“二次革命”失敗後，他逃亡日本，有了冷靜總結和反思的好時機。在參與歐事研究會活動的同時，他在自己創辦和主編的《甲寅》雜誌上，提出並係統論述了“調和立國”論。這個理論批判的矛頭主要指向袁世凱的專製統治，但也嚴肅地批評了以孫文為代表的激進主義錯誤，鼓吹建立以調和、寬容為基礎的多元互動的社會運行機製。
在他看來，專製是逆時代潮流的反動禍害。他寫道：“專製者何？強人之同與己也。人莫不欲人之同於己，即莫不樂於專製。故專製者，獸欲也。遏此獸欲，使不得充其量，以為害於人群，必賴有他力以抗之。其在君主獨裁之國，抗之以變，則為革命。抗之以常，則為立憲。抗之以無可抗，則為諫諍。”“孟德斯鳩曰：‘且專製之國，其性質恒喜同而惡異。彼以為，異者，亂之媒也。’……彼雖指宗教言，然專製與喜同連，到處可通。”他毫不含糊地認為，不管革命派有多少錯誤，以袁世凱為首的專製統治者的倒行逆施，其危害更加嚴重。
與此同時，他一再指斥另一種極端——“暴民專製”。他說：“往者清鼎已移，黨人驟起，其所以用事，束縛馳驟鹵莽滅裂之弊，隨處皆有。國人乃皇皇然憂，以謂暴民終不足言治……”黨人“未能注意於利益不同之點，極力為之調融，且挾其成見，出其全力，以強人同己，使天下人才盡出己黨而後快。又其中有所謂暴烈分子者，全然不負責任，肆口漫罵，用力擠排，語若村嫗，行同無賴，因之社會之情以傷，陰謀之局以起，則事實具陳，無可掩也”。
章士釗並不是僅僅停留於現象層次，而是深入從曆史層麵進行解剖。他指出，中外曆史一再證明，走向極端，拒絕調和，必然帶來災難性的後果。民國初年，以批判態度觀察政局發展的中國人為數不少，但能聯係世界曆史全局反複思考的卻不多見。針對這樣的現實，章士釗認為思想和製度等方麵都應以調和立國論為指導，作出相應的轉變。他清醒地看到，關鍵要培養對抗力，從製度層麵解決問題。
進入20年代，章士釗的思想起了巨大變化。他訪問英國一些知名學者後，看到了農業國與工業國的不同，提出了以農立國的思想主張。這套“農國”論，幾乎全盤否定了他自己過去的社會政治理念。這是一個非常完整的反對現代化的理論。其要點是：中國一貫以農立國，必須堅持這個傳統。拋棄一切與工商立國相關聯的追求與製度。
在政治領域，一反前期的主張，不要總統、國會、政黨等等與工商國有關的一切製度。
為此，他一再撰文，反複演講，說民初以來政局混亂，戰禍連綿，都是走錯了路，把不切中國國情的製度搬到中國。“吾國禍亂相尋，自辛亥迄今十二年無寧日者，徒以大選無方，奸雄竊發已耳。不去選事，亂無由已……西土現製之有裨於吾者甚少……若夫英美式之國會，斷乎無複自存之值。”選舉、總統、國會、政黨……通通不要。“一言以蔽之，吾為農國，不能妄采工業國之製度”。
引人注目的是他堅決反對新文化運動。早在1919年9月，新文化運動進入高潮，章士釗已為文學和道德領域破舊立新深感憂慮。他說：“今人講新文學，頗采報端之見，揮斥一切舊者，欲從文學上劃出一新紀元，號之曰新。愚謂所見太狹，且亦決不可能。”“今之社會道德，舊者破壞，新者未立，頗呈青黃不接之觀……人心世道之憂。莫切於此。”因此，他認為：“新機不可滯，舊德亦不可忘，挹彼注此，逐漸改善，新舊相銜，斯成調和。”本來強調橫向寬容的調和，轉而注重縱向新舊的融合。隨後，反對新文化運動的態度更趨堅決。
章士釗在《業治與農》中之所以提出“吾國當確定國是，以農立國，文化治製，一切使基於農”，是由於看到“歐洲之工商業，日見開發，其本國之農業，大被剝蝕，以成畸形，所有道德習慣，浸淫流衍，有形無形，壹是皆以工商為本”，這種經濟模式在初始階段能帶來物質的豐富，但當其他國家相繼仿效，市場競爭日趨激烈以後，戰爭就發生了，其結果，“工商之本毒未除，漫欲以一戰驅其標疾，是猶止沸，專意揚湯，非徒無益，而又害之也”。“吾之浮慕西方文明，捧心效之，……工商業之所成就，至為淺薄，坐見農業不興，國產日耗，淫巧溢於都市，機變中於人心”，社會風氣競相奢侈，“農業之有退而無進，……以攀此種極不自然極不相應之生活程度者，無他亦繼續借債而已”。在《農國辨》一文中，章士釗對農國下了這樣的定義：“凡國家以其土宜之所出人工之所就，即人口全部，謀所配置之，取義在均，使有餘不足之差，不甚相遠，而不攫國外之利益以資挹注者，謂之農國。”有研究者把章士釗所推崇的道德文化歸納為“調和持中、尚儉節欲、清靜安民、寡欲不爭”。其實，從倫理經濟思想的角度來考察，這種文化道德與西方工業文明的區別在於：後者是以人類向自然界索取，從而可能導致人與自然界日益對立為特點，而前者則蘊涵著人與自然的和諧相處的生存意識。如果舍掉具體的物質，可以說在短時間裏，前者往往顯得不合時宜，顯得落伍保守，但從長遠來看，這未必不是一種智慧。在今天更具有特殊的意義。
章士釗在自己主辦的《甲寅》周刊上，強調反對新文學運動、新文化運動，反對白話文，反對“歐化”，引得罵聲一片，但仍然我行我素。
他斷言：“所謂文明野蠻，不過循環蟬遞。”“新舊並無一定之界限，何者為新，何者為舊，很難於斷定……新舊是循環的，昔日以為新者，今日或視為舊；甲地以為舊者，乙地或反視為新。”“故思想之進化，亦是循環的，並無新舊之不同。”於是，新文化運動全都是無事生非，有害無益。白話文在他看來更是“文詞鄙俚，國家未滅，文字先亡”！簡直是奇災大禍。其惡果是：“躁妄者悍然莫明其非，謹厚者菑然喪其所守，父無以教子，兄無以詔弟，以言教化，乃全陷於青黃不接、轅轍背馳之一大恐慌也。”
章士釗是最早接受西方文化與思想的人，但他不忘舊文化，堅守傳統思想，是他一貫的主張。1910年，他寫有《國文果能治乎》。在《甲寅》雜誌上，他也發表了《孔教》、《國教問題》等文章。今天看來，他是不為潮流所左右的先見之士。“文化大革命”中，他出版了用文言寫成的《柳文指要》，完成了他堅持一生的對傳統文化的熱愛，也表達了他對文化大革命破壞文化的無奈。當然，反對白話文，反對新文學也不是完全正確，他沒有辯證看待文化與文學的發展與變化。
近年來，不少人對在20世紀農業思想發展史上，以農立國的思想進行了研究。他們肯定了其特定的價值。特別是後來毛澤東“以糧為綱”，大辦人民公社，成為上個世紀一道獨特風景線。甚至有的人認為，正是章士釗等人的這一思想影響了毛澤東的決策。
章士釗是我國近代新聞史上的重要人物，一生參與或主辦的報刊達三十餘種，其新聞實踐和思想對當時和後世產生了重要而深刻的影響。章士釗的主要新聞思想可以概括為以下幾點：
一、反對製定報律，主張言論自由。他認為言論自由就是“凡人可以自由發表意見，不受國家之檢閱也”。
二、主張建立“新聞托拉斯”，即當今的新聞集團。
三、新聞具有強大的政治功能，新聞與政治密不可分，相互依存。
四、重視讀者意見。在所辦報刊中，專門開辟有“通訊”等讀者專欄，及時聽取讀者意見。
五、反對報紙攻擊個人隱私、重視培養新聞人才等等。
著名學者袁偉時說：“文化，包括政治文化需要積累。清末民初章士釗等人對政黨政治的論述，令中國知識階層的政治視野更加開闊，是中國現代思想文化積累的重要組成部分。一個國家的國民和社會精英隻能在現代政治實際運作中學會現代政治。完善的民主政治製度也不可能從天而降。現代政治製度是逐步生成的。清末民初政治製度變革失敗，不等於這樣的思想積累沒有意義。”
三、章士釗在近代史上的地位與影響
章士釗在近代史上的地位與影響，除了政治、法律與和談使者之外，在以下三個方麵尤其引人注目。
（一）交友遍天下
多才多世、特立獨行的章士釗，一生經曆了晚清、南京臨時政府、北洋政府、國民政府和中華人民共和國五個時代，是20世紀最傑出也是最有爭議的風雲人物。章士釗晚年在回憶文章中曾說：“吾弱冠涉世，交友遍天下。”確實如此。粗略統計一下，章士釗與以下五個方麵人士多有交往。