案例指導製度包括案例的頒布主體、案例的入選及公布程序（包括選擇標準）、案例的形式要件及案例的運用機製（包括是否具有拘束力，是否能為後來的判決所直接引用）等各個方麵。其中，案例的公布更多屬程序性的事項，就現狀而言各地法院均有自己的特定方式（如北京高院的《北京法院指導案例》、陝西高院的《參閱案例》等等），理論上對案例應有定期、特定的發布方式的認識也比較統一。但對於其他問題則存在著分歧。
（一）指導性案例的效力定位
在先的指導性案例對此後的審判究竟有何效力，在根本上決定著這一製度的定位及具體運作方式。最高法院從《一五綱要》到《二五綱要》用語上的變化並沒有直接解決案例的效力問題，“參考”與“指導”，就其本義而言，均不具有拘束力的含義。分析《二五綱要》內容可知，最高法院明確表示計劃製定的規範性文件中包括“指導規則”，這對案例效力的探討留下了空間。
1.名稱之爭。對於案例效力的爭論首先表現在對“案例”的名稱之爭上。有人主張應使用“案例”這一名稱，有人則主張直接使用“判例”或“判例製度”的稱謂。名稱之爭，事實上來源於對“判例”一詞的傳統定位，即認為“判例”是英美法係的專用名詞，作為大陸法係的我國不適合使用。這種傳統認識確實是一種現存的事實，“判例”在長期的使用過程中亦成為具有特定含義的專用語。因此，為了更順利地推行案例指導製度，可以選擇不使用“判例”而使用“案例”（但這需要解決目前對“案例”一詞使用泛濫化的問題）。雖然名稱之爭背後可能折射著對效力認識上的差別，但並不是甚至也不體現這一製度的根本問題。無論采用何種稱謂，真正麵對和需要解決的其實都是相同的，即對於“案例”的效力如何定位，“案例”對此後審判的“指導”究竟如何實現。
2.法律拘束力與事實拘束力之辯。指導性案例是否應當具有拘束力？理論上與實踐中認識存在很大差異。有觀點認為，我國依然是成文法國家，我國的案例指導製度不同於英美法係的判例製度，不應有拘束力，《二五綱要》內容本身也沒有任何“遵循先例”的意思。有學者則支持指導性案例應當具有拘束力；有的學者主張至少最高法院頒布的指導性案例應當具有拘束力；有的則對此仍表示反對。在爭論過程中出現了一種主張，認為指導性案例不具有“法律上的拘束力”，而僅具有“事實上的拘束力”。該主張認為，我國是成文法國家，案例不具有法律適用意義上的效力，不具有“法律上的拘束力”；但是，案例對於此後頒布指導性案例法院及其下級法院的審判必然會起到一定作用，違反在先的，尤其是上級法院頒布的案例，將可能導致案件被上級法院推翻，法官也將可能麵臨司法管理方麵懲罰和紀律處分的危險，下級法院的法官一般而言均會遵循案例，案例因此就具有“事實上的拘束力”。這種主張體現了在探索指導性案例效力中遇到的兩難。基於我們的案例指導製度不同於英美法係國家判例製度的堅固信念，認為案例不應具有法律適用意義上的拘束力，但如果案例始終停留在“參考”的意義上，則似乎對這一製度的探討又失去了依托，因為如果僅就“參考”而言，在很大程度上就沒有必要給出一種製度化的表現和操作規程載體。於是，在這種兩難的情況下，出現了“事實上的拘束力”的定位。作者認為，這種定位並沒有解決這種主張希望解決的問題。“事實上的拘束力”，從字麵理解或者表述理解，實際就是指導性案例事實上會被或者應該會被本院或者下級法院此後的審判所遵循。而這樣的意義，更應該放入案例指導製度的“作用”部分（如統一法律適用的作用等）進行闡述，而非在對案例“效力定位”的內容中進行討論。這樣的定位解釋不了為什麼為了實現這樣一種“事實上的拘束力”，我們必須，或者說我們值得去進行一項統一的、規範的製度建設。換言之，作為一項製度的組成部分，當我們在製度層麵上來討論指導性案例的效力定位時，“事實上的拘束力”也許不足以成為一種“指導規則”。事實上，持有該種主張的學者或者實踐者自己的很多陳述也都是矛盾的，從他們關於指導性案例效力定位的其他陳述中可以看出，其作用也遠遠超出了“事實上的拘束力”。
我們認為，指導性案例（本身就具備了特定主體、定期通過特定方式發布以及具有特定格式等規範性要件）應當具有拘束力，發布案例的法院以及下級法院在此後的審理及判決中，必須遵循。指導性案例應當具有法源性，這是案例指導作為一項製度進行建設的價值所在。
3.能否作為上訴和再審的理由以及能否在判決中引用。違反指導性案例能否作為上訴以及申請再審的理由，這一問題似乎與指導性案例效力定位是緊密聯係的，理論上的表現是，主張指導性案例不具有拘束力或僅僅具有“事實上的拘束力”的學者，基本認為違反指導性案例不能作為上訴或者申請再審的理由；而主張指導性案例具有拘束力的，則認為違反指導性案例可以作為上訴或者申請再審的理由。這樣的主張表麵上邏輯是統一的，但背後卻仍然隱藏著一種悖論。指導性案例不具有拘束力或僅僅具有“事實上的拘束力”的主張本身無法解釋違反指導性案例為何不能作為上訴或者申請再審的理由。這涉及對究竟什麼是“案例”的理解，或者說，“案例”作為載體背後體現的是什麼？案例“指導”的是什麼？
任何一個案例，其具有指導價值的，是其體現出來的裁判規則，即證據認定規則、事實認定規則、法律推理規則以及對具體法律問題的認識中的一項或者幾項。因此，當我們發布一個指導性案例時，就意味著表示這一案例所包含的上述幾項內容中的一項或者幾項是正確並被肯定的，而當我們認為一個此後的判決違反了指導性案例時，就必然意味著這個判決在上述幾項內容中的一項或者幾項上出現了錯誤。換言之，後來的判決在證據認定、事實認定或者法律適用上出現了錯誤。在這種情況下，為什麼不能對此提出上訴或者申請再審？