11月3日，兩位將軍剛到巴拿馬城，下午17時就被已經叛變的烏埃爾塔斯逮捕了，阿馬多通知美國領事館，巴拿馬已經與哥倫比亞正式脫離關係，阿蘭戈父子在巴拿馬城的大教堂廣場，當眾宣布成立巴拿馬臨時執政委員會，委員會的成員包括巴拿馬精英分子和美國鐵路公司的高級職員。當晚，巴拿馬市議會舉行特別會議，承認了這個新政權。
11月4日，巴拿馬舉行群眾，宣布獨立，推選阿馬多為共和國首任總統，阿馬多在會上致辭時高呼：“巴拿馬共和國萬歲！羅斯福萬歲！美國萬歲！”的口號，成為世界外交史上的一個趣聞。
對於巴拿馬的獨立，一位美國參議員寫道：巴拿馬人民是站起來了，像11個人一樣！因為巴拿馬獨立起義是在美國支持下，由7個巴拿馬人和34個美國人策劃的。古斯塔夫。阿道夫。梅利安德寫道，“巴拿馬是為了便宜而嫁給美國”，是一個“損害主權的雜種國家”。埃裏克。萊昂則認為，巴拿馬是一個“得了萎縮症的國家”。巴拿馬獨立後，美國立即催促新政府簽訂運河條約，瓦裏亞被巴拿馬政府任命為駐美國公使，授予簽訂運河條約的全權。
5、美馬條約
1903年11月18日，美國與巴拿馬共和國簽訂了《美國與巴拿馬共和國關於修建一條連接大西洋和太平洋的通航運河的專約》，簡稱“美馬條約”或“海約翰－布諾。瓦裏亞條約”。條約規定，美國保證巴拿馬的獨立，巴拿馬把寬10英裏、麵積1432平方公裏的運河區交給美國永久占領、控製，巴拿馬灣中的一些島嶼也交給美國使用，美國一次性付給巴拿馬1000萬美元，自1913年起，每年支付25萬美元，第三條甚至明確規定巴拿馬共和國不得在運河區執行國家主權，這就把運河區變成了國中之國。第五條規定美國擁有對巴拿馬運河和鐵路公司的全部財產的永久壟斷權，第八條規定法國運河公司和鐵路公司的全部財產和權利均須轉讓給美國，第二十四條規定，今後巴拿馬共和國的政治形勢無論發生什麼變動，都將不得影響本條約規定給予美國的權力。條約中最重要的一點是，美國有權對巴拿馬城和科隆城進行幹涉，以維護公共秩序。
美國人的介入使巴拿馬運河工程全麵恢複，預算得到了控製，工期大大提前，1904年8月15日，完成了試航，1920年6月12日，巴拿馬運河正式通航。在幾十年的運河開鑿史上，共有近3萬人因傷病致死，其中包括不少中國工人。
在傳統的觀點看來，美國人是通過不平等條約控製了巴拿馬運河，並掠奪了本應屬於巴拿馬人民的財富。事實上，當1903年的條約簽訂時，西奧多。羅斯福高興地說：“我拿到了地峽！”塞繆爾。早川教授則說了一句令人費解的評語：“我們是正當地偷竊了它！”
也許，巴拿馬人有理由抱怨現實的不公平：1903年的條約損害了巴拿馬的主權，使巴拿馬 巴拿馬運河成了美國的保護國，巴拿馬人被排除在運河管理機構之外。據巴拿馬運河管理委員會的統計，從1914年運河通航後的86年中，共有約82.5萬艘各種船隻通過巴拿馬運河，通過運河的貨運量約占世界貿易貨運量的4.3%。自1920年運河向國際開放至20世紀80年代末的60年中，美國從運河過往船隻中收取的費用高達450億美元，而巴方僅得11億美元。
如果說拉美是美國的後院，那麼，巴拿馬就是大門。美國在運河區常駐重兵，先後建立了14座軍事基地或要塞，並成立了“加勒比海司令部”，後又擴大為“南方司令部”，負責美國本土以外西半球的三軍行動。巴拿馬運河區的美軍基地有太平洋沿岸的克萊頓堡陸軍基地、阿馬多堡、羅德曼海軍基地、霍華德空軍基地和阿爾布魯克空軍基地，以及大西洋沿岸的加萊塔島海軍電子通信中心、謝爾曼堡陸軍叢林作戰訓練中心和科科索洛空軍基地。冷戰時期，有6.5萬名美軍官兵和數千名文職人員部署在運河區內，密度之高可謂全球第一。
對於美國與巴拿馬的關係，1927年10月2日，一位巴拿馬外交官曾在《紐約時報》上作過如下自嘲性的陳述：“當你以卵擊石時，卵碎；換言之，當你以石擊卵時，卵碎；美國，石也，巴拿馬卵也；無論何種情況，卵皆碎矣。”
不過，從另一個角度來說，巴拿馬似乎也應該感謝美國對運河的占領和控製。20世紀初，在弱肉強食瓜分世界的狂潮中，彈丸小國巴拿馬能夠幸免於難，美國的因素無疑是決定性的，在巴拿馬的精英階層看來，美國的控製或多或少“是開明和講道理的”。
曾經有一個時期，兩位巴拿馬建國元勳－阿馬多與烏埃爾塔斯間的矛盾變得不可調和，後者掌握著一支250人的軍隊，以巴拿馬的“考迪羅”自居，阿馬多向美國求助，美國大使威脅說，如果烏埃爾塔斯試圖建立軍事寡頭統治，美國海軍陸戰隊將予以幹涉。無奈中，烏埃爾塔斯隻得宣布辭職，阿馬多趁機解散了軍隊，這從根本上保證了巴拿馬政體的延續性。
最初，運河區對美國貨物實行免稅政策，這對嚴重依賴關稅的巴拿馬經濟是一個沉重打擊，稍後西奧多。羅斯福總統廢除了它，代之以“威廉。塔夫脫協定”，允許巴拿馬對某些進入美國控製區的貨物征稅，從而使巴拿馬的經濟重獲生機。
在運河管理機構中，職員被分為好幾個層次，來自美國的白人占據了所有黃金級職位，他們的待遇非常優厚，收入免稅，且薪酬超過美國本土25%以上，食宿、醫療都是免費供應，還可在內部商店買到價格低廉的商品。在白銀級職員中，主要是來自英屬西印度群島的黑人，絕大多數是巴巴多斯人，他們成群結隊地定居下來，這令巴拿馬人非常反感。
雖然巴拿馬人被排斥在運河管理機構之外，並不公平，但他們必須承認，巴拿馬人尚不具備黃金級職員的技術素養，也不具備黑人的勞動素質，這是客觀現實。長期以來，巴拿馬人已經習慣於把美國看成侵略者，認為這個北方強鄰掠奪了本應屬於自己的財富，然而他們卻對自己沒有能力單獨開鑿運河這一關鍵問題視而不見。
事實上，巴拿馬人無法建立一個廉潔高效的政府，曆任總統都受到貪汙腐化的指控，騷亂是周期性的，為了穩定巴拿馬的經濟，在1923年和1928年，美國兩次借款450萬和1200萬美元給巴拿馬政府，1916年，美國駐運河總督理查德。布拉奇福德將軍還為巴拿馬引入了公共衛生設備，盡管如此，在運河區之外，美國公民經常無緣無故地遭到殺害。
至於運河的收益，雖然1903年的條約早有規定，但為了照顧巴拿馬的利益，美國還是不斷加以調整，償付額在1936年到1945年增至每年43萬美元，從1955年起增至每年193萬美元，而當年，埃及從蘇伊士運河總收入中分得的比例隻是7%。1977年美國和巴拿馬簽署《巴拿馬運河地位和永久中立條約》時，又規定1999年12月31日之前的過渡期，每年從通行稅中支付給巴拿馬5300萬美元，再支付1000萬美元為使用費，當運河收入允許時，另支付1000萬美元作為年金。按照條約，巴拿馬幾乎不需要任何付出，就獲得了巨大的收益。
在運河管理機構中，巴拿馬人員的比例的逐年上升，曾經高達7000人的來自西印度群島的職員一再被裁減，1951年，新的巴拿馬運河公司成立，黃金和白銀級區分被廢止，美國雇員25%的超額薪酬也被取消。1953年，巴拿馬又提出實行基於美國標準的單一工資標準，工資等級按1936年的外彙平價計算，其實這個絕對平均主義的計劃，將導致運河公司完全破產。
1973年3月，巴拿馬為了爭取簽訂一項有利於自己的正當的和公平的條約，將巴拿馬運河相關問題提交聯合國審議，但在形成決議時遭到美國的一票否決。
在巴拿馬人看來，運河是一個聚寶盆，然而事實並非如此。巴拿馬運河通行能力有限，由於采取水閘提升式而非海平式方法開鑿，運河目前隻能通過具有2000-3000TEU的載箱能力的第三代集裝箱船舶，從1972年開始，運河的經營已經出現虧損，技術老化的傾向日益明顯，它已經不再是財富的代表，作為一種正在縮水的資產，其收入不到美國GDP的1%。
巴拿馬人民為收回運河主權，曾進行了半個多世紀的艱苦鬥爭。1903年11月8日，美國迫使剛剛獨立的巴拿馬簽署兩國關於建造一條連接大西洋和太平洋的通航運河的專約，以一次付給1000萬美元和九年後每年支付款25萬美元租金的低廉代價，取得運河單獨開鑿權和運河的永久租讓權。巴拿馬運河自1880年起開鑿，1914年竣工，全長81．3公裏。從運河中流線向兩側延伸寬度為16．09公裏的地帶為運河區，麵積為1432平方公裏。運河於1920年正式通航，使太平洋和大西洋之間的航程縮短一萬多公裏，極具戰略和經濟價值。運河鑿通之後，運河區成了“國中之國”，升美國國旗，實行美國法律，由美國總統任命運河區政府總督。那裏還建有14個軍事基地和各種軍事學校，設有“美國南方司令部”。
經過巴拿馬人民堅持不懈的鬥爭，美國被迫於1936年修改條約，不斷增加租金。1960年美國總統艾森豪威爾同意在運河區也掛巴拿馬國旗，但後來並掛美國國旗的協定遭到運河區美國人的抵製。
1964年1月9日，一名巴拿馬學生為了維護國家主權和民族尊嚴，勇敢地攜帶國旗進入運河區，升起國旗，竟被美國駐軍槍殺。這一暴行激起三萬名巴拿馬人進軍運河區，堅決要求在運河區升起巴拿馬國旗。美軍進行血腥鎮壓，兩天內打死傷共400多人。憤怒的巴拿馬人隨即襲擊美國大使館，焚燒美國新聞處。1月10日，巴拿馬政府與美國斷絕外交關係，並宣布廢除運河條約。全國許多城市舉行罷工、罷市、罷課，抗議美國暴行。1月12日，十萬人為英勇獻身的愛國青年舉行隆重葬禮，“打倒美帝國主義”的口號震撼大地。1965年巴拿馬政府規定1月9日為“全國哀悼日”。巴拿馬人民的正義鬥爭得到全世界億萬人民特別是拉美和亞非各國人民的有力支持。
在此情況下，美國被迫同意與巴拿馬談判簽訂一項新的運河條約。在談判中，美國試圖在讓巴拿馬行使運河主權這一許諾下繼續維持美國對運河區控製。1967年6月，美巴商定了三項新條約，該條約雖明言廢除1903年條約，但未觸動美國的根本利益，因而遭到巴拿馬人民的強烈反對。1970年9月，巴拿馬最終拒絕了1967年美巴條約草案。托裏霍斯執政後，在人民的支持下，曾多次公開要求收回運河區的管轄權。
雖然如此，當1977年，吉米。卡特政府準備與巴拿馬簽訂交還運河的條約時，美國輿論仍一片嘩然，1978年3月16日，條約在參眾兩院以極其微弱的多數獲得通過。對於大多數美國人來說，巴拿馬運河永遠是星條旗下的財產，當被問及如果將來巴拿馬政府以“維修”為理由關閉運河，美國會如何應對時，卡特總統的國家安全事務助理茲比格涅夫。布熱津斯基有一句名言：“如果那樣，美國軍隊就會進去關閉並維修巴拿馬政府。”
巴拿馬人民經過了長期的艱苦鬥爭。1973年3月在巴拿馬城舉行的聯合國安理會特別會議上，許多拉美國家和其他第三世界國家堅決支持巴拿馬人民的正義立場。同年召開的不結盟國家的政府首腦會議以及拉美國家波哥大會議，也表示堅決支持巴拿馬政府和人民對運河區的主權要求。1974年美國終於不得不同意“迅速結束”它對運河的管轄權。經過時斷時續艱難曲折的談判，1977年9月7日，巴拿馬和美國在華盛頓簽訂了新《巴拿馬運河條約》與《關於巴拿馬運河的永久中立和經營的條約》。新條約於1979年10月生效。它規定廢除1903年的美巴條約，運河的經營權和領導由兩國政府官員組成的運河委員會負責，兩國保證維護和保衛運河，而由美國負主要責任。運河區的海關和移民、郵政、司法管理等交由巴拿馬負責。新條約於1999年12月31日期滿後，巴拿馬將全部承擔對運河的管理和防護。《關於巴拿巴運河永久中立和經營的條約》規定，在新的巴拿馬運河條約生效後，巴拿馬和美國將保證巴拿馬運河永遠中立，無論在和平時期還是在戰爭時期都保證巴拿馬運河的安全，並對一切國家的船隻開放。
（三）深遠影響
1914年8月15日巴拿馬運河正式通航，極大地縮短了美國東 巴拿馬運河鳥瞰西海岸間的航程，比繞合恩角縮短了1萬4千8百公裏。
在經濟上，開鑿運河的好處不言而喻，隨著大西洋和太平洋之間的航運日益發達，一條更為便捷的航路顯然會帶來很多好處，如果運河開通，紐約至舊金山的航程可以縮短16%，利物浦至舊金山的航程縮短43%，而紐約至悉尼的航程也縮短28%，意義非凡。
通過巴拿馬運河的交通流量是世界貿易的晴雨表，世界經濟繁榮時交通量就會上升，經濟不景氣時就會下降。1916年通過船隻807艘是最低的，1970年交通量上升，通過各類船隻高達15，523艘。當年通過運河的貨物超過1.346億公噸(1.325億長噸)。其後，每年通過的船隻數雖有所減少，但由於船舶平均噸位加大，載運的貨物比以往還多。
穿過巴拿馬運河的主要貿易航線來往於以下各地之間：美國本土東海岸與夏威夷及東亞；美國東海岸與南美洲西海岸；歐洲與北美洲西海岸；歐洲與南美洲西海岸；北美洲東海岸與大洋洲；美國東、西海岸；以及歐洲與澳大利亞。
在運河的國際交通中，美國東海岸與東亞之間的貿易居於最主要地位。通過運河的主要商品種類是汽車、石油產品、穀物，以及煤和焦炭。