第一，主張“通一經兼通群經”的治經方法。
葉德輝為學受清初學者黃宗羲的影響，認為古代的經、傳、訓都是周秦兩漢的經學家師師相承的古言，它們“形近聲近，形誤聲誤，釋者各有訛傳”，所以，他認為“治經當從涵泳經文始”，遇到不懂之處就查看其注文，若注文不懂就翻閱其義疏，而“義疏未必即能全通，或通而疑難之處不能釋然”，則經文的前後文相互對照求解，還可尋找一些相關的經文相互對照，如此就能“通一經兼通群經”（《郋園學行記》）。
第二，提出了經學研究中“六證”、“四知”、“五通”、“十戒”等若幹規範。
葉德輝認為，由於晚清之罷科舉與興學堂等製度的變革和公羊學疑經惑傳破壞了儒學的知識係統，導致了儒學信仰的危機，而致經學的衰退。為此，他認為必須將經學導入正途，寫成《經學通誥》一書，是書以維護儒學知識係統為宗旨，其中提出的治經若幹規範是其最大特色。“六證”是具體從事經學考證的六種途徑，包括以經證經、以史證經、以子證經、以漢人文賦證經、以《說文解字》證經、以漢碑證經。可見，“六證”並非葉德輝本人的創獲，而是對曆代經學家治經方法的總結，其特點是試圖回到經文本身，通過各種材料的比堪，把握經書的文字麵貌；試圖找回經師遺說，檢視前人如何解讀經文。其實質就是回歸原典的考證。“四知”是知源流、知存亡、知體例、知真偽。這是治經者的必備常識和前提條件。“五通”則是通經的具體內涵及其步驟，包括通章句、通校讎、通小學、通大誼、通政事。“十戒”是治經過程中應當避免的十種錯誤，包括戒僭妄、戒武斷、戒割判、戒空疏、戒破碎、戒穿鑿、戒附會、戒攘竊、戒黨伐。這充分體現了葉德輝通經治經的學術規範，具有很強的學術價值。
第三，抵製公羊學說，維護經學體係。
今文經學在沉寂一千多年後，於晚清勃然而興，經莊存與發明《春秋》的“微言大義”，孔廣森闡發何休的意見，劉逢祿推崇《公羊》，排斥《左傳》，到龔自珍、魏源等借經術作政論，發掘今文經學的微言大義，引用今文經學的變易思想，宣傳公羊學說中的“張三世”、“通三統”等學說，呼籲清政府實行改革，將經學研究與現實關懷結合在一起，一直到康有為、梁啟超借公羊學說來宣傳變法維新。總之，尊奉《春秋》，獨崇《公羊》，成為晚清今文經學的最大特色，經學在很大程度上化約為公羊學，致使《左傳》及其他古文經遭到貶抑。
葉德輝對此大為不滿，覺得龔自珍、魏源等人的今文經學流於狂易，對晚清今文經學家一味地褒《公羊》貶《左傳》的做法更不能接受。
特別是康有為等人借公羊學說論“三世”、“三統”之義，更激起他的反感。他的弟子楊樹達等在《郋園學行記》稱：其師對《春秋》三傳，“不喜《公羊》、《穀梁》，嚐言公、穀皆文章家，非傳說家。惟左氏文章傳記兼盡其能，於聖人筆削褒貶之心可以因事證明得其微旨。尤不信《春秋繁露》”。自戊戌變法以後，葉德輝嫉言公羊學說，甚至視公羊學說為非聖毀經之禍首。他認為左丘明與孔子同時，其傳《春秋》謂之傳記，所記之事則是真切可信的，《春秋》的微言大義，蘊涵在《左傳》記事之中，非明其事，不能明其義，故三傳相輔相成，流傳不廢。
對於晚清今文經學家篤定的口說重於記事，《公羊》重於《左傳》的觀點，葉德輝亦給予駁斥，認為“口說托之傳聞，失多而得少；傳記托之載筆，得多而失少”。也就是說，口說的源頭雖在於孔子，但在口耳相傳過程中，勢必發生扭曲變化，造成對經義闡釋的歧異。因此，傳記遠比口說可靠，從治經的角度看，傳記重於口說，《左傳》重於《公羊》。
他還從《左傳》、《公羊》、《穀梁》三傳的很多實例和經學史上《左傳》、《公羊》之消長，證明了《左傳》優於、重於《公羊》。他還甚至說公羊家：“信口說者，謂之巫咒。”（《翼教叢編》）
葉德輝從維護經學傳統的立場批駁了康有為等將經學變成政論的工具。他始終堅持“微言大義，後世義理之學所本也；名物訓詁，後世考據之學所本也，二者不可偏廢”，“不通名物訓詁，無由得微言大義”。經學的經世致用功能，關鍵不在於講義理還是講考據，而是在於是否切實。
三、流布古書，昌明國學的文獻學成就
作為“讀書種子”的葉德輝，平生嗜書如命，所以藏書、刻書、校書、輯書成為他學術生命的重要部分。其藏書達三十多萬卷，居當時藏書規模的翹楚；其刻印書籍達一百六十餘種，包括經史、遊藝、小學、版本目錄以及家集等；同時利用自己豐富的藏書從事目錄、版本、考據、輯佚研究，著書頗多，其代表作有《書林清話》、《書林餘話》、《觀古堂藏書目》、《藏書十約》、《郋園讀書誌》、《六書古微》等，後學但凡涉及版本目錄學及書史的著作多有引用。葉德輝在藏書分類的繼承與創新，在古籍版本的鑒定考證及辨偽上的獨特觀點與思想，對當時及後世的藏書家和版本目錄學家都有深遠的影響。
第一，藏書思想。
藏書是葉氏家族的傳統，葉德輝受其影響嗜書成癖。其藏書大都是他勤於物色所得，其侄子葉啟發說他“不樂進士，日以搜訪舊書、刻書為事，專力考據之學”（《郋園讀書誌·跋》卷十六）。他所到之處，無不致力於搜尋古籍，到1927年被殺時，其藏書可能已超過三十萬卷。故有人說葉德輝“竭四十年心力，凡四部要籍，無不搜羅宏富，充棟連櫥”（《郋園讀書誌·序》），其書分藏於觀古堂和麗廔兩處。
1911年冬，葉德輝撰寫《藏書十約》，討論有關藏書的購置、鑒別、抄補、校勘等十個問題，要求子孫們遵守。這部《觀古堂藏書十約》是與《澹生堂藏書訓略》、《上善堂藏書紀要》並列齊名為中國藏書史上的三部著名的藏書技術專著之一，是研究中國古代藏書極其珍貴的文獻史料。葉德輝的藏書學思想集中體現在《藏書十約》，該書傾注著葉德輝大半生的經驗之談，正如他自己所說是半生心力，累萬巨貲，所得如此，則其中的甘苦，不可以不示人。葉德輝在《藏書十約》中就購置、鑒別、裝潢、陳列、抄補、傳錄、校勘、題跋、收藏、印記等十個專題，集中講述了自己豐富的藏書思想和理論。
葉德輝藏書的特點：一方麵所藏宋元精本不少，用他自己的話說是宋元本雖不多見，也常有一臠之嚐。其中最珍貴的有宋本《南嶽總勝集》、《玉台新詠》、金刻本《埤雅》、元刻本《儀禮集注》、大德本《繪圖列女傳》等。另一方麵，葉德輝雖愛惜宋元槧本，但又不專重於宋元槧本，而是更注重於搜集清朝以來精刻、精校、初印的書，尤其是清朝詩集，收集比較齊全。而且葉德輝認為鑒定藏書的方法有目錄法、序跋法和字諱法，搜集藏書的方法有以下途徑，如購買，交換得到圖書，通過書信郵寄，鈔錄，代購，相互贈送等。
在藏書購置方麵，葉德輝主張“先經部，次史部，次叢書。經先《十三經》，史先《二十四史》，叢書先其種類多校刻精者”，認為“於此入手，方不至誤入歧途”（《藏書十約·購置一》，《書林清話》）。曆來藏史家藏書特別青睞宋、元刻本，而葉德輝提出“勿薄今愛古”觀點，很重視明清以來的精刻、精校、初印及鈔本之收藏，較之前代藏書家眼界更為開闊。
第二，版本學思想。
葉德輝作為藏書大家，精通版本之學。他曾說“版本之學，為考據之先河，一字千金，何可鮮視？昔賢嚐以一字聚訟紛紜，故予每得一書，必廣求眾本，考其異同，蓋不如是不足以言考據也。”（《郋園讀書誌·跋》）葉德輝關於版本學的論述，主要集中在《書林清話》（包括《書林餘話》）中。
《書林清話》是葉德輝著述中比較成熟的作品，實際上就是綜合輯錄與曆史文獻學有關的劄記雜錄而成，為葉德輝所獨創的一種文體。
在此之前，與版本學有關的“題跋”、“劄記”等形式的文章已經極為流行，而葉德輝充分發揮了這類文體的特點，整合其內容，擴充其領域，靈活其形式，深入其精神，強化其聯係，將其作用發揮到了極致，創造出了“書話”這種文體，這是他對曆史文獻學的一大貢獻。葉德輝的《書林清話》和《書林餘話》涉及曆史文獻學的很多方麵，但其主要目的在於研究“刻書源流與夫校勘家掌故（《書林清話·自敘》）”，是一部別開生麵的版本學專著。實際上，《書林清話》是以筆記體形式，提供了我國古代雕版書籍的各項專門知識，詳記唐宋以來刻板、活字版、彩色套印等各種印刷方法的創始和傳播，並對中國曆代刻書的規格、材料、工價、裝訂、鑒別、保存和宋元明清四代許多著名的刻本和刻書、鈔書、賣書、藏書等書林掌故，亦一一備載，是國內外學者研究中國書籍發展曆史和考證宋元明清四代典籍版本真贗的重要參考書。