雷氏在《秦漢之際的政治思想與皇權主義》一書中，也提到了思想史的不同寫法和模式，與葛兆光精英經典思想史和一般思想史的提法略有不同，分劃也更加細致。他說：“依據所寫內容，我們可以區分出兩種思想史。
一種是淩空飛行的思想史，俗稱‘精英思想史’。一種是匍匐而行的思想史，俗稱‘民間思想史’（或‘底層思想史’）。實際上還應該有第三種思想史，這種思想史與製度、事件、權術、陰謀直接聯係在一起。”“依據所用方法，我們可以區分出四種思想史。一是新儒家的從思想到思想的寫法，一是唯物史觀的從經濟—階級到思想的寫法，一是長時段的從民間—知識到思想的寫法，一是社會史的從社會到思想的寫法。新儒家強調思想史的內在理路，唯物史觀強調思想史的經濟因素，長時段強調思想史的知識論基礎，社會史強調思想史的社會與思想的互動過程。其實，還應該有第五種寫法，即凸顯思想史的製度背景，展示思想在具體製度架構中的曲折生長過程。”而這第五種實際是雷氏在研究中最為關注的，他稱之為“製度思想史”。製度與思想，二者的關係如何，雷氏說“製度與觀念的關係如同生理與心理之關係”，又說“觀念的製度基礎，製度的觀念內涵”，而“正是皇權主義秩序把‘天高皇帝遠’的製度現實變為‘天高皇帝近’的觀念現實”。
與一些思想史恰恰看不到作者有什麼不同以往的獨特思想不同，雷氏的思想史充滿了閃爍的思想光亮，但是同時也不難注意到，其研究和論述還是存在簡單和粗糙的弱點。比如我們剛剛分析過的他對製度與思想關係的闡述，即有些簡單化。思想是非常複雜的東西，不論是就大的社會，還是就小的個人來看，都處在不斷的外戰和內戰之中，與製度的關係也是一樣，互致互為的關係不是機械的，不會是像照鏡子一樣，如果說一個時期實行的製度具有明確的現實性的話，而一個時期的思想就不會是完全與製度同步的現實，而會兼具超前性和滯後性的特點，超前和滯後都是相對於製度而言的，超前性突出在精英思想史中，滯後性主要體現在民間思想史中。
恰恰是由於這一點，思想史是有類別分劃的。雷氏書中也提到：“我們的思想史研究，是研究某一時期的思想，而不僅僅是研究某一時期的那些思想家的思想，而思想家的思想，決不就等同於該時期曆史進程中實際反映出來的思想，不等同於在實際曆史進程中起作用的思想。所以，考察某一時期的思想，應該注意考察在實際的曆史進程中起作用的、實實在在影響了曆史發展的思想。我們不能排除思想家對曆史實際進程的影響，但也不能誇大這種影響，特別是不能以為他們的思想就是那個時代思想的全貌。我們應該拓寬思想史的研究視野，從人類全部的曆史活動中去考察思想的軌跡。”但就雷氏的這本書看，對思想家的思想、曆史進程中實際反映出來的思想、實際曆史進程中起作用的思想等的複雜關係，論說得還不夠充分。
雷氏的思想實際上是徜徉在製度與思想、製度思想史與精英思想史之間，而對社會底層、鄉裏民間、編戶民們在思想史上的地位和作為，應該說關注的並不是太多，而筆者認為，這裏才恰恰是皇權主義生成的沃土和發展的基礎，也是皇帝製度和皇權主義異常穩定強固的原因所在。這是筆者要重點關注的。
中國曆史上的君主專製製度產生於先秦，大體可以定位在戰國階段，但這個時期與秦漢之後，即皇帝製度建立後的君主專製是有較大區別的。
戰國時期隨著社會的發展，各國相繼實行變法改革，建立在郡縣製、編戶齊民製、官僚製基礎上的君主專製製度長足發展，但又必須看到，這個製度無論是在專製的範圍還是專製的程度上，都遠遠達不到秦漢以後的狀態。當時不僅僅是貴族，甚至是平民，還是有一定的政治權利的，特別是有一定的思想和話語的權利，君主對於貴族還是尊重和客氣的，對於知識分子還是禮賢下士的，即便是對於一般的民眾，即所謂的編戶齊民，也是支配其人身，而專製不了其心。所謂“君之視臣如手足，則臣視君如腹心；君之視臣如犬馬，則臣視君如國人；君之視臣如土芥，則臣視君如寇仇”。所謂“民為貴，社稷次之，君為輕”。思想家的這些說法都是當時君臣關係、君民關係的反映，是君主專製不夠極端與強化的反映。進入秦漢以後，情況就大不一樣了，隨著天下的統一，隨著皇帝製度的誕生，隨著郡縣製的一統推行，特別是隨著儒學的尊崇、思想的規製，君主的權力，也就是皇權，不再是專製國中，而是專製天下，不再是單純地支配人身，而且是鉗製人心。那麼，秦漢統治者、皇帝君主是通過什麼途徑，使用什麼辦法，達到皇權支配社會，達到支配人們思想和觀念的目的呢？皇權主義是如何成為全社會遵守、信仰、追求的目標呢？
應該說這是個比較複雜的問題，因為它既有皇帝製度必然引發的皇權主義的思想觀念，既包括了強製性的皇權主義的推行，也有非強製性的，表麵看似乎是無意識的耳濡目染，而事實上恰恰是皇權意識已經形成為社會性共識的表現。
首先，皇權主義達到了可以控禦人的思想的程度，而且是對全社會，包括下層民眾在內的各個階層和等級在內的思想專製的原因，首先是製度的問題，雖然我們這裏討論的是思想層麵的問題，但是存在決定意識的唯物主義原則還是不誤的。皇帝製度的存在，大一統國家的出現，是皇權主義可以控禦人心，深入到社會成員的最最深密的心靈之處，成為社會性崇拜與信仰的製度基礎。對於秦始皇創立使用的“皇帝”稱謂及其皇帝製度，學術界有過太多的論著涉及，不論是從文字訓詁，還是從政治體製，都有太多的重複研究，筆者不想重複贅述，不過可以簡略指明的是秦漢的皇帝和先秦的王是絕對不同的，如果說先秦的王是貴族中的一個等級，是天下臣民的主人之一的話，那秦漢時期的皇帝卻是天下唯一的主人，他借助於官僚製度、郡縣製度、編戶民製度，實現了對天下所有人的直接的統治與支配，由於皇帝權力地位的獨一無二的絕對性，在與天下臣民的相互關係中既至高無上，又直接而無中間環節，這樣的一種製度狀況必然造成天下臣民，特別是編戶民對於皇帝和皇權的畏懼、崇拜、依附，並求其庇護的心理。
再者，皇權對於社會的支配，達到支配人們思想和觀念的程度，在製度的基礎上，還包含了諸多強製性的因素，而其中既有法律令的強製使然，也有教育形式和內容的強製，還有神化皇權的宗教的強製。為了強化和神化皇權，使之深入到秦漢社會生活的方方麵麵，特別是實現對人們思想觀念的統一、專製、支配，把法律、教育、選官、思想信仰等結合起來，從秦始皇到漢武帝，再到漢光武帝，皇權的代表人物及其統治集團進行了不懈的探索和努力。
秦始皇不僅創立了皇帝製度，在滅亡六國，統一天下的疆域之後，陸續實行各個方麵的一統，不僅統一製度法令，統一度量衡，還要統一人們的思想與觀念，要實現韓非的極端的君主專製主張：“言行而不軌於法令者必禁。”於是不僅強製推行“書同文”、“行同倫”，還用更為專製的手段鉗製人們的思想，那就是“焚書坑儒”。以秦始皇和李斯為代表的統治集團，曾經對周朝衰亡的曆史進行過理性的反思，認為天下之所以諸侯割據、戰亂不已的一個重要原因，就是“處士橫議”，為了維護皇權和天下的一統，矯枉必須過正，於是李斯建議說：
古者天下散亂，莫之能一，是以諸侯並作，語皆道古以害今，飾虛言以亂實，人善其所私學，以非上之所建立。今皇帝並有天下，別黑白而定一尊。私學而相與非法教，人聞令下，則各以其學議之，入則心非，出則巷議，誇主以為名，異取以為高，率群下以造謗。如此弗禁，則主勢降乎上，黨與成乎下。禁之便。臣請史官非秦記皆燒之。非博士官所職，天下敢有藏《詩》、《書》、百家語者，悉詣守、尉雜燒之。有敢偶語《詩》、《書》者棄市。以古非今者族。吏見知不舉者同罪。令下三十日不燒，黥為城旦。所不去者，醫藥卜筮種樹之書。若欲有學法令，以吏為師。