聰明的秦孝公並不急於表態，他要看看商鞅如何應付——如果你的變法政策連大臣都說服不了，還如何推行全國？商鞅站了出來，和群臣展開了一場著名的“答辯會”。甘龍說，要效仿先聖。商鞅就曆數那些成敗君主，凡是有作為的必有所創造，有所超越，陳陳相因導致衰亡，順應時勢才能大展宏圖。一番滔滔雄辯，把對方駁斥得啞口無言。
說服了大臣，商鞅的變法政策還隻在朝廷站穩了腳跟。但是，老百姓會相信你的新政策嗎？商鞅想到了一個辦法。
一天，商鞅親自來到國都的南門，令人豎起一根三丈高的木頭，百姓不知所以，紛紛前來圍觀。商鞅宣布，能把這個木頭扛到北門，即賞十金。“這可是重賞啊！”人群中一陣驚叫，卻沒有人相信這是真的。第二天商鞅果斷地把賞金提高到五十金。終於，有個年輕人出來試試運氣了，他輕鬆地把木頭搬到北門。眾目睽睽之下，商鞅當場付款。
舉國轟動了：商鞅是信守承諾的！
公元前356年，商鞅在秦國開始了徹底而係統的改革。土地製度變化了，開阡陌，除井田；治安管理加強了，什伍連坐，互相監督；貴族特權取消了，獎勵農耕，生產的糧食多也可以立功，優秀的農民可以揚眉吐氣；爵位等級秩序建立了，不分平民貴族，以戰功授獎，隻要立功多，就可以富甲一方。秦國的軍隊從此變成虎狼之師。既然殺敵取勝可以帶來財富和地位，何樂而不為呢？
十幾年裏，“秦民大悅，道不拾遺；山無盜賊，家給人足；民勇於公戰，怯於私鬥，鄉邑大治。”公元前350年，在商鞅的主持下，秦國遷都鹹陽，以郡縣製劃分行政區域。接著，秦國奪取魏國河西之地，迫使魏國遷都大梁。甚至，那個名義上的皇帝周天子，也要如同諸侯一樣向秦國祝賀。普天之下，秦國之外，已無強國。
秦孝公兌現了他在“求賢令”中的諾言：“與之分土”。商鞅被封為大良造，因戰功封於、商十五邑，號商君。巨大的榮譽與權力傾覆朝野，商鞅達到了人生的巔峰。
但是，秦國的強大並不符合所有秦國人的利益，首當其衝的是舊貴族。在特權被取消之後，他們變成了商鞅的死敵。
早在變法之初，太子就指責過商鞅：“新法嚴峻。”按照商鞅的政策，敢說新法的壞話，這還了得？罰不了太子，也要罰教導太子的兩位師傅——公子虔被割了鼻子，公孫賈臉上被刺了字。
法律的權威雖然得以保障，但未來的國君卻得罪了。（有人勸商鞅急流勇退。但是身在權力的頂峰，又有幾個人懂得退？大概商鞅以為自己仍可以逢凶化吉。他對政治的瞬息萬變，對君主的自私一麵，估計不足。他對平民生活，毫無興趣。）於是，在秦孝公後期，商鞅有太多的機會為自己留退路，但都被他放棄了。
公元前338年，秦孝公去世。這是很多人潛心等待的一個時刻——時勢會因為一個人的存在與否而發生巨變。太子駟繼位，為惠文王。公子虔等人終於有了報複的機會，他們告發商君謀反，發吏追捕。商鞅有口難辯，唯有逃亡。
在一個月色初上的黃昏，商鞅逃到了函穀關，關守尚不知鹹陽城中的變故。但商鞅萬萬料想不到的是，他出逃太急，忘了帶驗證身份的憑證，而每一家店主都告訴他：“我們商鞅大人製定的法律，留宿沒有證件的旅客，店主要受連坐之罪！”
商鞅喟然歎曰：“嗟乎，為法之弊，一至此哉！”自己當日頒布連坐令時，又何曾想到以親身陷此令？商鞅走投無路，隻好回到封地，倉促地組織了一支人馬，起兵造反，戰敗。秦惠文王對他實行了嚴酷的車裂之刑，告誡世人“莫如商君反者”。
商鞅的悲劇充滿了曆史的濃重感和宿命感。他執掌秦國朝政19年，這才有了繁華富庶、氣勢如虹的強秦；才有了始皇帝“續六世之餘烈，振長策而禦宇內，吞二周而亡諸侯，履至尊而製六合”的統一大業；才有了曆代王朝沿用的秦漢製度、霸道王道並存的治國傳統。而他死於自己製定的法律下，也是以生命維護了變法的尊嚴。