2、丹麥階段
全歐反奧
捷克階段的戰事雖然告終，但法國並不能容忍查理五世時期的哈布斯堡帝國複活；而荷蘭則於1621年與西班牙開戰，至此仍未結束。英王詹姆士一世則擔心其女婿普法爾茨選帝侯腓特烈五世的命運；丹麥和瑞典則不願看到神聖羅馬帝國皇帝再度在全國實施有效的統治。因此，本來隻是波希米亞人民反對神聖羅馬帝國欺壓的起義戰演變為廣泛的國際戰爭。1625年，法國首相黎塞留提議英國、荷蘭與丹麥結成反哈布斯堡聯盟，丹麥負責出兵，而英國與荷蘭則在幕後支持，由此戰爭的第二階段——丹麥階段正式展開。
丹麥出兵
1625年信奉新教的丹麥王克裏斯蒂安四世在英、法、荷三國的支持下與新教聯盟共同向神聖羅馬帝國皇帝發動進攻，很快便占領日耳曼的西北部，與此同時，由曼斯菲爾德率領的英軍則占領波希米亞西部。這次新教聯軍可說是節節獲勝，但於1628年，神聖羅馬帝國皇帝雇用聲名顯赫的波希米亞貴族華倫斯坦的雇傭軍，華倫斯坦不負其所望，於該年4月擊敗曼斯菲爾德，其後再擊敗丹麥，並控製了薩克森。丹麥被迫於1629年5月與神聖羅馬帝國皇帝簽定《呂貝克和約》，並保證不再插手日耳曼事務。戰爭第二階段以神聖羅馬帝國皇帝的勢力伸延到波羅的海告終。
3、瑞典階段
瑞典出兵
戰爭第二階段由神聖羅馬帝國獲勝後，華倫斯坦便計劃在波羅的海建立一支強大的艦隊，瑞典國王害怕從此神聖羅馬帝國會超越瑞典，取得在波羅的海的優勢地位。因此瑞典在法國的資金援助下，於1630年7月出兵，在波美拉尼亞登陸，從而開始了戰爭的第三階段——瑞典階段。
大敗皇帝
瑞典軍隊由國王古斯塔夫二世。阿道夫率領，與勃蘭登堡和薩克森選帝侯聯合，在1631年9月17日，於布賴滕費爾德會戰打敗了神聖羅馬帝國的軍隊，占領了波美拉尼亞。1632年初，神聖羅馬帝國軍的統帥蒂利伯爵在列赫河戰敗身亡，瑞典軍占領美因茨，在4月再攻陷奧格斯堡和慕尼黑。神聖羅馬帝國皇帝在這危急存亡之際，再度起用原被貶斥的華倫斯坦為統帥，在該年11月與瑞典軍進行呂岑會戰，可是瑞典再度獲勝，但同時瑞典軍的主帥古斯塔夫二世國王亦陣亡，從此瑞典軍喪失進攻能力，而華倫斯坦則退回波希米亞，後來因為被神聖羅馬帝國皇帝所猜妒，遭到其派刺客暗殺。
再度反攻
神聖羅馬帝國皇帝借此機會聯合西班牙盟軍，在1634年9月於納德林根會戰大敗瑞典軍，逼使瑞典軍撤回波羅的海沿岸。薩克森與勃蘭登堡則於1635年5月與神聖羅馬帝國皇帝簽訂《布拉格和約》。戰爭第三階段 - 瑞典階段以哈布斯堡皇帝獲勝而告結束。
4、法國-瑞典階段
黎塞留，法國首相，雖然自身是天主教的紅衣主教，但為了法國的世俗利益，與新教徒同盟進攻哈布斯堡皇室。
法國出兵
哈布斯堡皇室再次獲勝使得法國大為震驚，此前，法國因為自身是天主教國家，一直隻是假手他國以削弱哈布斯堡皇室的實力，但當丹麥、瑞典與神聖羅馬帝國的新教諸侯均告失敗後，法國終於直接出兵，與瑞典聯合對哈布斯堡王朝作戰。從此戰爭進入第四階段——法國-瑞典階段。
法國獲勝
1636年－1637年，西班牙出兵法國，與神聖羅馬帝國由南北兩路夾攻，並且一度進逼至法國首都巴黎，但最後為法軍所敗。1638年8月法國海軍打敗舉世聞名的西班牙海軍，1639年10月西班牙海軍的主力更被原來籍籍無名的荷蘭海軍殲滅。1643年5月，第四代孔代親王與蒂雷納在羅克魯瓦戰役中共同擊潰西班牙陸軍的主力。
丹麥參戰
1642年11月，瑞典軍於布賴滕費爾德再度擊敗神聖羅馬帝國軍，但此時丹麥王卻嫉妒瑞典軍的成果，並恐懼瑞典強大後，丹麥受其所製，因此乘瑞典軍進攻日耳曼南方之際，向瑞典宣戰。丹麥曾於1644年擊敗瑞典與荷蘭的聯合艦隊，但其後丹麥海軍卻被重新組建的瑞荷聯合艦隊全殲。在經過三年（1643年－1645年）戰爭後，瑞典軍成功從水陸兩路進逼丹麥，逼使丹麥停戰求和。
戰爭結束
1645年3月，瑞典軍在波希米亞大敗神聖羅馬帝國軍，而該年8月法軍又於納林根會戰擊潰神聖羅馬帝國軍，神聖羅馬帝國皇帝的日耳曼領土大部份被占領。1648年，法瑞兩國聯軍再在處斯馬斯豪森會戰及蘭斯會戰完勝神聖羅馬帝國軍。但戰至此時，雙方都已元氣大傷，結果於該年10月雙方達成和解協議，締結了兩個和約——《奧斯納布呂克條約》與《明斯特和約》，合稱《威斯特伐利亞和約》，至此三十年戰爭完全結束。