由於網絡交易模式的多元化，並在與傳統商務融合的過程中日趨複合和複雜，為保證網絡交易規則的正常運行，各交易中心都采用了多種方法來保證交易的正常進行，它們明確規定了在網絡交易中什麼是應該做的，什麼是不應該做的。應該做而沒有做或不應做而做了應受到什麼樣的製裁。具體而言有以下兩種方法：
1.法律方法。管理的法律手段並不是與管理同時產生的，它是隨著國家的形成逐漸出現和不斷完善起來的。而網絡交易規則則是隨著網絡交易的產生而產生，在不同的環境中，交易規則運用法律保護的方法也各有不同。
一是保護交易秩序。即在交易規則中明確規定：賣家不得違反《服務協議》的約定，利用交易中心提供的服務公開或者私下出售國家法律法規禁止出售的物品；如果交易雙方故意規避相關規定，進行違禁物品交易；或違禁物品交易涉嫌犯罪的，交易中心將繼續保留貨款並依據國家有關法律或行政法規進行處理。
二是管理交易中心依據。交易中心管理的關鍵在於信息、人、財、物的合理溝通，並用法律規範來進行管理，把溝通的方式用規則的形式規定下來，就可建立起法律秩序。它可以使交易係統中各個子係統和交易商的職責、權利、義務明確，從而使整個交易係統自動有效地運轉。
三是維護交易係統的穩定性。由於法律方法具有規範性、強製性和穩定性的特點，運用法律或行政法規對交易係統規範化、條理化，使交易係統具有一定穩定性，這種穩定性使管理不受外來的、臨時的因素幹擾，保證了交易係統內部關係的正常化。
四是調節不同主體的關係。根據不同利益主體的不同特點，規定不同主體在交易活動中各自應盡的義務和應起的作用，並通過不同的約束方法，調節其交易活動和範圍，來保證交易商縱橫關係的協調，這樣，即使交易過程中發生了矛盾，也能及時得到有效的調節，而不影響整體目標的實現。
五是促進交易係統的發展。法律規範能夠促進交易係統之間的合理的溝通，建立起一種穩定的、正常的交易秩序，在即使出現矛盾時也能保證及時有效地進行調節。
2.經濟方法。經濟方法是人類社會管理活動中應用最普遍的管理方法，無論是宏觀社會各領域的複雜的經濟活動，還是微觀的企業經營行為，都以經濟方法作為基本的管理方法。因此，網絡交易規則的正常運行也離不開經濟方法的保護。
一是適用的範圍。國家運用經濟手段保證經濟政策的有效運行主要是運用經濟杠杆係統，包括價格、稅收、信貸、彙率等杠杆，它們是各項經濟政策的延伸或某項經濟政策的具體落實手段。經濟方法在網絡交易中原則上適用於網絡交易的各個領域，從無論是交易主體、交易過程還是交易標的都可適用。
二是執行的機構。行政領導的方法的執行依賴行政組織，法律規範方法的執行則依賴法律機構，而經濟方法的執行則必須依靠經濟組織。在網絡交易中，經濟方法的執行機構必須依靠交易中心。
三是運用的手段。經濟手段方法的最根本的特性就是利益性，保護交易規則正常運行的經濟方法主要是運用經濟手段，按照經濟法則，主要通過運用扣留貨物、扣留資金、罰款、經濟責任以及經濟合同等這樣一些經濟手段為杠杆，組織、調節和影響交易商的活動。從一定意義上說，就是通過各種經濟手段不斷調整各方經濟利益關係，把交易商和交易中心的利益有機地結合起來，在不損害國家利益的前提下，又能保證各交易商和交易中心的收益，這是經濟手段的方法與其他方法最根本的一個不同點。