袁名曜首建嶽麓書院濂溪祠，撰寫《濂溪祠記》，從正麵闡述嶽麓專門祭祀理學祖師的必要性與重要性，意在結束這場學術之爭，稱：
名曜謂書院為湖南學者萃聚之地，濂溪周子為湖南人，尤當建專祠於從祀外加特祀，以彰俎豆先賢之誼，且以使吾鄉學者之感發為尤近也。爰於崇道祠南辟地為堂，置豆籩簋，每春秋仲上丁，加特祀如四箴亭、崇道祠儀。夫周子生五季壞亂之後，前無承藉，闡明絕學，巍然為有宋諸大賢冠。洎今已數百載，猶能使朝廷褒崇錄其後裔，此其神最靈。神既靈，則凡昭明焄蒿必常憑依於鄉邑之近，以樂所自生，而反所自始。鄉之人有能讀周子書，繼周子業，而浡然興起者，得非其神靈所默相而佑啟者乎？
從強調周子為“吾鄉學者”之先賢，教“鄉之人”讀周子書，繼周子業，勃然興起，光大湖湘之學，張揚朱張學統，實有以湘學對抗以秦瀛為代表的外來漢學吳派的深刻用心。按：嘉慶六年（1801），無錫人秦瀛任湖南按察使，參與嶽麓書院管理。其在賈祠中成全屈原之係列，刓削周敦頤，改題為“漢大夫司馬遷”的行為，可謂完全不察周之曆史地位與巨大影響，做法粗陋，顯示其對湖南學術源流的無知，得罪湖湘，甚至引起怨恨。最明顯的例證是，主持嶽麓書院長達二十七年之久的歐陽厚均在編纂《嶽麓詩文鈔》時，多次以案語形式，譏諷秦瀛這位秉臬楚南的高官為“通人”，並對袁名曜創建濂溪祠大加讚揚。（詳見《嶽麓文鈔》卷十七、十八，《嶽麓詩鈔》卷三十四）到嘉慶末年，他作《移建濂溪祠碑記》時，更對秦瀛提出了尖銳的批評，稱：
嶽麓舊無濂溪周子專祠。嘉慶初年，吾師羅慎齋夫子掌教時，倡建屈公祠於山之陽。落成後，以其左為賈太傅祠，附周子主於其內。每朔望釋菜，春秋丁祭，大成殿禮成，率諸生躬詣祠內行禮，歲以為常。厥後，有通人秉臬吾楚，以屈公稱謂不典，易其額為三閭大夫，於賈傅祠內增設左徒弟子宋玉、景差、唐勒等主，複以周子未聞一至嶽麓，乃即其主刓削之，改題為漢大夫司馬遷，加丹漆焉。謂遷曾至楚，有《吊屈賦》可考也。近日遂有以漢侍中王逸嚐注《離騷》，複增其主於祠內者。夫注《離騷》者前後數十家，往哲名流指不勝屈，安得人人而祠之？此其不待辨者也。至以濂溪未至嶽麓而削其主，易其名如腐遷者，奚堪與大儒相頡頏耶？
且如宋玉、唐勒、景差人品更不足論，亦嚐涉足至吾楚之地耶？濂溪楚人，以鄉人祀其鄉先生，何地不宜？乃黜濂溪而祀諸子，通人固如是耶！嘉慶壬申，袁峴岡侍講為院長，始建專祠於書院內，特祀濂溪周子。
連續幾個質疑，可以看出他對於“黜濂溪而祀諸子”的不滿，進而是懷疑左徒弟子的人品，甚至對於慘遭宮刑的太史公缺少最起碼的同情而稱之為“腐遷”，用詞甚激，我們明顯感到其不滿已燃燒成怒火，幾乎到了喪失理智的程度，漢宋之爭於焉可見。既然如此，那麼，為秦按察使從屈賈係列祠宇中排擠出來的周敦頤創建專祠就成了唯一的理所當然的選擇。
新的濂溪祠，位於供奉朱熹、張栻的崇道祠之南，按照傳統禮儀，乃居下手之位。因此，到嘉慶二十五年（1820）巡撫李堯棟到書院視察時，就有“周視祠宇，以濂溪之有專祠，禮固宜之，惟祠在朱張兩夫子之右，位置尚為不協”的批評。於是，山長歐陽厚均率諸生“請移於上”，位置則在奉供其學生程顥、程頤的四箴亭上手，舊祠則改題為紀念曆代有功於書院建設者的六君子堂。經此遷移，院中祠宇的位置變得儼然有序，由周敦頤而二程，由二程而朱張，正是湖湘學派發展的一個清晰脈絡。這樣，湖湘文化的學術道統就以祠宇的形式生動而形象地呈現在世人麵前了。