後來太武帝決意親率大軍討伐，當看到姑臧城外水草茂盛，便十分痛恨李順，對崔浩說：“你當年說過的話，今天果然應驗了。” 崔浩回答說：“我不敢不講實話，一向如此。”而李順不知悔改，三年後奉旨賞賜群臣時又接受賄賂，太武帝大為震怒，兩罪俱發，處死了李順。
作為統一戰爭的謀主，崔浩參與了北魏王朝三代帝王重大的軍事決策，多謀善斷，算無遺策，屢建功勳，在北魏統一中國北方的一係列戰爭中起了重要作用。除了以上事件中以外，崔浩在平息薛永宗，蓋吳暴亂，征討吐沒骨部落，吐穀渾以及南征劉宋等戰爭中屢獻奇謀，屢建奇功。可以說，沒有崔浩，拓跋燾是不可能統一北方的。
拓跋燾曾對崔浩說：‘你才智淵博，曆事我的祖父與我父親，盡忠三世，因此我對你特別看重。希望你凡有所思，直言相告，助我治世。我有時脾氣不好，也許不能采納你的建議，但過後靜思，卻總覺得你說得很有道理’ 他還曾指著崔浩，對新歸降的高車酋長們說：’你們別看此人纖弱不堪，手無縛雞之力，但他胸中所懷，卻遠遠勝過甲兵。但我征戰前猶豫不決之時，都是他使我下定決心，而且總是大獲全勝。這都是他的功勞！
他曾召集眾尚書，下令道：‘日後凡屬軍國大計，你們不能決定的，都應先征詢崔浩的意見，然後再可實施’ 拓跋燾對崔浩不僅是信任，而且很親近。他有時到崔浩家中向他請教，崔浩接待皇帝倉促之間，來不及製作精美的食品，就搬出家常菜肴，拓跋燾總是高高興興拿起來就吃。崔浩進宮見駕，地點也不限於朝堂，可以出入臥室。
就是這樣一個深受尊敬信任又極為親近的重臣，一夜之間，遭到了滅族之禍。殺他的正是太武帝拓跋燾。
在拓跋燾鎮壓蓋吳起義的過程中，崔浩曾親見寺僧藏匿武器，崔浩篤通道教，主張廢佛。北魏太武帝由此下令關閉長安沙門，焚燒寺院，搗毀佛像，史稱「三武之禍」。寇謙之以殺僧過多，曾苦求崔浩，阻止滅佛行動。當時「一境之內，無複沙門」，朝野間怨聲載道。
掌權後，企圖按照漢族的世家大族的傳統思想，整理、分別和規定氏族的高下。在神麚三年(431年)九月時，崔浩便“欲大整流品，明辨姓族”，表弟盧玄勸阻他說：“夫創製立事，各有其時；樂為此者，詎有幾人！宜加三思”。但崔浩不從，從而得罪了眾多的鮮卑貴族。
崔浩之弟崔恬嫁女兒給王慧龍，王氏是太原大族，世代遺傳齇鼻，在江東被稱為“齇王”。崔浩見王慧龍時，一看到他的齇鼻，就說：“的確是王家男兒，真是貴種！”又多次對朝中的鮮卑諸公稱讚他長得俊美。司徒長孫嵩聽了大不高興，就向太武帝告狀，說王慧龍是從南方歸降的，崔浩歎服南人，是“有訕鄙國化之意”。太武帝大怒，把崔浩傳來訓斥，崔浩脫帽叩頭，自責了一番才得到寬恕。 太子拓跋晃監國時，崔浩自恃才略及魏主所寵任，專製朝權。一次曾推薦冀、定、相、幽、並五州人士數十人，皆起家為郡守。太子對崔浩說：“先征之人，亦州郡之選也；在職已久，勤勞未答，宜先補郡縣，以新征者代為郎吏。且守令治民，宜得更事者。”崔浩固執己見，最終把他推薦的人派出去任職。當時，中書侍郎、領著作郎高允知道後，對東宮博士管恬說：“崔公其不免乎！苟遂其非而校勝於上，將何以堪之”！
但給崔浩帶來殺身之禍的直接原因，是《國書》事件。
在太延五年(439年)十二月時，太武帝命崔浩以司徒監秘書事，中書侍郎高允、散騎侍郎張偉參著作事，續修國史。太武帝叮囑他們，寫國史一定要根據實錄。崔浩他們按照這個要求，采集了魏國上代的資料，編寫了一本魏國的國史。當時，皇帝要編國史的目的，本來隻是留給皇室後代看的。但是《國記》修畢後，參與其事的著作令史閔湛、郗標建議把《國記》刊刻在石上，以彰直筆，同時刊刻崔浩所注的《五經》。閔湛、郗標巧言令色，平時以諂事崔浩而獲得崔浩的歡心。他們的建議被崔浩采納，太子也表示讚賞。於是，在天壇東三裏處，營造了一個《國書》和《五經注》的碑林，方圓一百三十步，用工三百萬才告完成。 由於《國記》秉筆直書，盡述拓跋氏的曆史，詳備而無所避諱，其中直書了拓跋氏一些不願人知的早期曆史。而石碑樹立在通衢大路旁，引起往來行人議論。鮮卑貴族看到後，無不憤怒，先後到太武帝前告狀，指控崔浩有意暴揚國惡。太武帝命令收捕崔浩及秘書郎吏，審查罪狀。崔浩被捕後，承認自己曾經接受過賄賂。其實他對自己所犯何罪，也不明白。太武帝親自審訊他時，他惶惑不能應對。 太平真君十一年六月己亥(公元450年7月5日)，太武帝誅殺崔浩。在送往城南行刑時，“衛士數十人溲(撒尿)其上，呼聲嗷嗷，聞於行路。自宰司之被戮，未有如浩者”。同時，秘書郎吏以下也都被殺，而清河崔氏同族無論遠近，姻親範陽盧氏、太原郭氏、河東柳氏都被連坐滅族。史稱“國史之獄”
北方士族在“國史之獄”遭到了沉重打擊。宋人劉攽等說：“拓跋氏乘後燕之衰，蠶食並、冀，暴師喋血三十餘年，而中國略定。其始也，公卿方鎮皆故部落酋大，雖參用趙魏舊族，往往以猜忌夷滅”《魏書。舊本<魏書>目錄序》。他們指出鮮卑貴族與趙魏大族的矛盾，是頗有見地的，而崔浩正是這種矛盾的犧牲品，“國史之獄”隻不過是一個借口罷了。
不久，太武帝北巡陰山，後悔誅殺崔浩。時北部尚書宣城公李孝伯病世，太武帝說：“李宣城可惜！”既而又說：“朕失言，崔司徒可惜，李宣城可哀”(《資治通鑒。卷第一百二十五》)！但事已至此，無法挽回。
崔浩作為軍事謀略家，深為道武帝、明元帝和太武帝所器重。作為統一戰爭的謀主，崔浩參與了北魏王朝三代帝王重大的軍事決策，多謀善斷，算無遺策，屢建功勳，在北魏統一中國北方的一係列戰爭中起了重要作用。此外，崔浩才藝通博，除了在軍事和政治上的成就外，在天文、曆法、法律、飲食、宗教等方麵都做出過重要貢獻。 “崔浩才藝通博，究覽天人，政事籌策，時莫之二，此其所以自比於子房也。屬太宗為政之秋，值世祖經營之日，言聽計從，寧廓區夏。遇既隆也，勤亦茂哉。謀雖蓋世，威未震主，末途邂逅，遂不自全。豈鳥盡弓藏，民惡其上？將器盈必概，陰害貽禍？何斯人而遭斯酷，悲夫！”(《魏書。崔浩列傳》)
崔浩的才幹與權力，引起了執政的北方民族拓跋氏及其他人的忌妒，相與譖毀，以修史宣楊“國惡”的罪名被滅九族。