辦理、落實情況。
將指示性文件及有關報道本單位情況的來文存檔。