第四，北京羈控時期。這一期間，蔡鍔潛默待機，知尊王攘夷，統一共和之不符時勢，仍繼續研究軍事，撰《軍事計劃》七章三萬餘言，請蔣百裏審潤。其《緒論》曰：“國於世界，必有所以自存之道，是曰國本。國本者，根諸民族曆史地理之特性而成。本，是國本，而應之於國內外周圍形勢，以策其自存者，曰國是。國是者，政略之所出也。戰爭者、政略衝突之結果也。軍隊者，戰爭之具，所用以實行其政略者也，所用以貫徹其國是者也，所用以維持其生存者也，故政略定而戰略生，戰略定而軍隊生。軍者，國之華，而未有不培養其根本而能華能實者也。”蔡鍔在京被羈控近兩年，尚有論述中國兵學典籍的《古兵家學說輯要》序，論述近代田賦改革途徑的《田賦芻議》序、論述中國經界史的《曆代經界紀要》緒言等，均能發揚湘學經世的宗旨，觸類旁通，指陳強國富民的方略。
第五，護國戰爭時期。蔡鍔畢生偉業在護國反袁，再造共和。
1915年ll月與梁啟超談話雲：“失敗就戰死，絕對不亡命；成功就下野，絕對不爭地盤。”可見蔡鍔的氣節，從年底發表《討袁通電》起，連續發表《致海外僑胞書》、《告滇中父老書》、《護國軍政府布告》、《首義誓詞》、《誓師詞》、《告全國同胞書》等數十文電，大氣磅礴，揚言“為四萬萬人爭人格”。1916年從四川南下往滬治病途中作《盾鼻集》序。
序曰：“中國人心陷溺之深，匪伊朝夕。釀茲浩劫，其咎非獨一人。要在士大夫於利害、苦樂、死生、進退之間，毅然有所守，以全其不搖、不移、不屈之概，養天下之廉恥，而葆其秉彝，或可以激頹風於既扇，而挽大廈於將傾，蓋謂國之與立於天地者，必此焉賴。若相競於事功之末，譬則揚湯止沸，去之愈遠矣。”
三、蔡鍔的憲政思想
蔡鍔的憲政思想萌芽於湖南時務學堂求學之時。在梁啟超、唐才常、譚嗣同等維新人士的教育和影響下，蔡鍔開始接觸西學，對西方近代政製發生了興趣。經過對中西政製的比較，蔡鍔對君有權而民無權的封建專製製度感到不滿，認為這是造成社會動蕩不安的根本原因。
他希望中國改行“西人之法”，並認為所謂西法就是“議院之製”。
蔡鍔留學日本時期通過對日本憲政現實的身曆親見和對西方政治學說的研究而對憲政逐步達到了理性認識的階段。1900年，蔡鍔東渡日本留學後，看到明治維新後的日本“道路修夷，市廛雅潔，郵旅妥便，法製改良，電訊、鐵軌縱橫通國，警察嚴密，遊盜絕蹤，學校會社，公德商情，農工實業，軍備重要，日懋月上，不可軌量”，而反觀中國則是“以我四百州之土地，五百兆眾之人民，勢利社會，國體精神，一切授人以包辦，任人以奴肉”。中日兩國強烈的對比，使蔡鍔感到“幾無地以自容”。為什麼三十年以前，中日兩國相差無幾，而三十年以後，中日兩國差別如此之大呢？經過分析，蔡鍔認為，根本原因就是日本“純用西法，而判斷決定，勉強蹈厲，稽合國情已耳”。而中國則不思進取，“自足過甚，自信太深”。也就是說，其根本原因就在於一立憲，一專製。經過對西方發達國家強盛之因的研究，蔡鍔指出：“近百年來，為一切政治之原動，而國製組織之根本者，則立憲製度是也。”辛亥革命成功後，蔡鍔主張“定國體政體為民主立憲”，“設立民主立憲政府”。
南北議和期間，蔡鍔堅決反對君主立憲，多次致電孫中山及獨立各省都督，進一步明確表示民主立憲的要求。之後，蔡鍔積極投身民國憲政實踐，並提出了一係列有關的觀點和主張，形成了以憲法為基礎、以分權為主要內容、以強有力政府為保障的憲政思想。
蔡鍔在學習和研究西方政治理論的過程中，對西方三權分立學說曾進行過比較深入的研究，對孟德斯鳩的三權分立、以權製權的理論尤為推崇。蔡鍔領導辛亥雲南起義成功後，對於雲南省乃至全國的政權機構建設進行了認真思考。基於對西方三權分立製度優越性的認識，他認為，清朝封建專製製度廢除後，中國應當像西方資產階級國家那樣將國家權力分為立法、行政、司法三個部分，分別由三個不同的機關來行使，實行三權分立，並將之視為推行憲政的重要內容。與此同時，蔡鍔還十分注重國家三種權力之間的相互均衡和相互製約的問題。在他看來，一種權力一旦缺乏另一種權力的製約，就會導致濫用，這對憲政的實施是十分有害的。因此，蔡鍔在雲南省軍政府條擬的二十三條中央會議大綱中明確要求中央會議研究三權分立的問題，確定國家“立法行政司法機關之組織”。
在雲南，蔡鍔按照西方三權分立的理論初步構建了地方的權力機構，並主張行政權屬雲南軍政府，立法權屬於臨時省議會，司法權屬於檢察廳和審判廳。因此，雲南軍政府成立後，蔡鍔就籌設立法機關，他致函讚助共和的舊省谘議局說：“滿清專製二百餘年於茲矣。鍔等不惜犧牲身家性命，誓滅胡虜，為同胞謀幸福，爰於昨晚首先舉義。所幸圍督署及攻各局、所，義師所向，著著製勝，不崇朝而大局已定。惟是破壞之責，鍔等已盡，而建設之任，專在諸公。蓋諸公為全省代表，鄉望素孚，務祈出而維持，互相讚助。如表同情，請即移至敝司令處，會商善後辦法，是所切盼。”谘議局回函表示，“顧首先發難在諸公，既不避槍林彈雨之危，同人等責任所在，敢不竭力維持，以襄成功。”隨後，谘議局在與軍政府會商後，通電雲南各地自治團體，規約十餘條，對迅速穩定雲南各地局勢發揮了一定作用。在蔡鍔的重視和支持下，不久對舊省谘議局進行了改組，在舊議員中留二十餘人，從軍政府參議院的參議官中挑選十餘人，組建省臨時議會為立法機關，並選舉李增為議長，萬鴻恩為副議長。省臨時議會成立後，作為雲南最高行政首長，蔡鍔對省臨時議會是尊重的。雲南軍政府的大政方針和重大舉措，如財政預決算、組織北伐軍、援藏行動、各州縣及省軍政府官員公費、籌借外債、發行公債等，都提請臨時省議會審議，而且還邀請議員參加軍政府政務會議實行民主決策。對於省臨時議會提出的議案，軍政府極為重視，認真研究，及時回複，對於有益的建議，如楊開源關於任用本省官吏的六條規定等，則予以采納執行。蔡鍔後來說：“滇自反正以還……中間事變百出，深賴臨時議會諸君群策群力，隱予維持，大局得以安定。”1913年2月，雲南省議會正式成立，蔡鍔親往祝賀並致祝詞：