盡管如此，奕劻等人還是堅持了初步方案，而隻作了一些無關緊要的修改，其具體方案是：實行責任內閣製，設內閣總理大臣一人，左右副大臣二人，以各部長官為內閣政務大臣；中央設十一部，即外務部、吏部、民政部、度支部、禮部、學部、法部、農工商部、郵傳部、陸軍部和理藩部，外加五院一府，即集賢院、資政院、大理院、審計院、行政裁判院和軍谘府。
上奏當天，袁世凱還興衝衝地跑去請訓，“以備召詢”。但他等了半天，上邊也沒有任何反應，隻得怏怏地離開北京，回到天津督署。與袁世凱的消極等待不同的是，反對派的行動更為積極，也更為隱秘。禦史趙炳麟一開始就懷疑袁世凱的動機是為了給自己的性命之虞預留後路，而方案確定上報後，他立刻指責奕劻等人的方案是將君主大權轉移到內閣，其結果是“大臣專製”取代“君主專製”。
軍機大臣瞿鴻禨則更為狡詭，他在討論時不動聲色，卻暗中去見慈禧太後並乘機放了一把野火，說：“根據這個官製，老佛爺從此就不必為軍國大事而過度操心了。”他見慈禧太後不太明白，便解釋說，內閣製與軍機處的性質不同，軍機處所討論的問題，事前必須請旨定奪，內閣則由議會決定後上奏。在趙炳麟和瞿鴻禨的慫恿下，慈禧聽後若有所悟，這大概就是袁世凱當天去請訓而未被理睬的原因了。
經過深思熟慮後，慈禧太後否決了奕劻等人的采用責任內閣製方案，而是繼續保留了舊的內閣和軍機處，各部院的設置則基本采用了奕劻提出的方案。各部院設置和長官如下：外務部，總理大臣為奕劻，會辦大臣那桐，瞿鴻禨為會辦大臣兼尚書；吏部，尚書鹿傳麟；民政部，尚書徐世昌；度支部，尚書溥頲；禮部，尚書溥良；學部，尚書榮慶；陸軍部，尚書鐵良；法部，尚書戴鴻慈；農工商部，尚書戴振；郵傳部，尚書張百熙；理藩部，尚書壽耆；都察院，督禦史陸寶忠；大理院，正卿沈家本。
這一次，慈禧再一次支持了守舊派，奕劻和袁世凱的如意算盤都落空了，特別是袁世凱，他最希望的陸軍部居然落到了對手囊中，心裏別提多難受了。
從各部長官的人選上來看，雖然清廷標榜不分滿漢，但在13個部院的長官中，滿人7名，漢人7名，蒙古1名，在人數上看似平分秋色，但仔細看就會發現，滿人占據的大都是要害部門。由此也可以看出，滿族親貴專製化的趨向不但沒有扭轉，反有愈演愈烈之勢，這開了一個極為惡劣的先例。慈禧太後死後，攝政王載灃後來組織的“皇族內閣”更是把這種情況推到極致，這是後話。