書院既是教育活動的中心，又是學術研究與創新的基地。書院與士人、學者、學術和學派之間，有著一種與生俱來的血緣親情關係。聚集學人、研究學術、開創學派是書院與學術一體化最典型的表征。宋元以來，中國古代社會各主流學派一般都以書院為基地，以學規、學約、會規為約束，以修身、治學為宗旨，借藏書刻書、著書立說而積累，借慎思、審問、會講、論辯而創造，借講學、授受而傳播，在書院中形成、發展和壯大，並且和書院一起，揚名於當世，影響於後代。一部書院史，實即可以視作一部主流學派與書院相謀相合、隱顯同時、盛衰與共的發展史，學術、學派的契入使書院製度、教育流派可以上溯到淵源所自，而書院的加盟則使學術文化、思想流派可以下導於脈絡所向，此則正是書院與學術、學派一體化的魅力所在。
嶽麓書院自宋初創建，即以講學、藏書、祭祀、學田等規製齊全，山長學行兼善，生徒達至數百，而得宋真宗皇帝召見山長、賜額賜書之嘉獎。於是，鼓笥登堂者不絕於途，名聞遐邇，號為天下四大書院之首。
旋又依太學三舍之法，而居潭州州學、湘西書院之上，以“潭州三學”積分升等之式而確立其地方高等教育中心的地位。南宋前期，張栻主教，朱張會講，朱熹講學、更建，更使其成為湖湘學派基地，全國四大學術中心之一，生徒雲集，致有“書院一千徒”之時諺流傳，可謂盛況空前。從此，弦歌相續，學脈綿延，曆宋元明清，湖南學術文化的建構、學術派別的產生、學術成果的形成、學術思想的傳播等等，差不多就成為嶽麓的內部事務。可以說，嶽麓書院高揚朱張之學的大旗，閃耀著思想與哲學生命的光輝，以湖湘學術的策源地、大本營彪炳史冊，創造出一個湘學發展的新時代。
嶽麓書院山長，例皆一時英傑，得稱經師人師，學行兼善，堪為多士模範。宋明之周式、張栻、陳論、吳道行等，皆是當年學術名家，相關部分已經論述，這裏可以存而不論。本章謹以清代山長為例，討論嶽麓書院對湘學發展所做的貢獻。要說明的是，名滿天下的晚清學術領袖王先謙，因另有專論，則不在本章敘述。
考清代嶽麓書院山長諸人，順康雍三朝以舉人為主，秀才亦複不少，罕有進士出身者，總體來講學曆偏低。自乾隆十年（1745）房逢年始，主嶽麓講席者，例皆名進士出身。論其籍貫，絕大多數為湖湘本地學者，外省隻有四人，除熊為霖為江西新建人外，李中素、房逢年、萬年茂都是湖北人，是廣義的“楚人”，且李中素主院時大湖南北並未真正分治，同屬湖廣，故清代嶽麓書院山長，可以說類皆湘楚之人。而湘人主院，更能理解與堅持湖湘學統，雖全國學術大潮以經史考據為主，嶽麓亦吹漢學之風，且行詁經考史之事，但朱張之學始終強勢，得稱學術傳統。因此，有清一代之嶽麓學術，似乎可以用高揚朱張、前宋後漢、宋漢兼容十二字來作表述。
一、由宋轉漢的學術風尚
清初順康之世，書院講學承明代遺緒，辟王崇朱，並再次確立程朱理學為官方哲學，書院是宋學一統天下。及至康乾之間，書院講學之人，又有取法漢儒而注重考訂名物訓詁者，世稱樸學，亦名漢學。於是清初的宋明之辨，轉而成為漢宋之爭。乾隆年間，學風為之丕變。書院與乾嘉漢學又一次以一體化形式而獲得大發展，營造出共同的輝煌。
所謂“漢學”，和重視闡發儒家經典義理的“宋學”不同，它主要注重對經史的考據、訓詁。皮錫瑞在《經學曆史》中說：“乾隆以後，許鄭之學大明，治宋學者已鮮，說經皆主實證，不空談義理，是為專門漢學。”這種重證據、重事實、說理論證的專門漢學，又被稱為樸學。清代漢學的興起，有它的特殊曆史原因和政治原因。清政府實行文化專製政策，大興文字獄，一大批學者不得不把自己的精力才智耗費在故紙堆裏，專門在古書中尋章摘句，考據訓詁。在這種條件下，重考據的專門漢學就興盛起來了。以書院而論，乾隆二年（1737），鍾山書院山長楊繩武所訂學規，以訓詁、義理、文章三者釋“窮經學”，更輔之以“通史學”，實開樸學之先機。其後，經盧文弨、錢大昕、姚鼐、孫星衍、朱珔、胡培翬、繆荃孫等曆任山長發揚光大，鍾山書院遂以總督所轄而成為兩江（江、皖）地區影響最大的漢學中心。就政府而言，乾隆十年殿試策問中加入經史內容，一改心性天理一統天下的局麵，也成為官方提倡博習經史詞章之學的風向標誌。
乾隆、嘉慶年間，經由書院創建、興複者的提倡，山長的學術示範，諸生的相互影響與傳播，蔚然成為風尚，形成了以蘇州紫陽、徽州紫陽、揚州安定與梅花等書院為大本營的吳、皖、揚州三大考據學派，各自集結了一大批漢學家，進行漢學研究與傳播。而及至阮元時代，配合乾嘉漢學的集大成步伐，改良型書院杭州詁經精舍、廣州學海堂橫空出世，以專尚漢儒訓詁，不習時文帖括，教學與研究達致一體而成為典範，號為學術型書院。這種新型書院，在複古、求實、求真、致用的旗號之下，經由鴉片戰爭以來內憂外患的激蕩，轉而倡導經世致用的學術風尚，漢宋之間、理學與經史考據之間、經今古文之間漸趨於融合。
融合的結果是形成經古為核心的廣義的中學，以與強勢東漸的西學相抗衡。於是新學與舊學、西學與中學又變成書院無法避免的教學與學術話題。
清代嶽麓書院的教學與學術事業，既受上述學術流變大環境的影響，更有數百年朱張之學的理學傳統的堅守，因而呈現出較為複雜的情況，約略而言，有以下幾點值得注意。
第一，堅持朱張之學。扛著“學達性天”、“道南正脈”的招牌，以理學正統、正脈自居，自覺維護程朱理學的權威，為清代前期的理學發展做出了應有的貢獻。清代中期，以濂溪祠、四箴亭、崇道祠的修建及其位置調適為標誌，高揚朱張之學的大旗，構建清晰的嶽麓學統，也即湖湘學統。晚清同光之世，以船山祠創建為標誌，將衡陽王氏之學納入湖湘學統，是為嶽麓這座千年學府對湘學發展的重大貢獻。如此重構、完善後的湖湘學統，起自周敦頤，中經朱熹、張栻，而由王夫之接續，可以表述為濂溪之學→朱張之學→王氏之學，實為宋明儒學一係。
而經晚清民國闡揚，又因《春秋》夷夏之防而推種姓“革命之說”，自由人道之義，如今又有從王船山到譚嗣同之說，則衡陽王氏之學又成為湖湘學統乃至湖湘文化從古代接通近現代的橋梁。