清代學術思潮的發展用梁啟超的話來說就是如同剝筍般層層倒剖的過程：
綜觀二百餘年之學史，其影響及於全思想界者，一言蔽之，曰“以複古為解放”。第一步，複宋之古，對於王學而得解放。第二步，複漢唐之古，對於程朱而得解放。第三步，複西漢之古，對於許鄭而得解放。第四步，複先秦之古，對於一切傳注而得解放。夫既已複先秦之古，則非至對於孔孟而得解放焉不止矣。
他認為清代學術的出發點就是對於宋明理學的反動，首先是對王陽明心學的反動。這樣一個“以複古為解放”的過程，一層層剝開後代對儒家思想繼承和發展的成果，向更古老的思想觀念回溯，其結果實際上是使已成為官方意識形態的儒家思想體係瓦解、回歸為個別化的思想觀念。這個回溯過程的最後一站就是康有為的公羊學，一層層剝離的結果是將儒學的整個傳統形成的發展過程全部剝去，最終從複古轉向了思想、學術和政治的改良甚至革命意識。
在清代學術發展的這個過程中，王陽明的心學無疑受到了沉重的打擊，而尤以清初為甚。顧炎武等人對心學乃至傳播心學的晚明道學派大加撻伐不遺餘力，幾將明亡之咎完全歸於王陽明的性理之學。顏元則以“無事袖手談心性，臨危一死報君王”一聯為心學的最高境界定讞。即使是王學的傳人黃宗羲，也不得不對王學作種種修正。從清初劇作家孔尚任所作的傳奇《桃花扇》中對南明覆亡前後複社黨人活動的描寫就可看出當時一般人士對晚明心學一派的清流諸君子的批評態度。清初的明遺民出於亡國之痛而對與明代政治危機直接相關的黨爭深惡痛絕，以至於無論清流濁流一概都被抹倒。這種態度可能多少有點偏激，比如，他們說道學家們都是“無事袖手談心性，臨危一死報君王”的迂夫子，這對王陽明來說就顯然不公平了。隨著時間的推移，批評心學的政治色彩逐漸淡化，清代學術與心學的差異越來越多地表現為學術思想方麵的不同。梁啟超總結清代學術的主潮是：“厭倦主觀的冥想而傾向於客觀的考察。”換句話說，清代不滿於明代心學的空疏和主觀，轉而走向客觀求實的學術道路。相對而言，我們可以認為清代的學術較多地具有近代學術意義上的“科學性”，而王陽明的心學則更帶有個人的主觀意誌傾向，或者說具有“唯意誌性”。梁啟超對這種“唯意誌性”非常反感，他認為宋明理學置客觀事實於不顧，完全憑個人的意誌和想象行事，結果是“既誣孔，且誣佛，而並以自誣也”。他批評王陽明說：
……明王守仁為茲派晚出之傑，而其中此習氣也亦更甚，即如彼所作《朱子晚年定論》，強指不同之朱陸為同，實則自附於朱，且誣朱從我……此無異指鹿為馬，淆亂真相。
他批評心學作為學術的缺乏嚴肅性和科學性，這意見大體是不錯的。不過他上麵所引的話後進一步批評心學“遏抑創造”，認為“其極也，能使人之心思耳目皆閉塞不用，獨立創造之精神，消蝕達於零度”，而且把八股科舉之敝也混在一起，這就有點羅織罪名的意思了。說欽定的《性理大全》與程朱理學成為製科帖括的僵死教條，因而閉塞耳目遏抑創造，這倒說得過去。王陽明的心學雖然流弊不少，卻不能說是束縛思想的僵化教條。恰恰相反，王學是因為思想太自由、太主觀任意而受到官方排斥的，怎麼能與八股教條混為一談呢？
無論如何，王學的“唯意誌性”傾向從清學所倡導的“實事求是”的“科學性”的角度來看，對於學術的發展畢竟是不利的。所以即使在清初明遺民們的激憤過去之後，心學在清代學者的心目中仍然地位不高。梁啟超甚至把對王陽明的反動稱為思想界的“黎明運動”（似意指“啟蒙運動”），意思是說具有“科學性”的清代學術像歐洲18世紀的“啟蒙運動”一樣帶來了思想的覺醒和解放。黃宗羲之後王陽明在學術方麵的影響似乎真的走到了末路。
然而如果細細探究清代學人思想的深層，就會發現情況又不盡然如人們想象的那樣。就拿主張“實事求是”的考據學派代表人物之一戴震來說，他應當說是清代“科學性”學派的一個典型。他的學術思想以嚴謹細致、無征不信的風格著稱，梁啟超認為“可以代表清學派時代精神之全部”。但戴震自己是怎樣看待自己的學術呢？他自認為當數第一的得意之作不是那些給他帶來顯赫名聲的考據學著作，而是令許多人困惑的《孟子字義疏證》。