第二，在讀書範圍及其標準上，所讀之書分兩類：一曰專精之書；二曰涉獵之書。其專精與涉獵之書均由學堂開具書單，要皆中外重要典籍及部分自然科學。規定讀專精之書，“約居時刻十之六”：讀涉獵之書，“約居時刻十之四”，二者不可偏廢。
第三，在學習方法上，學生讀書之外須寫心得劄記。凡學生每人備劄記冊二本，“每日將專精某書某篇共幾頁，涉獵某書某篇共幾頁，詳細注明其所讀之書，有所心得，皆記於冊上，五日一繳，由院長批答發還學生”，“繳此冊時即領回彼冊”。院長批改學生劄記，給予評分，“按日填注分數”；“每月通計分數以三十分為及格，溢分者給以獎賞”。
第四，在教學形式與考試標準上，學生均定期聽講並舉行考試。
院長每五日講學一次，開講時，“擇高才生二人為書記，坐講席側，攜筆研記所講，講畢，二人參合所記，寫出清本交抄寫人抄兩份，一榜堂，一存院長處”。榜堂一份當日榜示。考試分月考和季考。月考每月一次，“每次命兩題以作一藝為完，卷由院長閱定，分列等第，批給獎賞，仍記列分數，備大考時統計之用”；季考每三個月舉行一次，試時請學堂督辦官與紳董公同到堂彙考，“將三個月內之劄記冊、待問格及課卷三項通同核閱，彙算分數多寡，其有功課精進、能自創新理或發條例自著新書者，為異常高等，除原有分數外，仍可特加”。彙考畢，將一季內學生功課之高下列為一表，榜諸學堂大門，並登刊《湘學報》及《湘報》，“以示鼓勵”。
第五，時務學堂的講學宗旨與舊式書院大相徑庭。時務學堂議立之初，原以“中體西用”為其宗旨。然自聘梁啟超擔任中文總教習，加之熊希齡的主張，遂改其宗旨為“中西並重”。由上可見，時務學堂的教學宗旨和方針，實以經世救國與陶鑄政才為要義。
1898年春，守舊勢力開始攻擊時務學堂，矛頭是對準學堂總理熊希齡和學堂中文總、分教習梁啟超等人而來的。先是鼓噪“或謂中丞已厭卓如，或謂日內將使祭酒代秉三，葉奐彬為總教習”（《唐才常集》，中華書局1980年）；繼咎熊希齡“不應請粵人為總、分教習，或咎齡不應使學生讀《公羊》，或咎齡不應以一人專擅行事”（熊希齡：《上陳中丞書》，《湘報》1898年7月15日，第二百一十二號）。議論紛紜，是非莫辨。
1898年6月初，嶽麓書院學生賓鳳陽、楊宣霖、彭祖年等上書其院長王先謙，以維護“名教綱常”、“忠孝節義”為據，對熊希齡、梁啟超大加攻擊，謂“自熊秉三庶常邀請梁啟超主講時務學堂，以康有為之弟子，大暢師說，而黨與翕張，根基盤周，我省民心頓為一變”。“吾人舍名教綱常別無立足之地，除忠孝節義亦豈有教人之方？今康、梁所用以惑世者，民權耳，平等耳。……熊、譚、戴、樊、唐、易諸人，是何肺腑，必欲傾覆我邦家也！夫時務學堂之設，所以培植年幼英才，俾兼通中西實學，儲備國家之用，煌煌諭旨，未聞令民有權也，教人平等也”；而“成就如許無父無君之亂黨，果何為哉！”（《嶽麓書院賓鳳陽等上王益吾院長書》，《翼教叢編》卷五）王先謙接此書後，請求陳寶箴將時務學堂“嚴加整頓，屏退主張異學之人，俾生徒不為雅說誘惑”（王先謙等：《湘紳公呈》，《翼教叢編》卷五）。
麵對守舊勢力的猖狂進攻，熊希齡毫不畏懼。就在《湘紳公呈》呈遞後的第三天（7月13日），熊希齡便聯絡黃膺、戴展誠、吳獬、戴德誠等，亦向陳寶箴呈遞《公懇撫院整頓通省書院稟稿》，對王先謙等進行回擊。通過這個稟稿，熊希齡書院改革的思想得到了係統的闡述。
《稟稿》針對王先謙等守舊勢力深惡時務學堂而欲維護書院製度的本意，援引上諭飭令切實經理各書院、學堂；《四書》文一律改試策論；選擇學貫中西之士擔任學堂總教綜司功課為據，指出湘省書院“深維積弊”，而“仰見朝廷變法，首在興學；興學之本，先重師範”，故書院改革勢在必行。以現今“湖南通省書院不下百餘，而嶽麓、城南、求忠，尤為通省士子所觀摩之區，既非一府一縣私立之書院”，因此，“凡屬湘人，皆有與聞之責，議事之權”，申明了作為湘人對於本省書院改革所應抱有的基本態度和立場。
《稟稿》針對湘省書院具體存在的種種弊病，提出了七個方麵的改革措施和要求：
第一，定教法。鑒於科舉初變，風氣初開，而書院則“無教法、章程以樹之則”，所延山長，“僅傳一家之言，適開攻擊之的”，因此，必須“延聘純正博學、兼通中西之儒，編立教法”，俾士子“矢諸正鵠”，“不致紛紜旁騖，流入異端”。
第二，端師範。鑒於“學術之衰，由於無師”，“從前書院大半虛文，往往回籍士紳視為養老之資”，其所選薦之書院山長，存在著“論資格”、“由私薦”、“分畛域”、“不住院”、“不敦品”等五種積弊，故不僅山長之中有“不知經史、不明時務”之輩，亦有“品行敗壞”、“行私納賄”之徒。而山長不欲住院，則學生無所問難，院規無所整肅，士習由之敗壞。因此，不能再以“庸陋者”充任山長，必須延聘“明正通達之士”而為之，“師嚴而道尊，人才自可奮興”。
第三，裁幹脩。鑒於“湖南從前各處書院山長半由省垣薦人前往，而所薦者又非其人”，致各府、州縣官紳，為調停計，每年須送省垣一、二百金幹脩以為“薦人之費”。自此之後，應將此項幹脩一律裁去，“以節浮費”。
第四，定期限。鑒於各府、州、縣所聘山長，往往拖延到館，或到館一、二月，即將全年課題在兩月中命學生作完，“自謂事畢”，即向州、縣官索取束脩回裏。因此，應規定其山長須以住院十個月為度，不得任意曠職。
第五，勤功課。鑒於各書院山長大半不欲住院，每月僅出課題了事，而學生課卷又多不寓目，往往托其親友、門生“代為點竄”，甚至有徇私情，“以喜怒為取舍”者。因此，須厘定書院課程，雖不能照學堂章程“中西並重”，但須令學生每日作劄記一條，由山長親自評閱，“以示鼓勵，而昭實學”。
第六，嚴監院。鑒於書院因山長不住院，由學生中選舉齋長管理學生，往往無人“敬畏”，致“書院積弊叢生，賭博、嬉遊在所不免”，甚至有不公正之齋長“肆其讒說，鼓惑山長”，而釀成“爭端毆鬥”之現象。因此，應仿學堂管堂之法，裁去齋長，任命本地教官為監院，或以本地紳士充任，限令住院，申明條規，“免滋流弊”。
第七，速變通。鑒於“時局日急，隻有興學育才為救危之法”，“朝廷既飭學政院試即試策論，則整頓書院，尤刻不容緩”，而欲收“此省先變，則較他省先占便利，此府先變，則較彼府先占便利”之功，就必須首先將書院中“多半守舊、不通時務”之山長，“盡行辭去”，寧願將全年束脩“全行致送”，而不能不“另籌款項，延請博學主講”，庶可“免曠時弛業”，不致耽誤學生前程。
熊希齡書院改革的上述思想，其所指陳書院弊端及所提改革措施，不乏真知灼見，可謂切中時弊，對於守舊士紳，無異於當頭一棒。
雖然熊希齡的這些改革措施並沒能在全省得到施行，但在中國教育思想發展史上，無疑有著積極和進步的意義。