其後慈禧帶著光緒自西安回宮，光緒又在瀛台孤單寂寞地度過了七個年頭，他苦苦地等待著老佛爺撒手西歸。1908年11月14日傍晚，38歲的光緒帝躺在冰涼寂靜的瀛台涵元殿裏，滿含悲恨離開了人間，時隔不到一晝夜，慈禧太後也駕崩於皇宮儀鸞殿，終年74歲。
新政措施存廢
政變後兩三個月，清室君臣關於維新措施存廢頒行諭折上百條。政變之初，明令取消廢止有關政治改革方麵的措施，諸如裁撤衙門、允許士民上書、開設報館及集會結社等等。同時則反複申諭：“通商惠工厘農育材，以及修武備，浚利源諸務，有關國計民生者，無論新舊，均須次第實行，不得因噎廢食，擇善從之，次第舉辦。”並飭令六部、總理各國事務衙門和各省督撫詳加核議，據實奏明，分別辦理。
經濟方麵，鐵路礦務總局並未因政變而裁撤，因原任督辦之一的張蔭桓被處分而委任刑部左侍郎趙舒翹會同王文韶繼續辦理，並批準了胡1？所奏鐵路公共章程二十二條。同時任命榮祿、張之洞督辦蘆漢鐵路，胡1？、張翼督辦津鎮及山海關外一帶鐵路，粵漢、寧滬、蘇浙、廣九等近幹要支均由盛宣懷承辦。總理衙門議定礦務章程並要各省將軍督撫飭各該地方官於所轄境內察訪勘查礦產繪圖帖說，六個月內谘報總局，“以憑核辦”，均“如所議行。”並批準了山西巡撫胡聘之所請設立紡紗織布廠、火柴廠、榨油軋花廠，任命張翼督辦直隸全省及熱河礦務，並準其成立公司。十分明顯，該局奏設於“百日維新”期間，活動卻開展於政變之後。諭令裁撤了設於京城的農工商總局，同時“責成各督撫在省設局，分門別類，詳加考核，裨有實際”。並要直隸總督選派妥員督率辦理，“以為各省之倡。”接著批準了張之洞、劉坤一在漢口、上海“試辦”的商務局，譚鍾麟在廣州成立的農工商總局，令其“加意講求，認真經理”，“務期中外流通，確有成效。”山西1896年成立的商務總局亦飭未撤銷前的農工商總局“查照。”鄧華熙在安慶設立了蠶桑公司，並設蒙學館，教農家子弟，得到慈禧等的認可。盡管農學會被廢，興農學，講勸農仍在貫徹執行。“百日維新”期間經總理各國事務衙門奏準頒行的《振興工藝給獎章程》政變後則付諸實施，對促進科學技術的發展起了積極作用。
諭折再三強調：“今日時勢，練兵為第一大政，練洋操尤為練兵第一要著。”故軍事方麵措施不特基本未廢，而且在朝旨嚴飭下切實推行。各省裁營騰餉，改練洋操。北洋各路防軍裁汰後“不過一萬數千人”，減去半數。湖北、陝西、四川等省份均奏報裁舊練新情況。清廷命北南各省分別由新建陸軍和自強軍酌拔營哨之學成者任教，推行西洋規製。上諭公開揭露指責舊軍積弊，要求各領兵大臣“激發天良，以身報國”，“激勵兵丁，認真訓練”，“務期規模日新，悉成勁旅。”與此同時，三令五申各省編查保甲興辦團練。為了培養軍事人才，進行新式軍事教育，朝旨允準安徽、江南、陝西等省設立武備、陸師、隨營等學堂。武科試雖然恢複了，但同時宣布各省營所用武進士及投標武舉，悉令練習槍炮，要求所有未經入伍之武生均就近挑入學堂，學習格致輿地等學及炮隊、槍隊、馬隊、工程隊諸科，“以備折衝禦侮之用。”顯然，新舊之間兼有變通，並非全依武科舊製。當劉坤一對上述懿旨提出異議，上諭則答以“著毋庸議”，仍令其“懍遵”前旨。
文化教育方麵，詔諭恢複科舉考試，取消經濟特科等新政措施之外，則宣布：“大學堂為增植人才之地，除京師及各省會業已次第興辦外，其各府、州、縣議設之小學堂，著該地方官察酌情形，聽民自便。”慈禧采納了禮部申明取士舊製的建議。對其“各省書院照舊辦理，停罷學堂”的奏請，懿旨則指出：“書院之設，原以講求實學，並非專尚訓詁詞章，凡天文輿地兵法算學等經世之務，皆儒生分內之事，學堂亦不外乎此。是書院之與學堂，名異實同；本不必定須更改。現在時勢艱難，尤應切實講求，不得謂一切有用之學非書院所當有事也。”盡管有“申明舊章”之意，但卻給舊式書院賦予了新式教育的若幹內容。書院之名未改，但亦非昔日麵目了，劉坤一奏報辦理學堂情形時公開申明執行了“百日維新”期間有關旨諭，將原儲才學堂改為江南學堂，把鍾山、彝經、惜陰、文正、鳳池、奎光六書院改為府縣學堂，並因“經費不敷”各地書院擬在一年內逐步改為學堂，湖北、山西、奉天等省所設和創辦學堂仍然得到朝廷首肯。
綜上所述，可見慈禧在政變後對“百日維新”期間所頒新政措施廢止、保留、修改、實施兼而有之，所謂除京師大學堂外一概廢棄的說法是不符合史實的，也不是慈禧其人本意。其存廢修改，去舍之間，我們認為有如下幾個原因。
首先，當時形勢使然。甲午戰敗和此後越來越嚴重的民族危機，震動社會各階級各階層。資產階級維新派高舉救亡旗幟，把維新變法迅速推向高潮，“百日維新”就是在列強掀起的瓜分狂潮中進行的。政變把維新派沒入血泊，卻沒有改變民族危亡的總形勢。在維新圖存的潮流麵前，政變發動者也不敢放棄變法自強的旗幟，政變後一再詔告中外：“近因時事多艱，朝廷孜孜圖治，力求變法自強”，籌辦一切新政。因為當此時局冀為國家收攬人心，不論對統治階級內部，還是對其他階級，這樣做都是合乎邏輯的。
其次，出於鞏固封建統治的需要。慈禧也承認：“前因中外積弊過深，不得不因時製宜，力加整頓。”一再指出吏治的因循、軍事的衰疲、財用的艱窘等等弊端，而“整頓”的措施，則是對新政措施存廢修改，因而用之。光緒所頒新政措施盡管沒有全部采納資產階級維新派的建議，但仍具有濃厚的維新色彩。經過慈禧廢棄和修改，閹割了新政措施“有礙治體”的靈魂，就肢解了維新措施的整個體係，許多經濟、軍事、文化上的具體措施，對於封建統治者來說，非但無害，而且“有裨於國計民生”。慈禧就說：“泰西各國，風俗政令與中國雖有不同，而兵農工商諸務，類能力致富強，確有明效。苟能擇善而從，次第興辦，自可日起有功。”