（一）案件受理範圍較為混亂
1.對少適用督促程序的實質要件認識不同
適用督促程序的實質要件為債權人與債務人沒有其他債務糾紛，然而司法實踐中，對此要件認識不同。有人認為，債權人與債務人沒有其他債務糾紛就是指沒有對待給付義務，債權人與債務人有不屬於同一法律關係產生的債務糾紛，其支付令申請也應予以受理。此種觀點受理範圍較寬鬆。而有人認為，對“債權人與債務人沒有其他債務糾紛”應做較寬泛的理解，以便體現督促程序的價值取向。此種觀點認為沒有其他債務糾紛，不僅包括在同一債權債務關係中沒有對待給付義務的情況，還包括在其他法律關係中沒有債務糾紛的情況。基於這樣的認識，可受理的支付令案件範圍必然比較窄。所以“債權人與債務人沒有其他債務糾紛”具體含義界定不清，導致督促程序案件受理的標準不同。
2.適用督促程序案件的申請範圍不同
督促程序案件的申請範圍法律規定隻適用金錢、有價證券，不適用行為、貨物。那麼，金錢是否包括外國貨幣？實踐中，沒有統一標準。其次同樣是債權人，同樣是無爭議的債權，追償金錢的債權人擁有追償貨物的債權人所不具有的權利，這顯然不公平也不科學。由於支付令的申請範圍過窄，大量的債權人不能選擇申請支付令，而進入繁瑣的訴訟程序解決，增加了當事人的訴累。最後，關於《勞動合同法》第三十條及《勞動仲裁調解法》第十六條中對拖欠勞動報酬、工傷醫療費、經濟補償等費用的可申請支付令的規定中，勞動者在是否持勞動合同、沒有欠條的情況下就符合適用督促程序案件的申請範圍，各個法院掌握標準尺度不一。
（二）案件審理的審查標準不一
對支付令申請進行形式審查還是實質審查，各自把握尺度不一。有的認為進行形式審查即可，有的認為應進行實質審查。由於督促程序的特點之一是不需詢問債務人，不需開庭審查，有些對支付申請進行形式審查的法院隻要求證據形式合法即可；有些對支付申請進行實質性審查的法院，要求債務人主張之請求必須做到證據確鑿、充分，證據不確鑿、不充分則不發出支付令或不予受理，而表現於實踐操作中即為當事人作審查筆錄。這樣導致同樣的案件在不同法院受理情況不一。
（三）債務人濫用異議權
濫用異議權在支付令案件中比較普遍，實踐中債務人可隨意提出異議，使大量的支付令失效，沒有任何對異議進行必要限製的規定。按《民事訴訟法》及相關司法解釋的規定，支付令發出後，如果被申請人在法定期間提出書麵異議，支付令自行失效，法院將裁定終結督促程序，告知當事人另行起訴。司法實踐中，適用督促程序的案件被申請人提出異議的較多，一些被申請人為拖延時間，逃避債務，故意提出不實的書麵異議，徒增申請人訴累，浪費法院的人力、物力，造成社會公眾對督促程序使用價值的懷疑。支付令能否生效完全取決於債務人的誠信，這樣太不現實，導致債務人濫用異議權，而且我國法律缺乏對債務人不實異議的處罰機製，也間接縱容了債務人的不誠信。同時，這也是督促程序的“先天不足”造成的。
（四）缺乏支付令失效後快速轉入訴訟程序機製
我國《民事訴訟法》規定，督促程序終結，支付令自行失效的，債權人可以起訴。這種規定對債權人十分不利。當支付令失效時，如果當事人此時再按照正常訴訟程序起訴，法院按照正常立案程序審查後再立案的話，就會花費大把的時間，錯過了債權人追討債權的良機，使沒有誠信的債務人不是轉移財產，就是人去樓空。這樣就使債權人對支付令喪失信心，認為督促程序不起作用，不再采用督促程序而是直接進行訴訟，使督促程序形同虛設。根據最高人民法院《適用督促程序若幹問題的規定》，支付令和訴前財產保全措施不能同時使用，這樣又導致債務人轉移財產或人去樓空，無法有效地防止債務人抽逃財產，缺乏支付令失效後快速轉入訴訟程序機製，這也就是筆者所說的“後天缺氧”的表現。
（五）對錯誤支付令的補救程序欠完善
督促程序既然是一種審判程序，那麼在審判過程中肯定會發生錯誤。特別是督促程序是一種僅基於債權人單方麵主張所進行的程序，它審查債權人單方的事實和證據，注重的是債務人的態度而不是案件的事實，故支付令更不可避免地會出現錯誤。最高人民法院1992年7月13日法函〔1992〕98號在對山東省高級人民法院關於支付令生效後發現確有錯誤應當如何處理的複函第二項中規定：人民法院對本院已發生法律效力的支付令發現確有錯誤，認為需要撤銷的，應當提交審判委員會討論通過後，裁定撤銷原支付令，駁回債權人的申請。根據上述司法解釋，債務人不得申請再審，支付令可以撤銷，但不能適用審判監督程序。而對於什麼人可以向法院提出撤銷支付令之請求，也即院長發現支付令之錯誤的具體渠道，以及當事人申請對錯誤支付令施以救濟的途徑、期限，法院糾正的期限等都沒有規定。