三、魏晉南北朝的中醫藥文獻整理研究
魏晉南北朝時期，醫藥學的各個領域都取得了顯著成就。醫學理論有了提高，出現了我國現存最早的脈學著作《脈經》及針灸學著作《針灸甲乙經》。藥物學有了很大發展，藥物著作豐富。在臨證醫學方麵，出現了《時後救卒方》等重要方書。梁代阮孝緒花了二十多年的時間整理了官、私藏書，並撰成《七錄》一部目錄書。醫藥書目被著錄在“術伎錄”，計記醫經50卷、經方部1259卷。作為醫藥文獻的專科性整理有以下幾方麵：
古醫籍的整理與注釋：齊、梁間全元起注釋《內經》的《素向訓解》是最早的《素向》完整注本。全氏依據的是《素問》9卷本，不僅保存了《素問》的最早麵貌，而且在注釋方麵也多有發揮之處。但是在編輯原文的篇次上存在著篇目的重出和錯易，文字的重疊、拆散、雜糅等。對《傷寒雜病論》的整理有突出貢獻的是西晉太醫令王叔和。盡管學界對他整理過的《傷寒雜病論》的名稱和卷數莫衷一是，但王叔和本人撰寫的脈學專著《脈經》中卻收錄了張仲景《傷寒雜病論》的絕大部內容，我們可以借此了解他所整理的《傷寒雜病論》的概貌。《脈經》約有五分之二以上內容引自《傷寒雜病論》，因而可將其中收錄的仲景原文看作是《傷寒雜病論》現存最早的一種古傳本。
本草著作的整理與充實：梁代陶弘景對以前的本草學著作進行係統的整理和研究，以《神農本草經》上、中、下三品365種藥物為基礎，又補充了《名醫別錄》的365種藥物，編成《本草經集注》7卷，共載藥730種。為了使新舊內容分別清楚，陶氏把原有的內容用朱寫，新加的內容用墨寫。《本草經集注》是繼《神農本草經》之後對藥物學的又一次整理提高，在藥物學的發展史上具有重要的意義。它改進了藥物分類的方法，按其自然屬性將藥物分為玉石、草木、蟲獸、果、菜、米穀、有名未用等7類；對藥物的性味、產地、采收、形態及鑒別等方麵的論述、有較多的補充和發揮；在認識藥物的性味方麵，特別重視寒熱，並將藥性細致地分為寒、微寒、太寒、平、溫、做溫、大溫、大熱等8種；在總論中提出了充病通用的藥物，這不僅給臨證用藥和醫生處方帶來很大方便，而且也開了按照藥物功用分類的先河。另外，從文獻整理的角度看，《本草經集注》的朱墨書寫方式也為後世古籍整理提供了規範。
綜合性醫著的編輯：隨著醫學的興盛，出現了一些著名的綜合性醫學著作。現存的《肘後救卒方》，是葛洪從其彙集晉代以前的各家著作而選編的《玉函方》中選取簡易有效、救急的藥方編輯而成的。金代楊用道參考唐慎微的《證類本草》的附方，依類重訂，改名為《附廣肘後備急方》。其中記載了多種傳染性疾病，對某些傳染病的認識達到了很高的水平，為祖國醫學急症專科的形成創造了條件。在治療急症方麵，葛氏倡導便、廉、驗、簡，體現了中醫學的優良傳統。許多內容，在後世不斷得到發展和科學實驗證實。由於當時醫學發展水平和作者世界觀等方麵的局限，書中也存在一些帶有迷信色彩的內容。
四、隋唐的中醫藥文獻整理研究
隋唐是中國封建社會的鼎盛時期，經濟繁榮，文化發達，科學技術進步。在這一時期，醫學文獻的整理研究也取得了全麵發展。其成就表現在對《黃帝內經》、《傷寒論》的整理研究，以及對本草著作的整理充實與綜合性醫著的彙編等方麵。
整理和注釋《黃帝內經》最有代表性的是楊上善、王冰兩家。楊上善首創分類注釋《黃帝內經》的體例，將《素問》、《靈樞》兩書全部拆散，按其內容歸納為19大類，每一大類之下又分若幹小類，綱舉目張，著成《黃帝內經太素》，共30卷。在注釋中，對經文不妄加改動，有疑誤之處，在注中說明，以保持經文原貌。對經文中某些難解的字句往往引用《說文》、《爾雅》、《釋名》、《廣雅》等古籍加以解釋，保存某些古音、古義及古字形。成書之後，曾於奈良時代傳入日本，而國內的版本在南宋時就亡佚了。光緒年間，我國學者楊惺吾從日本影抄以歸，經蕭延平校注刊行。與蕭刻本同時，還有袁昶刻本傳世。王冰精勤博訪，經過十二年的探討研究，對《素問》的篇目重新進行了編次，以養生、陰陽、髒象、診法、病態、經絡、治法為序，強調了治未病的預防醫學思想。王冰還對《素問》原文進行了精心校勘，對其中文句脫落、文字中斷、意義不相連接的地方，他搜求經典論著中有關內容予以彌補；對篇名缺失、論事不明的地方，他根據其中的旨趣，加上適當的文字使其意義明晰；對君臣問答、禮儀錯亂的地方，他考核訂正尊卑的關係，增補稱謂使其中的關係明確起來；對有些錯簡和零亂的句子，內容前後重複的情況，他詳細審察其中的旨義，刪去繁雜的部分，保留其中的精要；對於所增補的文字，他都用紅色書寫，使今本和舊卷有所區別，文字也不混雜糅亂。王冰在《素問》的注釋中，對中醫基本理論有許多發揮，如對陰陽互根的理論作了精辟的闡述。在治療原則上，進一步闡明了治病求本，當本於陰陽的道理。王氏又參照了張公所藏秘本，補充原已亡佚的第七卷，即《天元紀大論》、《五運行大論》、《六微旨大論》、《氣交變大論》、《五常政大論》、《六元正紀大論》、《至真要大論》等7篇，並作注文1453條。這7篇成為後世運氣學說的根據，但後世也有人懷疑它並非原著有內容。王冰的注釋多有詳略不當之處。但總的來看，王冰總結前人研究《素問》的成就，對中醫學理論的提高作出了重大貢獻。
孫思邈在《傷寒論》研究方麵取得了重大成就。由於“江南諸師秘仲景要方不傳”，孫思邈早年並未見到《傷寒論》的全本。直到晚年增輯《千金翼方》時，他才對《傷寒論》有了全麵的了解，並將其內容充實到《千金翼方》中。在研究《傷寒論》方麵，他創立了“方證同條，比類相附”的方法，將《傷寒論》的條文分別按方證比類歸附，通過方證編次進一步體現辨證心法開後世以方類證整理《傷寒論》的先河；他提出三陰、三陽病分類，特別重視桂枝、麻黃、青龍王法的運用，後經宋·許叔微、金·成無己、明·方有執、清·喻嘉言等發揮成為“三綱鼎立”之說；他采用《脈經》中《傷寒論》條文的分類法，確立傷寒宜忌，不但能有效地指導臨床治療，而且對於糾正唐代庸醫濫用刺、灸之弊有一定的現實意義。
本草著作的整理：由於這一時期藥物知識逐漸豐富，出現了許多新藥和外來藥物，加之《本草經集注》本來就存在一定的局限性，因而對本草著作進行一次全麵的整理與修訂已十分必要。唐高宗顯慶二年（657年），醫學家蘇敬向政府提出了編修一部新的本草專書的建議。唐政府即令長孫無忌、李勣主持編修工作，由蘇敬等20餘人集體編寫。編寫過程中，政府通令全國，選送當地地道藥材，作為實物標本進行描繪。他們還收集了不少外來藥物，在《本草經集注》的基礎上，補充未載的藥物，修訂了記載有誤的內容，於顯慶四年（659年）完成《新修本草》（又名《唐本草》）的編定工作。全書共54卷，包括本草、藥圖、圖經三部分。其中本草20卷，藥圖25卷，圖經7卷，目錄2卷。本草部分記述藥物的性味特點、產地、采製要點、治療功效等；藥圖部分是根據藥物實際形態描繪的圖樣；圖經部分是對藥圖的文字說明。其中共載藥物844種（一說850種），分為玉石、草、木、禽獸、蟲魚、果菜、米穀及有名未用等9類。本書圖文並茂，能增加人們對藥物的直觀認識。每味藥正文用大字號體作單行書寫，注文用小字號字體，作雙行書寫，書寫格式清晰，態度嚴謹。藥物正文出於新增者，即在末了標以“新附”二字，每味藥的小注出於陶弘景者，則在小注開頭冠以“謹按”二字，對了解古代藥物資料的源流具有重要意義。《新修本草》不僅是我國政府頒行的第一部國家藥典，而且也是世界上最早的藥典。在國內，它廣泛流傳，直到公元10世紀中葉，才被《開寶本草》所取代。在國外，日本很早就有該書的寫本，後來並作為醫學生的必讀課本。
在彙集古籍、撰寫綜合性醫著方麵，成就最突出的是王燾。他所著的《外台秘要》共40卷，分1104門，每門先論後方。其理論部分以巢元方《諸病源候論》為旨歸，醫方部分則以選自《千金方》者為最多。其餘所選各方，均注明書名卷次，後人可得以了解許多晉唐間散失方書的內容。《外台秘要》的重要意義在於它的文獻學價值。它全麵整理和部分保存了自古到唐初的醫學典籍，成為現代校勘、輯佚古書的重要參考。王氏引前人方書多達69家，彙集醫方6800多首。本書不僅對後世有很大影響，在國外也很受歡迎，日本的《醫心方》和朝鮮的《醫方類聚》都引用了本書的大量資料。然而，由於王燾不是專職醫生，因此有的觀點失之偏頗。如他隻要灸法，否定針法，認為“針能殺生人，不能起死人”，就是很有偏見的錯誤觀點。另外，隋煬帝時，曾對官方收藏的醫藥書進行了篩選歸納，編成《四海類聚方》2600卷、《四海類聚單要方》300卷，惜其均已亡佚。
五、宋金元的中醫藥文獻整理研究
宋金元時期，是中國醫藥學的重要發展階段。在這一時期，醫藥文獻大量出現，醫藥文獻的整理研究取得了輝煌的成就。五代戰亂之後，醫藥文獻損失很大，加之書籍本身在傳抄、流傳過程中，也出現了疏漏、脫句、重複顛倒、散亂無章的現象，客觀上迫切需要校訂古籍。宋代實行文官政治，比較重視文化教育，發明了膠泥印刷活字，革新了印刷技術，造紙業有了較大的發展，為校勘整理古典醫籍及醫書刊行提供了重要條件。宋朝的幾代帝王都非常喜歡醫學，廣開征書之路，獎勵獻書，為醫籍的整理、編輯、校訂、印行、研究起了至關重要的作用。宋仁宗天聖四年（1026年），命醫官核定古代醫書，次年國子監便將重新校定的《黃帝內經素問》、《難經》、《諸病源候論》摹印頒行。嘉祐二年（1057年），在編修院設置校正醫書局，集中了如掌禹錫、林億、張洞、蘇頌、高保衡、孫奇、孫兆等一些著名學者和醫家，開始了規模宏大的校正醫書活動。從嘉祐二年至熙寧二年（1057年至1069年），先後校勘了《神農本草經》、《傷寒論》、《金匾玉函經》、《千金要方》、《金匾要略》、《黃帝內經素問》、《脈經》、《針灸甲乙經》、《外台秘要》、《千金翼方》等。校正醫書局力圖恢複古典醫籍的原貌，為醫學教育提供了教本，促進了醫學理論的探討，為保存和傳播宋以前的醫藥文獻作出了重大貢獻。
這一時期，許多醫家對古典醫籍進行了大量研究。
《黃帝內經》的整理研究：專門研究《素問》的著作，如郝允《內經箋》、衝真子《內經指微》、劉完素《素向約注》、李浩《素問鉤玄》、李季安《內經指要》、羅天益《內經類編》等均已亡佚。從現存的著作來看，研究《內經》已不限於校勘、注釋，而是從不同的角度，特別是結合臨證實踐進行發揮闡述。北宋劉溫舒撰《素問入式運氣論奧》3卷，專門論述五運六氣及其在醫學上的應用，共30篇，附圖表若幹。金代劉完素撰《素問玄機原病式》1卷，主要根據《素問·至其要大論》中的病機十九條，整理歸納為五運六氣主病十一條病機，逐條逐證注釋闡發，並提出相應治療原則。劉氏晚年又總結自己的臨床心得，寫成《素問病機氣宜保命集》3卷，進一步發揮運氣與病機學說的研究成果。元代滑壽的《讀素問鈔》3卷為《素問》的節錄本，選錄《素問》中的重要內容，分為藏象、經度、脈候、病能、攝生、論治、色診、針刺、陰陽、標本、運氣和彙萃12類，並作了簡要注釋。
對《難經》的研究：宋·侯自然的《難經疏》、丁德用的《難經補注》、虞庶的《注難經》、龐安時的《難經解義》、宋庭臣的《黃帝八十一難經注釋》、周與權的《難經辨正釋疑》、王守正的《難經疏義》、謝複古的《難經注》、馮玠的《難經注》，金·紀天錫的《集注難經》、張元素的《藥注難經》，元·袁坤厚的《難經本旨》、謝縉孫的《難經說》、陳瑞孫的《難經辨疑》等，惜皆亡佚。現存較有代表性的研究《難經》的著作是元代滑壽的《難經本義》，書首列“彙考”一篇，論書的名義源流；次列“闕疑總類”一篇，記脫文誤字；又次“圖說”一篇。正文81難，首列經文，次附注釋。凡榮衛部位、髒腑脈法和經絡脫穴，及其在病理、診斷和治療上的關係，皆進行辯論考證，引證資料豐富，並附以己見。
在《傷寒論》整理和研究方麵，這一時期取得了顯著進展。著作數量相當多，有文獻記載的書目近百種，現存數十種之多。宋代官方曾兩次校勘、整理刊刻《傷寒論》傳本，為研究提供了範本。宋代醫家除進行編次比較、專題研究外，還應用類證、類方研究、病案分析、采用問答和歌訣的編寫體例等方法，使研究工作取得新成就。整理研究《傷寒論》的代表著作有：龐安時的《傷寒總病論》6卷，書中特別強調外感熱病要區分溫病與傷寒，認為二者病因不同，症狀各異，治法有別，並把溫病分為即伏氣溫病和天行瘟病兩種，對後世瘟病學說的形成有很大影響；朱肱的《南陽活人書》，其22卷，分四個部分，分別論述傷寒各證以及一些雜病，闡述六經分證的特異性和六經分證的重要性，強調傷寒與溫病的區別，對明毒傷寒以及婦人、小兒傷寒的證治進行詳細論述；許叔微的《許氏傷寒論著三種》包括《傷寒百征歌》5卷、《傷寒發微論》2卷、《傷寒九十論》l卷；韓祗和的《傷寒微旨論》2卷15篇，論述辨脈，汗、下、溫中等治療大法，用藥和某些病證的診治，並附方論、治案；金代成無己的《注解傷寒論》10卷，逐條注釋，展現傷寒理法與《內經》、《難經》諸書一脈相承的學理，是現存最早全文注解《傷寒論》的專著。另外，金代劉完素的《傷寒直格》3卷、《傷寒標本心法類萃》2卷、馬宗素的《傷寒醫鑒》1卷、鎦洪的《傷寒心要》1卷，元代王好古的《陰證略例》l卷，均為有一定學術價值的研究《傷寒論》之著作。
本草著作的整理：官方修訂本草。宋開寶六年（973年），宋廷詔令劉翰、馬誌和其他翰林醫官等9人重修本草。他們在《新修本草》和《蜀本草》的基礎上，參考陳藏器的《本草拾遺》，增加新藥，勘正名稱，寫出初稿20卷，定名為《開寶新詳定本草》。公元974年又重新校勘，定名為《開寶重定本草》，簡稱《開寶本草》。本書共20卷，外有目錄1卷，載藥983種，新增藥物133種，分為玉石、草、木、禽獸、蟲魚、果、菜、米、有名無用等9類。每味藥分正文和注文兩類，正文印成單行大字，注文為雙行小字。《嘉祐本草》的成書：《嘉祐本草》是在《開寶本草》的基礎上官方修訂的本草著作，共21卷，記載藥物1082種，其中新增藥物99種。其分卷、分類、編寫體例、文獻出典標記皆仿照《開寶本草》，新增注文很多，內容豐富，引用文獻約50多種，對保存醫藥資料有一定貢獻。原書已亡佚，但其內容尚散見於《證類本草》和以後的本草著作中；《證類本草》的校訂：大觀二年（1108年），艾晟補入陳承《本草別說》的內容對《經史證類備急本草》進行校正刊印，加上大觀年號，稱為《經史證類大觀本草》，簡稱《大觀本草》，共31卷，記載藥物1746種。政和六年（1116年），曹孝忠等人奉詔對《大觀本草》進行校訂，改名為《政和經史證類備用本草》，簡稱《政和本草》。紹興二十九年（1159年），醫官王繼先等，在《大觀本草》的基礎上考證名方500餘首，證外錯8000餘字，並將書名改為《紹興校定經史證類備急本草》，並由秘書省刊行。元代定宗四年（1249年）金代遺民張存惠將《本草衍義》的內容逐段逐藥分別並入《政和本草》一書予以合篇，書名改為《重修政和經史證類備用本草》。
整理編修方書：《普救方》：太宗即位之初，即詔翰林醫官院，各具家傳經驗方以獻，合已藏方共萬餘首。公元981年又在各地購求醫書。同年10月，詔翰林學士賈黃中等於崇文院編錄醫書，至公元986年纂成《雍熙神醫普救方》1000卷，禦製序，簡稱《普救方》，頒行於世。該書早佚；《太平聖惠方》：此書是北宋初醫官院在全國收輯古佚醫書，並征集經驗醫方的基礎上，組織以王懷隱為首的醫官編纂而成的。全書100卷，分1670門，載方16834首，是一部具有理、法、方、藥完整體係的方書。《太平惠民和劑局方》：宋熙寧九年（1076年），太醫局在京師設熟藥所。元豐中（1078-1085年間）太醫局進一步征集全國驗方，製藥出售，並編成《太醫局方》10卷刊行。大觀間（1107-1110年），對其進行了較大的修訂，並將其改編成《和劑局方》。全書共5卷，21門，載方297首。公元1151年經許洪校訂，定名為《太平惠民和劑局方》，頒行全國。淳祐年間（1241-1252年），全書已有10卷，附《用藥指南》3卷，分為14門，載方788首。選方大多數都是成藥，劑型有13種之多；每方之後除詳列主治證和藥物外，對藥物炮炙法和藥劑修製法亦有詳細說明，逐漸成為官藥局的製劑規範。然而由於官府以之為法，醫門傳之以為業，患者據之以治療，泥於“局方”漸成流弊；《聖濟總錄》：又名《政和聖濟總錄》，是在《聖濟經》的基礎上，廣泛征集國內醫方，連同內府收藏的醫方，組織醫官彙編而成的。內容包括內、外、婦、兒、五官、針灸、正骨等多科疾病，以及雜治養生等。書成後未及頒布刊行，金人即占領了汴京。《聖濟總錄》的版本也為金人所得，並於金大定中（1161-1189年）初次刊行，元·大德四年（1300年）曾再度刊印。
六、明代的中醫藥文獻整理研究
明代醫藥學，在繼承前代成就的基礎上有許多新進展，名醫輩出，學派林立，醫學分科與對疾病的認識日益深化，醫學著述廣泛增多。這些著作既有官方編纂的總結性的綜合醫書，又有各派醫家的私人著述，尤其值得稱道的是出現了中藥方劑方麵兩部集大成的力作《本草綱目》和《普濟方》。明代官方編修《永樂大典》，是一次文獻的大整理，由翰林學士解級主持纂修，始於永樂元年（1403年），止於永樂元年（1408年）。全書正文22877卷，凡例與目錄60卷，凡書契以來經、史、子、集、百家之書，至於天文、地誌、陰陽、醫卜、僧道、技藝之言等率皆收錄。其中有不少為宋元以前的佚書珍本，亦收錄了大量的醫藥文獻。