第二款是關於割地的問題。李鴻章據理申述說：泰西各國交兵，沒有將已據之地全行請讓者。伊藤回答說：西方的成例對日本無用，“不能以它們的例子來為中國服務”。李鴻章問：“台灣全島，日軍還沒有侵占，為什麼強行要中國割讓？”伊藤回答說：“這是彼此定約商讓之事，不論兵力到不到。”李鴻章語氣強硬：“我不肯讓，又將如何？”伊藤說：“如果一定要限於兵力所到，日軍要占山東及東北各省，你們將全讓嗎？”李鴻章指出：“這是日本新創的辦法。西方國家就不一樣，難道你們不怕貽笑西方國家嗎？”伊藤又以黑龍江一帶如何讓與俄國來詰難，李鴻章由於缺乏思想準備，竟然以荒唐的理由作回答：“中國以前所給俄國之地，實在是人煙稀少，十分荒涼，而台灣則已建立了行省，人口稠密，不能相比。”伊藤立即用譏諷的詞語說：“尺寸之土，都是王家之地，怎麼能夠分荒涼與繁盛？”李鴻章不再與伊藤爭執下去，明確表示：“總之，我講了三大點，2億兩賠款，數目太大，一定要請再減；駐在營口的貴軍請立即撤退；割讓台灣之事不必再提。”伊藤又說：“這樣的話，我們兩人意見不合。我將改定約款交給你閱看，所減隻能如此，時間太倉促，不必多說。照辦固然好，不能照辦就算駁回了。”李鴻章：“不許我駁了嗎？”伊藤又用進行戰爭相威脅：“你駁隻管駁，但我的主意不能稍有改變。現在廣島有60餘隻船，運輸量為2萬噸。兵糧齊備，所以沒有出發，是因為有停戰協定的緣故。”李鴻章最後重申：“賠款還須減5000萬，台灣不能相讓。”伊藤說：“這樣的話，我們立即出兵台灣！”李鴻章無可奈何地哀求說：“我們兩國比鄰，不必這樣決裂，總須和好。”並答應在三天之內，請示清政府再對割地、賠款等事做出答複。
4月12日，李鴻章接到由總理衙門轉來光緒皇帝的指示：賠款再與日本磋磨減少，割地允割台灣的一半，而牛莊、營口在所必爭。“倘事至無可再商的地步，應由該大臣一麵電告，一麵即與定約。”同一天，李鴻章致電總理衙門，伊藤越逼越緊，聲稱如再商改約款，即照和約決裂、此約中止的辦法去做。14日，李鴻章接到光緒的最終指示：“原來希望爭得一分有一分之益，如果實在不能再商議，就遵前旨與之定約。”在當天，李鴻章與伊藤作了最後一次談判，除遼東割地、劃界、賠款利息及占地軍費稍有更動之外，其餘照日方條款辦理。
4月17日，李鴻章與伊藤分別代表中日兩國政府在《馬關條約》上簽字。這個條約共計11款，其主要內容是：1.中國承認朝鮮獨立自主；2.中國將遼東半島、台灣全島及所有附屬各島嶼、澎湖列島割讓給日本；3.中國賠償日本軍費庫平銀2億兩，分八次交清；4.中國開放沙市、重慶、蘇州、杭州為商埠，日本船隻可以沿內河駛入以上各口岸；5.日本臣民可以在中國各通商口岸設廠製造工業品，並可以免征一切雜稅。
《馬關條約》是一個喪權辱國的條約。它大大加深了中國的半殖民地化和民族危機。條約規定了巨額戰爭賠款，加上後來所謂“贖還”遼東半島的款項，總共2.3億兩，相當於清政府全年財政收入的三倍。清政府在財源枯竭的情況下，除了進一步搜刮人民外，隻得向列強大肆舉借附有苛刻政治條件的貸款，為列強進一步加強對中國的控製和掠奪提供了條件。條約允許日本在華直接投資設廠，西方列強援引“利益均沾”的特權，同樣享有這項權利。甲午戰爭後，列強爭先恐後地到中國開設工礦企業或修築鐵路，直接掠奪中國的原料和廉價勞動力，致使尚未成長的中國民族工商業遭受巨大的打擊。新的通商口岸的開放和內河行船特權的掠取，使得各國可以深入長江流域廣闊地區，直接掠奪中國內地豐富的資源和傾銷商品，從而加深了中國經濟的半殖民地化。條約規定割讓台灣及遼東半島等地，不但使中國失去了大片戰略要地，而且使中國數百萬台灣同胞，長期處於日本殖民統治的深重災難之中。
很顯然，《馬關條約》對中國社會產生的嚴重影響是空前的。從鴉片戰爭、英法聯軍之役以及伊犁條約等曆次大小賠款，總數不到5000萬兩，這次卻超過四倍以上，割地麵積又大，遠遠超過《南京條約》對香港一隅的割讓。而允許日本在通商口岸從事工業品製造，且又為西方列強援引為最惠國待遇共享，更是對中國民族經濟的嚴重損害。就連李鴻章本人也深深體會到了這一點。自條約畫押之後他忍淚含悲，匆匆登上輪船於4月18日啟程返國。20日回到天津後，他就在《奏中日會議和約已成折》中說：我在馬關與日本人談判，“正是事機棘手之際，力爭於驕悍不屈之廷，既不免毀傷殘年之遺體，又不能稍斂強敵之貪心。”在夜深人靜的時候考慮這個問題，真是“愧懼之情交織在一起。”我最感到內疚的是：“賠款數目比原來有所減少，還有2億兩；奉天以南雖退出幾處，而遼東半島營口等處沒有爭回來。”進而，台灣兵事並未涉及，日本人垂涎已久，必定要強行占領。他很清楚地認識到，日本得到中國的賠款和土地，“如虎添翼”，中國“後患不堪設想。”從而，他“深切盼望”清廷“振奮勵誌於上，內外臣工齊心協力，及早變法求才，自強克敵”。
飲鴆止渴
甲午戰爭期間，清政府因戰費需要，借過四筆外債，總數達4千餘萬兩，仗沒打贏，錢卻花完了。根據《馬關條約》，中國要賠款2億兩，第一年即須付1億兩，又為省去利息，必須於三年內籌足全數。而《馬關條約》簽字後六天，德、俄、法三國幹涉日本割取我遼東半島，迫之交還我國；但又須支付還遼的“酬報費”庫平銀3000萬兩給日本。
在甲午戰爭以前，清政府的財政，原已十分困難，據統計，這時每年收入為88909000兩，每年支出也相差無幾，要在國內自行籌劃這筆龐大款項，是根本不可能的事。因此，為了繳付此項賠款，清政府隻好向資本主義國家籌借外債。清朝政府既急於借債，資本主義又急於放債，於是分別在1895年簽訂了“俄法借款”，1896年簽訂了“英德借款”，1895年又簽訂了“英德續借款。”