其時湘省開辦行輪的風聲早已傳到湖北，不待熊希齡等人代陳寶箴草擬谘文達於湖北函商，鄂撫譚繼洵先給陳寶箴發來一函，認為湘省行輪不可，謂若此舉一開，一是給洋商造成借口，萬一將洋輪開到湘江，後果不堪設想；二是使湘河中從事運載生計的民船因之失利；三是造成湘省的厘金征收隨之減色。陳寶箴收到譚的來函，一時無措，忙召熊希齡與蔣德鈞商議。熊希齡細閱來函後，遂向陳寶箴詳陳了自己對這三個問題的解決辦法：
首先，所謂洋商借口，可以有辦法對付。因為《通商章程》英約第四十七款明文規定，洋商輪船隻準在通商各口貿易，如到別地買賣，即將船貨沒收入官。而今湖南並未開埠，又屬內河，外輪既不得駛入，湖南人在自己的區域內行輪，又怎麼會給洋商以借口呢？同時依外洋之例，凡立一公司，國家給予專利，十五年內別人不得另行添設。湖南興辦小火輪，理應按例奏谘總署立案，予以專利。專利之後，如有洋商覬覦，即可延請外國律師據理阻止，也不必總署與督撫為之籌畫。故洋商借口可勿虞也。
其次，所謂民船失利，並不會造成。因為湖南至漢口的船隻，除紅船巴杆各處的貨船不計外，大約衡州有小駁船一類約三千餘隻。若以每船每年得水腳錢一千串計算，大約有三百餘萬串。今湖南如開設小火輪，不過先行六條輪船左右，以每船每年得二萬串水腳錢計算，六輪充其量是十萬餘串錢。說占民船之利，不過百分之一而已。何況，對民船失利受損也可采取補救辦法，設輪船一旦開辦，可許各船行船戶到輪船公司掛號登記，允許他們裝運輪船公司的貨物並為其拖帶。這樣貨物雖由輪船公司包攬，而裝載必須民船。民船既有拖帶，以能捷速，可以少雇水手，節約夥食，平日往返湘鄂往往需要半月一月不等，由輪船拖帶則十日可以往返。如此一來，民船的生計非徒無損，反可增益。倘若將這些道理告知船行船戶，想必沒有不會樂從的。故民船失利亦可無虞。
再次，所謂厘金減色，其實與此無關。向來商務不暢，係厘卡過密，造成內地奸商與洋人串通，以子口稅為免稅之計。加之厘金局本身積弊叢生，其員紳、巡勇私行賣放，致厘金日無起色，這才是真正原因所在。而輪船一旦開辦，結果恰恰相反。因為輪船往來有期，停泊有時，昭人耳目，無繞越賣放之虞。拖帶民船，聽官稽查，查之重罰，無官輪夾帶偷漏之慮。並且民船見輪船一泊即查，一查即行，無沿途阻滯之難，為避免到關留難與延擱時日，不得不雇請輪船拖帶。如此一來，輪船之行不僅不會造成厘金減色，反而還可造成厘金增收。故厘金減色亦可勿虞。
1897年9月25日，湘鄂輪船局正式試航，經陳寶箴批準，熊希齡與蔣德鈞先租用撫院官輪長慶、湘帆、慈航等火輪試航了長沙至湘潭、長沙至益陽、長沙至常德、長沙至嶽陽各線，試航結果很好。次年8月2日，湘鄂善後輪船局正式開業。
湘省行輪從創議到批準、從籌辦到正式通航，凝聚著熊希齡與蔣德鈞的心血，二人是湘紳中費心費力最大者。熊希齡自稱：“輪船尤齡與少穆千辛萬苦，費九牛二虎之力始能成功。章程稟稿，皆齡手定，其賠墊川資電費，亦未嚐開銷公款一文。”（《熊希齡集》上冊，湖南出版社1996年，第55頁）熊希齡對於湘省通航，其功自不可沒，其精神尤其難能可貴。
三是主張開辦鐵路。為使湘省興利致富，熊希齡除致力於湖南航運外，他還為路、礦兩政力事奔走。1896年10月，清政府擬修蘆漢鐵路和粵漢鐵路，俾使連成一氣。粵漢鐵路初定計劃取道江西，不經湖南。大多數湖南人原本十分保守，並不關心這一決策對於家鄉有何影響，有些人甚至認為不經過湖南最好，免得破壞田園廬墓的風水。
但熊希齡則堅持認為必須經過湖南。據《盛宣懷來刊信稿》，熊希齡說：湖南“欲致富強，非輪船、鐵路，不足以創興大利”，鐵路應與輪船“相輔而行”。
為實現鐵路道經湖南的目標，熊希齡與蔣德鈞、譚嗣同等湘紳作了不懈的努力。1897年4月，熊希齡與負責經營全國鐵路的盛宣懷多次接談，得到了盛的認可。一是鐵路“如取道郴、永、衡、長，由武漢以達漢口，則路較直捷”，可以大量節省造路成本（《奏辦粵漢鐵路折》，《湘報》第19號）；二是湖南礦產豐富，尤其是寶善成製造公司在寧鄉清溪、湘潭小花石等地開采出的焦煤，可滿足漢陽鐵廠大量煉鋼造軌之需，這使盛宣懷和張之洞大喜過望。因此，熊希齡提出粵漢鐵路改道入湘的請求，得到了盛、張的一致同意。熊希齡等人力爭鐵路改道入湘，誠然是地方主義的做法，但在當時，這一舉動也包含有抵製列強、保護路權的積極因素。
1897年6月，中法交換照會，法國取得在滇、桂兩省築路開礦的特權，這給湖南人敲響了警鍾。未久，法國造路於廣西，由龍州發端，廣西與湖南相鄰，萬一法國人將鐵路接至湖南境內，如何是好？當時熊希齡敏銳地感到，形勢十分急迫，粵漢鐵路必須趕緊集款修築，方能抑製法國鐵路入湘的陰謀。為此，熊希齡與蔣德鈞、譚嗣同等湘紳與鄂、粵二省紳商廣泛聯絡，決心催促粵漢鐵路及早開辦。1897年11月底，熊希齡聯合湘鄂粵三省紳商寫了一份《湘鄂粵三省紳商請開鐵路稟》，聯名具呈張之洞、王文韶與盛宣懷，除表明三省紳商合力興辦鐵路外，熊希齡特別強調改道入湘可以保護中國利權不受外人侵奪，“今廣西鐵路已在龍州發端，設有人欲求由此接入湖南境內，直抵漢口，以拊我之背，則我仍造江西至粵之鐵路，利權盡為彼所分奪矣”，而如果“定計道出湖南，則廣西鐵路即成，亦隻能為我路之枝路，此鐵路之所宜出湖南矣”。
這一年的l2月，熊希齡、蔣德鈞應張之洞之約，冒雪趕至武昌，與張之洞、盛宣懷麵商一切。1898年1月17日，張、盛將商議結果寫成《會奏湘鄂粵三省紳商全請速辦粵漢鐵路折》，請求清廷批準。l月28日，清廷頒發上諭，準予所請，指出“若由湘、鄂、粵三省紳商自行承辦，仍歸總公司總其綱領，實於大局有裨”，並強調粵漢鐵路“必須與蘆漢公司一氣貫注，始可收通力合作之效。”上諭飭令隨時會商盛宣懷“妥議招股借款各節，並選舉各省紳商，設立分局，購地鳩工，認真辦理”。
至此，粵漢鐵路的修築有了明確的方案。
三、熊希齡的“書院改革”思想
熊希齡以在籍翰林，襄助湖南巡撫陳寶箴銳意革新，從而得以施展其書院改革的抱負。熊希齡所欲改革書院的嚐試，由於新的曆史條件的作用，已不是先從書院本身入手，而是在書院之外，另建新式學堂。
1896年冬，熊希齡與蔣德鈞邀同湘紳王先謙、張祖同、朱昌琳、湯聘珍等六人，在創行輪船、製造的同時，即有設立學堂之議。當即得到湘撫陳寶箴的讚同和支持，並親自命名為時務學堂。次年1月，熊希齡等六人聯名上《請設湖南時務學堂公呈》，經批準立案。為求事權劃一，輪船、製造、學堂三事，各專責成，而熊希齡為“避謀利之名”，乃負“獨辦學堂”之責。於是得以規劃和進行從請撥學堂經費，建造校舍，購置圖書、儀器，聘請教習到招考學生等一係列事項。終於1897年10月將時務學堂開辦而成，旋由陳寶箴委任為時務學堂總理。熊希齡總理時務學堂所表現出來的種種措置，充分顯示出對於舊式書院製度的改革精神。
時務學堂破除了舊式書院的那種偏狹的“舉業”教育模式。其表現有五：
第一，在學習內容上，學分兩種：一曰薄通學；二曰專門學。薄通學又分經學、諸子學、公理學、中外史誌及格算諸學之粗淺者四門，此四門要求“凡學生人人皆當通習”；專門學分為公法學、掌故學、格算學三門，學生可“每人各占一門”。學生入學六個月以前，皆治薄通學，至六個月以後，乃各認專門，且各認專門之後，仍須一並兼習薄通學。