李斯的建議為秦始皇所接受，實行“以法為教”，“以吏為師”，“誹謗者族，偶語者棄市”，甚至規定“不可以妄言，妄言者無類”，“以古非今者族”，“有敢偶語《詩》、《書》者棄市”，更加嚴厲的是懲治“非所宜言”，以極端專製的手段鉗製人們的思想，控製社會輿論，終於導致了焚書坑儒。
可以明顯看出，秦朝統一天下後，從“以法為教”，“以吏為師”，到“誹謗者族，偶語者棄市”，最後到焚書坑儒，強製推行的這一係列法律、製度、政策、措施，目的和實質就是要在思想層麵實現高度的皇權專製，達到皇權更深地控禦社會。
秦朝的迅速滅亡暴露出法家君主專製理論和實施辦法簡單、極端的弱點，理所當然地受到批判和反思，同時也就使君主專製的發展出現了回流，在迂回發展的過程中，必然產生新的特點，那就是與法家思想不同的儒家思想經過漢儒的改造後粉墨登場。漢代新儒學代替原來的法家，成為皇權控禦社會的更加有效的思想工具，漢代在武帝時期又重新回到了秦始皇開創的皇權主義的專製道路上來，依然是要從思想層麵上深入地控禦社會，對人們的思想和觀念實行專製。
漢武帝即位後馬上詔丞相、列侯、中二千石、二千石、諸侯相舉賢良方正、直言極諫之士，並親自策問古今治國之道。董仲舒在對策中推尊儒學，建議以儒學統一整個社會的思想，所謂“諸不在六藝之科孔子之術者，皆絕其道，勿使並進”，得到漢武帝的讚許和采納。這就是我們通常所說的“罷黜百家，獨尊儒術”。明眼人一下就可以看出，這與秦朝的“以法為教”，“以吏為師”，在實現思想觀念的統一和專製方麵，沒有實質性的差別，而是一致的。雖然說正統的政治思想由法變成了儒，但漢代的尊儒，既是一麵旗幟，也是一個幌子，“漢家自有製度，本以霸王道雜之，奈何純（住）[任]德教，用周政乎”！漢宣帝此語泄露了天機，儒家思想一方麵並非惟一的統治思想，法家思想同樣受到統治者的重視，另一方麵，漢代的儒家思想本身也吸納了法家、道家、陰陽家等諸家思想學說，正是因此，漢武帝才比當初的秦始皇更成功，不僅實現了行政疆域的統一，更實現了思想觀念的統一，新儒學指導下的統一。
漢武帝之所以比秦始皇做得好，做得成功，除了以董仲舒為代表的新儒學對儒學的改造外，還由於他沒有像秦始皇那樣用野蠻的方法解決思想統一問題，而是使用文明的措施，其中最突出的就是把教育和考試與選官和尊儒結合起來。
漢代的教育形式雖然說有官學和私學之分，但是以官學為主體，私學的教育內容和目的都是緊跟官學的。而漢代官學的教育目的是非常政治化的，不論是中央的太學還是郡國的學校，主要都是為皇權主義的統治服務，教學的主要內容是研讀儒經，培養人才的目標就是做官——從中央到地方各級政權的管理者。但不論是察舉還是征辟，選拔統治人才考慮的都是以儒學為標準，如此以儒術取士，就為“獨尊儒術”的推行提供了有力的製度保證，同時不僅對天下的讀書人具有引導和激勵作用，更重要的是促使全社會形成重視儒學、重視教育的社會風尚，使儒家思想滲透到社會各方麵，支配社會各個階層，所謂“遺子黃金滿籯，不如一經”，在皇權指揮棒的引導下，漢代出現社會性的學儒讀經熱，大批儒生通過讀經而進入仕途。秦朝是“以法為教”，“以吏為師”，漢代，特別是西漢後期和東漢時期，則是以儒為教，以師為吏，經讀好了就可以為官，經師可以為高官，二者看似相反又相似，有些異曲同工，隻是漢朝的辦法和途徑更高更妙，但運用皇權控禦人們的思想觀念的本質，秦漢是一樣的。
秦漢時期皇權控禦思想的再一個重要手段和途徑，也是漢武帝高明於秦始皇，或者更準確地說是漢武帝時代高明於秦始皇時代的地方，就是迎合和利用古代社會中人們濃厚的神鬼、陰陽等思想，將皇權神秘化，使之神聖、合理、不可質疑，使全天下人更心甘情願地畏懼在皇權的腳下。秦始皇雖然說是中國曆史上第一個利用五德終始學說來證明秦朝存在的合理性的君主，但他卻基本沒有用神秘主義來強化皇權，他不懼神鬼，勇於和湘神鬥，敢於和海神戰，似乎沒有想到用超自然的力量來強化自己的權力，來神化自己對天下人的專製統治。而漢武帝時期則不同，董仲舒不但提出“罷黜百家，獨尊儒術”的建議，而且提出神化皇權的一係列思想學說。
董仲舒在政治上最大的主張就是皇權的大一統，所謂“《春秋》大一統者，天地之常經，古今之通誼也”。就是說大一統的皇權是天經地義的，是不可質疑的。他不僅僅闡發了《公羊傳》中“大一統”的思想，又吸收了道、法、陰陽等家的思想學說，對公羊學說進行了神秘主義改造，形成了具有時代特色的理論體係，這一理論可以概括為天人感應的神學政治論，這是董仲舒思想的一個特別關鍵點。所謂天人感應，其實是一種關於天人相互關係的神秘主義思想理論，這種思想起源於先秦，但極為簡單粗糙，而到了漢代，董仲舒才使天人感應論成熟豐滿。
董仲舒學說中的“天”既是自然的，又是超自然的，具有濃厚的神秘主義特色，同時天是至高無上的主宰。在天人關係上，他主張人受命於天，通過陰陽五行的運行與人相溝通，通過君主與天下人溝通，因而君權是天授的，君主是奉天命治理國家，管理社會，統治人民，因此在現實政治和社會中，他極力主張君權至上，力倡皇帝專製的政治體製，並通過神秘主義的途徑論證了皇帝專製的合理性與無可置疑性，論證了臣民服從君主的集權與專製就如同順從天命一樣天經地義。他說：“德侔天地者稱皇帝，天佑而子之，號稱天子。”“天子受命於天，天下受命於天子……”另外董仲舒又吸取陰陽家的思想學說，將天人感應與陰陽五行的運動發展相結合，在陰陽關係中，認為陽是處於主宰的地位，陰處於服從的地位，並進而把這種關係運用到人們的社會關係與政治關係上，運用到君臣、父子、夫妻的關係中，加以附會發揮，係統為“三綱”的政治倫理道德體係，即所謂“君臣、父子、夫婦之義，皆取諸陰陽之道。君為陽，臣為陰；父為陽，子為陰；夫為陽，妻為陰”。從政治倫理關係論證君主的絕對核心地位，其目的很明顯，就是要證明君、父、夫對於臣、子、妻的絕對支配地位。後來《白虎通義》將之歸納為“君為臣綱、父為子綱、夫為妻綱”，即所謂的三綱。三綱的原則同樣也源於天，因而也是無可置疑的。
董仲舒是漢代新儒學的最大代表，說其新，就是他在前秦儒學的基礎上，吸納融合了陰陽五行和儒、道、墨、法等諸家的思想觀點，改造了儒學。
與先秦儒學相比，二者最大的不同有二，一是人性與神性的不同，一是民本與君本的不同。孟子說“民為貴，社稷次之，君為輕”，而董仲舒說“屈民而伸君，屈君而伸天”。所以說，董仲舒改造創造的漢代新儒學維護皇權，適應其鞏固發展需要的目的、作用、影響十分醒目。正因為如此，有學者認為，為適應秦始皇一統天下之政治需要，李斯當初向秦始皇建議實行“書同文”、“行同倫”、“焚書坑儒”等思想專製措施，還十分簡陋、裸赤的話，那麼董仲舒出於同樣的動機向漢武帝提供的“天人感應”、“大一統”等專製措施，則要精致、隱秘得多。
董仲舒以來的漢代新儒學，由於神學化，後來又讖緯化，充斥了天人感應、陰陽五行及祥瑞災異等，與民間普遍存在的神秘主義相適應，交互作用，故加大了對人們，特別是下層民眾的影響和震懾，使儒學更加世俗化，更能深入民間鄉裏，在皇權深入民間，控禦社會思想的過程中，儒學的神秘主義傾向發揮了重要作用。所以學術界有不少學者主張漢代的儒學乃是儒教。