苦杏仁中含有氰苷。氰苷在人體內可分解出氫氰酸。氫氰酸可使人的血紅蛋白失去運送氧氣的能力，造成人體缺氧，呈窒息狀態，嚴重時可致死。氫氰酸的最低致死量為每千克體重0.3～0.5毫克。中毒的潛伏期為0.5～5小時。中毒後，初期可感口中苦澀、流口水、頭暈、惡心、心悸、四肢無力。重者可感到胸悶、呼吸困難、意識不清、四肢冰冷、全身出現陣發性痙攣、瞳孔散大，最後因呼吸麻痹而死亡。
預防苦杏仁中毒，主要是注意不生吃未經處理過的苦杏仁。特別要看管好兒童，不要誤食。不可將苦杏仁誤作甜杏仁而生吃。一旦誤食可喝綠豆湯進行解毒。
苦杏仁味苦澀，呈扁心髒形，頂端尖，基部鈍圓而厚，左右略不對稱；甜杏仁味淡甘，大而扁，基部略對稱。