在古典醫籍的整理和研究方麵，明代醫家取得了很大成就。這些成就主要表現在對《內經》和《難經》的研究和注釋，對《傷寒論》的編次研究與輯複《神農本草經》。
《內經》的研究和注釋：馬蒔撰《黃帝內經素問注證發微》、《黃帝內經靈摳注證發微》各9卷。《素問》一書，明代以前已有多種注本，但馬蒔不滿於王冰的編次和疑難缺注，病滑壽《讀素問鈔》注襲王冰，的類抄不盡，又認為北宋林億等人的“新校正”未遵古意，故將24卷合並為9卷，逐篇逐節加以注釋和發揮。馬蒔認為《靈樞》文字古奧，且前人未對全書進行注釋，便以南宋收藏的《靈樞》傳本為基礎，分為9卷81篇，仿《素問》的注釋體例，逐篇逐節加以注釋，著成醫學史上第一部《靈樞》全注本——《黃帝內經靈樞注證發微》。書中對經絡腧穴部分的注釋較為詳明，並附有經絡腧穴圖解；張介賓撰《類經》32卷。張氏認為《內經》經文古奧，不便研究閱讀。他對盡管唐宋以來《素向》注釋闡述所存在的缺釋、釋義不清甚至錯誤的情況，以及《靈樞》未注的現象深感遺憾，深入學習研究整理《內經》三十年，根據以類相從的原則，將《素問》、《靈樞》分別摘錄，重新歸類編排而成《類經》。全書分為攝生、陰陽、髒象、脈色、經絡、標本、氣味、論治、疾病、針刺、運氣、會通等12類。全書條理井然，概念明確，便於檢閱，對《內經》的研究和注釋頗多發明，是學習研究《內經》的重要參考書。在此基礎上，張介賓又編寫了《類經圖翼》11卷，借助於圖形象直觀地解釋經文涵義；同時又著《類經附翼》4卷，論述與醫學有關的深奧理論，集中闡明自己的學術觀點。李中梓撰《內經知要》2卷。李氏為了便於學習《內經》，精選《素問》、《靈樞》部分原文，分為道生、陰陽、色診、脈診、髒象、經絡、治則、病態等8類，結合個人的臨證經驗注解闡述。該書內容簡明，條分縷析，是分類研究《內經》著述中頗有影響的一部節選本。
《難經》的研究和注釋：熊宗立著《勿聽於俗解八十一難經》7卷；該書卷首為八十一難經纂圖，繪有解釋《難經》原文的圖表28幅，其餘各卷，根據作者鑽研《難經》的心得，對《難經》原文逐條進行解釋，文字通俗易懂。張世賢注《圖注八十一難經》8卷。張氏鑒於以前的《難經》注本圖解較少、內容簡略，故再逐條詮解文義，重新增繪圖表，使每一問難均附一圖；該書為全圖注釋《難經》之著中較早的一種，注文通俗易懂，流傳較廣。王九思等輯《難經集注》5卷；該書主要是由選輯三國·吳·呂廣、唐·楊玄操、宋·丁德用、虞庶和楊康候等人的注文編輯而成，是現存最早的一種《難經》集注本。
對《傷寒論》的編次與研究：在明代研究《傷寒論》的學者中，以方有執最為著名。方氏認為張仲景的《傷寒論》在王叔和編次時已有所改移，金·成無己的《注解傷寒論》對《傷寒論》又多有竄亂，竭二十年心力，考證《傷寒論》原意，重新編排原文，寫成《傷寒論條辨》8卷。方氏推斷宋代《傷寒論》卷1的辨脈法、傷寒例諸篇，與卷7-10的汗吐下諸可諸不可等篇皆王叔和所為，應予刪除；平脈法、辨脈法可羽翼仲景原論，故置於卷末。他調整了篇目，重訂原文為11篇、113方、397法。將太陽病歸納為風傷衛、寒傷營、營衛俱傷三種，力圖恢複仲景著作本來麵貌，並主張以《傷寒論》之方法通治各科疾病。
本草著作的編輯：《神農本草經》的輯複。《神農本草經》於五代之後失傳，令曆代醫家扼腕稱惜。明·盧複對其進行了輯複工作，並作出了較大貢獻。他所輯《神農本草經》1卷，將藥物分為上、中、下三品。其目錄依《本草綱目》，本文則據《證類本草》。該輯複本是《神農本草經》失傳後的第一個輯複本，為學習研究提供了依據；《本草品彙精要》，明·弘治年間（1488-1515年），朝廷命太醫院院判劉文泰領銜，率工作人員共41人，彩繪藥圖畫家8名，於公元1505年撰成《本草品彙精要》42卷，目錄1卷。本書是在《證類本草》基礎上重新繪製彩色藥圖1358幅，收載藥物1815種，分為玉石、草、木、人、獸、禽、蟲魚、果、米穀、菜等10部，上、中、下三品。卷首引述了古代有關中藥學基本理論、藥物炮炙方法、劑型種類、配伍與宜忌等內容。書成後收藏於內府，清朝康熙三十九年（1700年）命太醫院吏王道純等將原稿重新抄繪，公元1934年才得以公開出版；李時珍的《本草綱目》。李氏在行醫和研討古典醫籍的過程中，發現古代本草著作錯誤很多，重複遺漏，舛謬差訛不可勝數，認為必需重修本草，認真總結《證類本草》問世四百年以來藥物知識與藥學理論不斷發展的曆程。他廣泛涉獵群書，認真總結吸取前人的經驗成就，向有實踐經驗的人請教，親自收集各種植物、動物、礦物標本，親自栽培藥物，經過27年的辛勤努力，編著完成了《本草綱目》這一長達190萬字的本草學巨著。該書經過三次大的修改，參考了800多種文獻書籍，以唐慎微的《經史證類備急本草》為藍本，整理補充大量內容，糾正以往的錯誤。《本草綱目》共52卷，16部60類，收載藥物1892種，附有藥圖1160餘幅，附錄曆代藥方11000餘首，全麵總結了16世紀以前我國藥物學的成就。該書首創了當時最先進的藥物分類方法，每藥標正名為綱，綱下列目，遵循“從微至巨”和“從踐至貴”的原則。在記述藥物的體例方麵，《本草綱目》凡列校正、釋名、集解、正誤、修治、氣味、主治、發明、附錄、附方等項，係統地記述各種藥物知識，糾正了一些反科學的見解。本書不僅對藥物學作了詳細記載，也對人體生理、病理、疾病防治等問題亦多有論述，而且還對植物學、動物學、礦物學、物理學、天文學、氣象學等多方麵的知識有著廣泛的論述，實屬世界科學寶庫中一部不可多得的博物學巨著。此外，《本草綱目》還有著極高的文獻學價值，所引載的16世紀以前的文獻保存了大量非常珍貴的資料。《本草綱目》公元1596年首先由南京胡承龍刊刻出版（即“金陵版”），後世諸本草多宗其說，或選其要，或拾其遺，或求其真等。隨著國際文化的交流，本書逐漸流傳到國外，先後被全譯或節譯為日本、朝鮮、拉丁、英、法、德、俄等國文字，被譽為“中藥寶庫”、“東方醫學巨典”。
方書的彙編：明代整理編輯的方書，最有影響的是由朱木肅、滕碩、劉醇等編撰的《普濟方》。該書是我國古代最大的一部方書，其資料來源，除曆代各家方書及時方外，還博采其他傳記雜說以及道藏佛書。全書分為七大部分，論病有論有方，除記載藥物與針灸療法外，還介紹了按摩、導引等治療經驗。本書集15世紀以前醫方之大成，搜羅宏富，具有較高的文獻學價值。
叢書與類書的編撰：明代問世的醫學叢書與類書有：萬全輯《萬密齋醫學全書》、王肯堂撰《證治準繩》、吳琯輯《薛氏醫案》、汪機的《汪石山醫書八種》、徐春甫的《古今醫統大全》、王肯堂輯《古今醫統正脈全書》、樓英的《醫學綱目》、張介賓的《景嶽全書》等。
七、清代的中醫藥文獻整理研究
清代是我國封建社會的最後一個王朝。其前期政治經濟比較穩定，加之考據學風的興盛，古醫籍的整理、研究工作成績斐然，出版了大量的類書、叢書和入門書；其後期由於大量的西方醫學傳入中國，出現了中西醫彙通派，中醫藥文獻便明顯地有了中西醫彙通的特色和內容。清代乾隆年間，朝廷命令各地方官把大量的民間圖書集中到京城，組織了4000多名編纂人員，對以前的文獻進行了一次大規模的整理。從乾隆三十七年（1772年）開館纂修，用了十年左右的時間，纂修成著名的《四庫全書》。《四庫全書》共收書3503種，79337卷，分經、史、子、集四部，故名“四庫”。其內容極為廣泛，在一定程度上起了保存和整理文獻的作用。纂成後共抄寫7部，分藏文淵閣、圓明園文源閣、奉天文溯閣、熱河文津閣、鎮江文宗閣、揚州文彙閣、杭州文瀾閣。其中收錄醫藥書97部1816卷，存目者94部682卷，隻列提要者5部25卷，其中部分醫籍輯錄於《永樂大典》。
受清代考據之風影響，醫籍的考證、研究與注釋工作取得了較大的成績。
《黃帝內經》的研究與注釋：張誌聰及其門人集體編寫《黃帝內經素問集注》和《黃帝內經靈樞集注》各9卷。該二著依據《內經》理論對原文作了較詳細的注釋，闡明了不少疑難問題，是近代流行較廣的一種《內經》全注本；汪昂撰《素問靈樞類纂約注》3卷，又名《素靈類纂約注》。該書選錄《素問》、《靈樞》除針灸以外的內容，分為藏象、經絡、病機、脈要、診候、運氣、審治、生死、雜論共9類，酌取各家學說，參以己見，予以簡注，是較有影響的《內經》節注本；高世栻撰《黃帝素向直解》9卷。高氏汲取張景嶽、馬蒔、吳昆及其師友張誌聰等注釋《內經》的經驗，結合個人心得體會，對經文進行了簡捷通暢的注釋；黃元禦撰《素問懸解》13卷和《靈樞懸解》9卷。黃氏根據通行本，分類重於編次；張琦撰《素問釋義》10卷。該書據王冰注本《素向》篇次，逐篇注釋。注釋不取王冰之說，主要參考黃元禦的《素靈微蘊》等書。
晚清對《內經》的整理與研究比較重視。對《內經》進行訓詁、考據的著作有：俞樾的《讀書餘錄》中有專門考據《內經素問》的48條（後俞鑒泉將其更名為《內經辨言》）；俞正燮所撰《癸巳類稿》（1833年）中《持素脈篇》、《持親持篇》、《持親正篇》、《持素目錄序》4篇，是對《素向》的摘要注解；陸懋修所撰《內經難字音義》、《內經音義稿》在訓詁、考證方麵頗有見地；胡澍所撰《黃帝內經素問校義》將《素問》中難解的字、句、文義摘出加以考據、訓詁、釋義；鄒漢璜撰的《素靈雜解》，是作者對古醫籍的注釋和自己臨床經驗的總結；高玉章與其弟子羅濟川所撰《素向直講》是一部《素問》的全注本；摘要注解《內經》較有影響的注本有田晉蕃的《內經素間校正》和孫治讓的《素問王冰注校》；對《內經》運氣學說研究的著作有陸九芝的《內經運氣表》、《內經運氣病釋》、薛福辰的《素問運氣圖說》、陳在山的《運氣舉要》、戴緒安的《五運六氣》、高思敬的《運氣指掌》、朱思華的《素問運氣淺說》；唐宗海的《醫經精義》，是反映中西醫彙通思潮的著作。該書除將《內經》中的醫學理論分類注釋外，還兼采西醫生理解剖圖說加以發揮。
《難經》的研究和注釋：徐大椿的《難經經釋》2卷，注釋采用以“經”解“經”的方法，有一定參考價值，但其過分拘泥於《內經》的觀點則是片麵的。晚清對《難經》的原文進行整理、注解、補正一類的著作有鄒漢璜撰述的《難經解》、王廷俊的《難經摘抄》、葉霖所撰《難經正義》等。袁崇毅的《難經晰解》是對《難經》注解、發揮的著作。
《傷寒論》的研究與注釋：清代前中期研究《傷寒論》的著作主要有喻昌的《尚論篇》、柯琴的《傷寒來蘇集》、尤怡的《傷寒貫珠集》、張誌聰的《傷寒論集注》、張錫駒的《傷寒論直解》、徐大椿的《傷寒類方》等。《尚論篇》4卷，全名為《尚論張仲景傷寒論重編三百九十七法》，是在方有執《傷寒論條辨》的基礎上編次和補充發揮而成的。《傷寒來蘇集》包括《傷寒論注》、《傷寒論翼》、《傷寒附翼》。《傷寒貫珠集》8卷，對《傷寒論》原條文作適當的連貫，更具條理。晚清對《傷寒論》的研究，成果比較突出。注釋和校正的著作有陳恭博編著的《傷寒論章句方解》，鄒漢璜的《傷寒卒病論箋》，楊希閔的《傷寒論解略》，陸九芝的《校正正樸莊傷寒論注》，高學山的《傷寒論尚論辨似》都對前人的著作提出質疑，頗具見地。近代一些醫家多從臨證實用出發，對《傷寒論》進行研究。如呂震名的《傷寒尋源》，從六經辨證的角度闡發原文，切合臨證實用；周學海的《傷寒補例》，結合個人臨床經驗，對傷寒、溫病、瘧、痢等病證加以分析、闡發及補充。同時，還有一些從一經一病入手研究《傷寒論》的著作，如陸九芝的《傷寒論陽明病釋》對陽明病進行論述，張節的《傷燥論》敘述煤氣為病，王廷鈺的《外感傷寒證提綱》注重來病證治的研究。此外，研究《傷寒論》方理、方義的著作有薑國伊的《傷寒方經解》、楊希閥的《傷寒論百十三解略》、陸九芝的《太陽寒水病方說》、慶恕的《傷寒十六證類方》等。中西彙通的醫家唐宗海的《傷寒論淺注補正》、《六經方證中西通解》是用中西醫理解釋《傷寒論》的著作。陸九芝的《宏維新編》是發揮《傷寒論》原旨的著作。
《金匱要略》的研究與注釋：清代前、中期研究《金匱要略》的著作有徐彬的《金匱要略論注》、程林的《金匱要略直解》、沈明宗的《金匱要略編注》、魏蘇彤的《金匱要略方論本義》、尤怡的《金匱要略心典》、黃元禦的《金匱是解》、吳謙等的《醫宗金鑒·金匱要略注》等。晚清時期，注釋、研究、發揮《金匱要略》的著作為數不少。鄒漢璜的《金匱要略釋》、周考核的《金匱要略集解》、高學山的《高注金匱要略》都是注解原條文的著作。結合臨證經驗注釋發揮《金匱要略》的著作有王介庵的《金匱平脈·辨脈彙編》、頌平的《金匱指歸》、楊希閔的《金匾百七十五方解略》、陸九芝的《仲景方彙錄》等。唐宗海的《金匱要略淺注補正》在陳念祖撰《金匱要略淺往》的基礎上，補缺正誤，詮釋發揮，反映了中西醫彙通的學術思想。
《神農本草經》的輯佚、研究與注釋：孫星衍、孫馮翼等輯《神農本草經》3卷，將藥物分為主、中、下三品，未附序例及佚文。本文之下並附有《名醫別錄》及《吳普本草》等佚文。本文主要依據《證類本草》，並參考《太平禦覽》等書；顧觀光輯《神農本草經》4卷，從《證類本草》中輯出365種藥物，分上、中、下三品，並根據《本草綱目》、盧複《神農本經》等10餘種本草及《太平禦覽》等有關記述，對《本草經》作了認真的考訂；王闓運輯《神農本草》4卷，包括上、中、下3卷及“本說”（即序例）l卷；薑國伊輯《神農本經》4卷，依據《本草綱目》及所謂“蜀本”，包括名例、名例補正，本經目錄、本經舊目補正、本經考證及本經所錄各藥本文。
類書與叢書的編輯：（1）類書：最有代表性的類書是《圖書集成·醫部全錄》520卷，約960萬言。陳夢雷、蔣廷錫等奉旨編撰，輯錄從《內經》到清初的醫學文獻100餘種，分類編纂，包括古典醫籍注釋、脈法、外診法、髒腑身形、各種疾病的辨證論治，以及有關醫學的藝文、記事和醫家傳記等；（2）叢書：清代的叢書較多，主要有：《醫宗金鑒》共15門90卷，是吳謙等根據清政府敕命編纂的一部大型綜合性叢書，對公元18世紀初以前曆代醫學著作加以校訂、刪補，節錄編輯而成。本書內容豐富，取材適當，條理清楚，文字通俗，並附有插圖，深受讀者歡迎，流傳甚廣。沈金鼇撰《沈氏尊生書》72卷，共7種，對醫理、診法、內、兒、婦各科臨床證治均有論述。其《雜病源流犀燭》影響最大。另外，徐大椿的《徐靈胎醫書八種》，程永培的《六醴齋醫書十種》也是較著名的醫學叢書。晚清時期主要的醫學叢書有：陳修園的《南雅堂醫學全集》、陸九芝的《世補齋醫書》、周學海的《周氏醫學全書》3集，32種。此外，鄒漢璜的《鄒氏純懿廬集》屬於一家叢書，是作者對古典醫籍的注釋和自己臨證經驗的總結；唐宗海的《中西彙通醫書五種》是一部中西醫學彙通的叢書。
八、近代的中醫藥文獻整理研究
由於西學東漸，近代醫家在繼承前代繼續彙集列刻經典醫籍和彙刻經過精校、評注的典籍外，以彙刻臨床實用醫書和醫學入門讀物為主。
古本草著作的整理與研究：近代對《本草經》的彙纂、注釋和闡發有較大進展，其中以仲昂庭、沉其煜、蔡陸仙等人的著作影響較大。蔡陸仙於l937年編成《中國醫學彙海》，分為經、史、論說、藥物、方劑、針灸七部，經部首列《神農本草經》及各家論注。
中醫經典著作的文獻研究：近代醫家在《內經》文獻學研究方麵成績卓著，初期（清末民初）大多致力於經典考證、校勘，而後期則側重於闡述經義，進行係統的整理類編。清末民初，在乾嘉考據學餘緒影響下，《內經》訓詁研究方興未艾。晚清經學大師俞樾的《讀書餘錄》，也涉及他讀《內經》的考據心得，後人將這部分內容單獨抄錄，刊載於《三三醫書》，題名《內經辨言》；胡澍撰《黃帝內經素問校義》、顧現光撰寫《素問校勘記》和《靈樞校勘記》也很有影響；孫詒讓在前述俞氏、胡氏、顧氏之後再度校《素問》，著有《素問王冰注校》一卷。近代在《內經》訓詁方麵碩果累累。民國時期，由於中西醫論爭激烈，《內經》研究已不再停留於訓詁詮釋上，醫家們更重視闡明《內經》的學術價值，捍衛中醫的理論體係。惲鐵樵的《群經見智錄》和楊則民的《內經哲學之檢討》是這類研究工作所取得成就的代表。唐容川的《中西彙通醫經精義》，以藏象學說為主體，以西醫解剖知識作為經文注腳。近代大多數醫家則傾向於仿照科學體例框架，參考西醫學科體例設計中醫學校教程，以新的思路纂輯《內經》。《時氏內經學》與《秦氏內經學》是民國時期盛行的《內經》研究著作。秦伯未致力於《內經》研究曆經數十年，早年曾有《內經》訓詁之作《讀內經記》，後來又著《內經類證》（1929年），將《素問》、《靈樞》中有關敘述病證的經文摘出，共整理《內經》所記載病類44種、病侯311種，並對摘錄的文獻進行分類編纂，在文獻學與研究方法上較明張介賓《類經》更為深入。後來，他在此基礎上，於1934年完成了《秦氏內經學》。
綜上所述，近代在《內經》文獻研究方麵不僅成績卓著，而且頗具時代氣息，不僅論著的數量與研究深度廣度超出了前代，而且研究方法與風格亦與前人迥然不同。
叢書、工具書的編寫：中西醫書的合刻及彙通醫學公書的出現，是這一時期叢書領域的特點。醫學工具書在這一時期有了較大的發展，不僅首次出現了辭典類著作，而且各種書目在此期得到了突飛猛進的發展，為現代醫學辭典類著作和各種工具書的編寫奠定了基礎。據《中醫圖書聯合目錄》（1960年）所載，這一時期的醫學叢書約有135部，辭典類著作約14部，書目類著作約34部。