巴拿馬地峽是熱帶雨林氣候，潮濕悶熱、叢林密布、交通閉塞、地形複雜，基礎設施落後，缺乏起碼的施工條件，當來自55個國家的4萬施工大軍進駐之後，人們才發現那裏簡直是一個人間地獄：參天的密林中毒蟲遍布，令人難以容忍，炎熱的天氣使可怕的疫病蔓延開來，奪走了大批工人和技術人員的生命，在加通水閘附近的希望之山上，林立的墓碑令人不寒而栗。
比炎熱氣候和惡劣環境更可怕的是人為的失誤，起初，雷賽布照搬蘇伊士運河的經驗，認為可以利用巴拿馬地峽眾多的湖泊修建一條海平式運河，誰知施工四年之後，傲慢的法國人才發現巴拿馬地峽臨太平洋一端的海麵，要比加勒比海一端高出5－6米，根本無法修建海平式運河，這個過遲的發現給法國洋際運河公司以致命的打擊。
最令雷賽布煩心的還有美國人的拆台，運河的設計走向與美國人經營的巴拿馬鐵路平行，這主要是為了便於運輸物資，但美國人根本不予配合。鐵路部門對運河物資的配送百般設障，消極對待，最後逼得法國運河公司不得不以2550萬美元的天價買下這條僅值750萬美元的鐵路，但留用的美國員工繼續搗亂，破壞怠工，致使鐵路根本無法正常運營。
最後，法國運河公司在經營管理上也出現了問題，以雷賽布為首的高管層在工程難以為繼的情況下，卻大肆侵吞公開發行的運河股票資金；為掩蓋真相，繼續增發債券，公司動用大筆金錢賄賂官員，法國政府先後有150名部長和議員接受了賄賂，然而紙包不住火，到1889年，法國洋際運河公司山窮水盡，不得不宣告破產，雷賽布本人也上了法庭。
1894年9月，為了收拾這個爛攤子，法國政府牽頭另組了一家公司，接手運河工程，決定將原來的海平式運河改成水閘提升式運河，但是由於雷賽布的工程僅完成了三分之一，預算超過原計劃一倍以上，剩下的三分之二又是最艱難的地段，而距離原定的竣工日期隻有6年了。眼看無法按期交工，1898年11月，法方不得不請求哥倫比亞政府將工期寬限至1910年10月，為此法國願意支付2000萬法郎作為補償。2月，哥倫比亞政府派代表尼科拉斯。埃斯格拉來到巴黎，他充分體諒法方的困難，提出隻要補償500萬法郎即可，這樣，法國人就以比較有利的條件得到了延期4年竣工的權力，雖然如此，完成巴拿馬運河仍然是杳然無期。
3、海約翰－埃爾蘭條約
本來，美國政府就對法國如此輕易地得到巴拿馬運河的租讓權，感到不滿，時任美國總統的拉瑟福德。伯查德。海斯指出：美國必須把巴拿馬運河控製在自己手中，它決不能放棄這種控製而將運河交給任何一個歐洲國家！
在美國，以阿爾弗雷德。馬漢和西奧多。羅斯福為代表的海權論者，非常重視巴拿馬運河的戰略地位，1898年美西戰爭期間，美國新式戰列艦“俄勒岡”號為了從西雅圖趕往古巴參戰，居然要繞道合恩角，這一事實極大地刺激了美國政府和輿論。
為了向哥倫比亞和歐洲國家施壓，與法國運河公司抗衡，美國也組織了一個巴拿馬運河工程臨時協會，由南北戰爭的著名將軍、前總統尤利塞斯。格蘭特為主席，1880年，美國2艘巡洋艦駛抵哥倫比亞港口“訪問”，炫耀武力，1881年2月，美國與哥倫比亞簽署了一項協定：兩國應在巴拿馬地峽的戰略要點建立海上軍事防衛據點，這些據點平時由哥倫比亞人守衛，戰時則由美國海軍陸戰隊負責，不過，這項協議很快又被哥倫比亞國會否決。
為了紓解美國的壓力，哥倫比亞呼籲歐洲國家共同保證巴拿馬運河的中立地位，但這一要求遭到美國政府的堅決抵製，這時的美國逐漸意識到原來的“克萊頓－布爾沃條約”是一個束縛，於是策劃拋開英國，獨享巴拿馬運河的控製權。在1898年的美西戰爭之後，美國在政治、軍事和經濟上都成為世界強國，而英國卻深陷於布爾戰爭的泥潭，在這種背景下，英國政府決定放棄原來對巴拿馬運河的分權要求，以換取美國的外交支持。
1898年12月到1900年2月5日，英、美兩國曆經曠日持久的談判，終於簽署了《美國和英國關於促進建造通航運河的條約》，也稱《海約翰－龐斯福特條約》，以取代原來的“克萊頓－布爾沃條約”。新約確立了美國主持開鑿巴拿馬運河並享有製定運河管理規定的特權，英國隻保有運河通航的自由權，12月20日，美國又拋出三個修正案，進一步強化了對運河的控製，英國亦無條件接受，至此，美國完全排除了英國的幹擾，可以專心對付法國了。
法國人在開鑿巴拿馬遭遇滑鐵盧後，1899年8月，美國派一個以海軍專家約翰。沃爾克為首的技術委員會來到巴黎，與法國政府接觸，探尋轉讓運河租讓權的可能性，次年4月，又提出收購法國運河公司的要求，但遭到該公司總經理於坦和法國政府的拒絕。此後，美國加緊向法方施壓，1899年12月27日，美國新澤西州成立了一家巴拿馬運河公司，展開大規模遊說活動，為收購法國運河公司製造輿論。此招未能奏效，美國轉而采取聲東擊西的辦法，故意放風說要與尼加拉瓜合作，另建運河與巴拿馬運河抗衡，這個故意散布的假消息收到了奇效，被嚇懵了的哥倫比亞駐美公使馬丁內茲。席爾瓦，在未請示本國政府的前提下，就匆忙草擬了一個將法國運河公司的租讓權轉讓給美國的協議，建議由美國代替法國開鑿運河，租期為100年，期滿後可續租，美國可以在運河區駐軍，每年隻需支付給哥倫比亞政府60萬美元。
席爾瓦的草率方案遭到了哥倫比亞政府的嚴厲批駁，但它的內容卻意外地泄漏了出去，成為美國要脅哥倫比亞的一張王牌，席爾瓦因此很快被撤職。為了給內外交困的法國運河公司施壓，1901年12月，美國議會開始討論撥款建造尼加拉瓜運河的問題，這對巴拿馬運河的開鑿造成了很大衝擊，迫使態度強硬的法國運河公司總經理於坦辭職，新任總經理莫理斯。博無意與美國人叫板。1902年1月4日，在征得公司董事會同意後，莫理斯。博電告美國政府，願以4000萬美元的價格轉讓其財產和租讓權，1月28日，美國國會授權西奧多。羅斯福總統完成對法國運河公司的收購，但轉讓還須得到哥倫比亞政府的同意才能生效。
這時，哥倫比亞新任駐美公使文森特。孔查接到本國政府指示：隻要美國付給法國的4000萬美元中有一半屬於哥倫比亞，可與美國進行談判。哥倫比亞政府的方案是：將寬度為6英裏的運河區劃歸美國，租借期為99年，期滿後運河由哥倫比亞收回，不得續租，運河治安由哥國軍警負責，租金也需相應提高，但這個方案遭到美國的堅決反對。
6月28日，美國通過《斯普納法案》，規定美國以4000萬美元取得法國運河公司的財產，並對運河區的治安作出了符合美國利益的規定，法案強調如果哥倫比亞政府拒絕上述建議，美國就著手開鑿尼加拉瓜運河，並立即撥款1000萬美元籌備工程。此時，巴拿馬已經出現了由美國策動的獨立運動，內外交困的哥倫比亞卻幻想借助美國的力量平定叛亂，於是訓令孔查立即接受美國的要求，並且隻索取1000萬美元及每年60萬美元的租金。消息傳出，哥倫比亞輿論嘩然，孔查更是拒絕執行，11月15日，哥倫比亞外長保拉再次訓令孔查無條件接受美國的建議，孔查以辭職作為抗議，11月28日，他竟作為精神病人被美國驅逐出境。
孔查離職後，哥倫比亞駐美公使館一秘托馬斯。埃爾蘭繼任談判代表，此君是親美分子，為使美國滿意，他甚至將運河年租金降至25萬美元，1903年1月22日，美國與哥倫比亞簽訂了《海約翰－埃爾蘭條約》，該條約純粹是席爾瓦草案的粗暴翻版。哥倫比亞媒體一致認為《海約翰－埃爾蘭條約》是一個喪權辱國的不平等條約，號召人民起來反對，甚至提出“寸權不能失、寸土不可丟”的口號。美國駐哥倫比亞公使也不得不承認：“哥倫比亞輿論在情緒上是堅決反對批準條約的，他們把這個條約看成是強國企圖花幾個小錢來剝奪它所享有的世界上最有價值的財富！”1903年3月17日，美國參議院悍然批準了《海約翰－埃爾蘭條約》，但8月12日，哥倫比亞國會懾於公眾壓力，否決了這個條約。
4、巴拿馬的獨立
（1）策動獨立
《海約翰－埃爾蘭條約》遭到哥倫比亞否決後，美國轉而策動巴拿馬獨立，這樣在奪取運河的開鑿權時，就不必再與討厭的哥倫比亞國會打交道了。長期以來，巴拿馬就存在獨立傾向，1821年，當巴拿馬最終脫離西班牙獨立時，不情願地與委內瑞拉、厄瓜多爾一起成為了大哥倫比亞聯邦共和國的一員，然而，巴拿馬的精英階層對於這個純粹由玻利瓦爾的個人魅力拚湊起來的聯邦國家缺乏認同感，為此，波哥大的中央政府不得不多次用武力鎮壓巴拿馬的獨立運動，其結果是增加了仇視和膈膜。
1830年，當所謂的大哥倫比亞聯邦共和國煙消雲散時，巴拿馬成了新格拉納達共和國的一個省。一方麵，巴拿馬的精英階層抱怨哥倫比亞在與美國的條約中出賣自己的利益，另一方麵，這個城市的經濟又因美國遊客的湧入而受益，1896年，巴拿馬的人口增加到31.6萬，鐵路的修建和運河工程的展開，使巴拿馬的精英階層對未來充滿了幻想。當美國與法國、哥倫比亞為運河租讓權的問題鬧得不可開交時，巴拿馬的精英階層很憂慮，他們意識到哥倫比亞國內過於激忿的愛國情緒會使運河開鑿成功的前景變得暗淡，而當法國運河公司因經營不善陷入困境時，巴拿馬人深切地感到了對自身利益的巨大威脅。
與此同時，深陷危機的法國運河公司的董事和股東們也為未來感到焦慮，公司的董事兼總工程師菲利普。比諾。瓦裏亞為了將公司以合理的價格出售給美國，自願充當後者與巴拿馬獨立者之間的聯係人，瓦裏亞的想法得到美國律師威廉。納爾遜。克倫威爾的讚同，後者是公司大股東的代言人。這樣，美國、巴拿馬獨立者和法國運河公司組成了一個奇怪的利益共同體。當時，由於哥倫比亞政府的固執，美國有一部分人主張在尼加拉瓜開鑿運河，與巴拿馬運河競爭，1902年，美國會已準備為開鑿尼加拉瓜運河撥款，這是瓦裏亞必須要解決的問題。這位能幹的法國工程師決心讓美國參議員們改變意見。正巧，加勒比海的一座活火山噴發，轟動世界，瓦裏亞靈機一動，他想起幾年前尼加拉瓜曾發行過一張郵票，上麵有著名的摩摩通博火山噴發的照片，而這座火山就在尼加拉瓜運河開鑿路線附近，雖說摩摩通博是座死火山，但郵票上印有一縷煙圍繞著山頂，恰如活火山那樣。瓦裏亞設法搞到了90多枚這樣的郵票，把它們分別寄給美國國會的參議員，郵票背後有瓦裏亞的親筆附言：“尼加拉瓜火山活動的官方見證。”意料之中的，當美國參議員們看到郵票後，他們果然否決了尼加拉瓜路線。現在，討厭的哥倫比亞成了瓦裏亞眼中的惟一障礙，為了法國運河公司能賣一個好價，遊說美國人支持巴拿馬獨立運動，將是排除哥倫比亞幹擾的最好辦法。
（2）巴拿馬愛國者小組
在巴拿馬，獨立運動的主要首領是大莊園主何塞。奧古斯丁。阿蘭戈父子，還有托馬斯。阿裏亞斯、費德裏科。博伊德等人。1903年3月，美國陸軍部長按照總統的指示，派出情報人員到巴拿馬地峽協助親美分子組織獨立運動時，就看中了阿蘭戈父子，以他們為首組成了“巴拿馬愛國者小組”，5月，曾任科隆省長，並長期在美國巴拿馬鐵路公司任職的曼紐埃爾。阿馬多。格雷羅加入了“愛國者小組”，成為其首領。6月14日，美國《紐約世界報》發表文章，鼓吹如果哥倫比亞政府一意孤行，仍然為美國收購法國運河公司的租讓權設障，則巴拿馬人民為捍衛自身利益，應該脫離哥倫比亞而獨立。 7月，“愛國者小組”開始討論獨立起義的具體計劃，8月，阿馬多到紐約會見了克倫威爾和瓦裏亞，得到了美國政府將會支持獨立起義的消息，瓦裏亞表示，他已得到西奧多。羅斯總統和米爾頓。海約翰國務卿的明確承諾，美國政府將承認巴拿馬獨立並保護革命者。
（3）宣布獨立
9月1日，美國國務院將起義需要的文件等物品交給了瓦裏亞，包括軍事計劃、密電碼、獨立宣言文稿、巴拿馬憲法、國旗等等，瓦裏亞自己預支了50萬法郎給阿馬多，作為起義經費。10月20日，阿馬多返回科隆，他雖對此行的成果感到欣慰，但又覺得光憑一個法國人的承諾，就拿自己的命運、事業甚至生命去冒險有些不妥，關鍵時刻，阿馬多的妻子多尼亞。瑪麗亞給了他巨大的精神支持。
這時，經過革命者的遊說再加上5萬美元的贈款，哥倫比亞駐軍司令埃斯特萬。烏埃爾塔斯決定加入“愛國者小組”，這對起義來說無疑是雪中送炭。很快，阿馬多又用3.5萬美元收買了一位哥倫比亞炮艇艇長，事情發展到這一步，哥倫比亞政府終於察覺了巴拿馬政局的異常動向，立即派2名將軍率領40名士兵乘一艘炮艇前往科隆，以防非常事變，但此時美國巡洋艦“納什維爾”號突然開進科隆港，公開阻止哥倫比亞軍隊進入巴拿馬城。