如果僅止關乎個人名譽，曾國藩可能會坦承自己調查不周，引咎自責。但事情涉及他的部下，特別是兄弟曾國荃，他無法讓步。特別是左宗棠奏折中的蓄意傾陷，讓他更氣憤難平。他固然知道左宗棠臉酸心硬，但想不到他忘恩負義、恩將仇報如此。
曾國藩輕易不會攻擊別人，但一旦出手，那鋒芒也是常人難敵的。他在回奏中這樣向左宗棠發起了攻擊：至防範不力之員弁，是夕賊從缺口衝出，我軍巷戰終日，並未派有專員防守缺口，無可指之汛地，礙難查參。且杭州省城克複時，偽康王汪海洋、偽聽王陳炳文兩股十萬之眾，全數逸出，尚未糾參；此次逸出數百人，亦應暫緩參辦。
諭旨威脅要將“防範不力之員弁從重參辦”。曾國藩卻說，當時全軍都忙於戰鬥，“並未派有專員防守缺口，無可指之汛地”，由此推卸了部下的責任。接下來，他反戈一擊，揭出左宗棠當年的一樁老底：原來，同治三年左宗棠攻陷杭州後，曾有數萬太平軍逃出，左宗棠卻彙報成隻有數千人。這事曾國藩早就心知肚明，卻一直為左宗棠保密。直到今天，才不得不作為殺手鐧拋了出來。
左宗棠沒想到曾國藩會來這一手。事情鬧到這一步，左宗棠已經騎虎難下，況且他本是好辯之人，怎能偃旗息鼓？馬上再次上奏，絞盡腦汁進行反駁：曾國藩稱：“杭城克複，十萬之眾全數逸出”；所謂“十萬”、“全數”，果何據乎？兩城之賊於二月二十三夜五更竄出，官軍皆於黎明時入城；夫以片時之久，一門之狹，而謂賊眾十萬從此逸出，殆無是理！此固不待辨而自明者也。至雲杭賊全數出竄，未聞“糾參”；尤不可解。金陵早已合圍，而杭、餘則並未能合圍也；金陵報殺賊淨盡，杭州報首逆實已竄出也。臣欲“糾參”，亦烏得而“糾參”之乎？至若廣德有賊不攻、寧國無賊不守，致各大股逆賊往來自如，毫無阻遏；臣屢以為言，而曾國藩漠然不複介意。前因幼逆漏出，臣複商請調兵以攻廣德，或因厭其絮聒，遂激為此論，亦未可知。然因數而疏可也，因意見之弊遂發為欺誣之詞，似有未可。
臣因軍事最尚質實，固不得不辯；至此後公事，均仍和衷商辦，臣斷不敢稍存意見，自重愆尤。
雙方你來我往，攻防都很精彩。讓他們互揭老底，自相殘殺，本來符合朝廷分而治之之計，中樞看到這些奏折，心中暗喜。但是現在畢竟敵人沒有徹底剿滅，還不到烹走狗之時，所以不得不和一下稀泥：朝廷於有功諸臣，不欲苛求細故。該督（謂左宗棠）於洪幼逆之入浙則據實入告，於其出境則派兵跟追，均屬正辦。所稱“此後公事仍與曾國藩和衷商辦，不敢稍存意見”；尤得大臣之體，深堪嘉尚。朝廷所望於該督者，至大且遠，該督其益加勉勵，為一代名臣，以副厚望。
雖沒有過多地指責曾國藩，卻大大地表揚了左宗棠的公忠正大，稱左宗棠“為一代名臣”。其貶低曾國藩抬高左宗棠之意顯然。