在行政法律關係中，權力和權利時常發生碰撞，但二者不是對等的對抗。私人權利這一市民社會最偉大的產物絕不能為所謂的“合法權利”掩蓋下的另外一種權利所淹沒。在衝突中，權力強大無比，而權利為弱者所有，以權利對抗權力無異於以卵擊石。而任何一個法治國家在權力和權利發生碰撞時需要法律、甚至憲法來約束權力、保護權利，正如德國法學家弗立茲·韋納所言：“法治國家，應是一個國家之行政屈服在法律之下，即行政關係在法律之下。”因此，行政訴訟法，應當在強弱懸殊失去平衡的弱者一端，加大其砝碼，以維護法律的公平和正義。
就行政關係而言，公民權利具有本原性，國家公權力則是派生取得的。公民的權利應當高於政府的行政權。但是，政府一旦取得了權力，就可以對公民實施一定的控製和約束，行政權力可以限製公民的權利。因此，尤其應當強調公民權利的本原性，隻有這樣才能使行政權力得到實質性製約。然而，在我國，受長期封建社會文化的影響，行政權力高高在上，行政不能被訴的觀念根深蒂固，事實上等於把行政權力置於公民權利之上。這就違反了法治的基本精神。行政訴訟製度建立的目的正是為了體現法治的基本精神。它明確告知整個社會，政府的行政權力不是高不可攀的，而是可以被訴的。其權力不再是最終的效力，而需要接受第三方的裁判，即司法的審查、判裁。
行政訴訟是實現行政法治的重要途徑。人民法院審理行政案件的基本原則之一就是以事實為根據，以法律為準繩。這也是法治的精髓所在。因此，法官對於法治的把握就成為科學司法的基礎。理論界認為，法治的進程可分為形式法治和實質法治兩個階段。盡管西方學者很少明確使用形式法治和實質法治這兩個概念，但是從其曆史悠久的學術爭論中我們還是能夠隱約感受到他們在這個問題上的分歧。“形式法治隻尋求形式合法性，以符合實在法為限；實質法治則追問實質合法性，追問法律背後的道義原則。”形式法治與實質法治的主要區別在於：第一，法的形式。形式法治認為，所謂法律就是立法機關製定的白紙黑字的規範性文件。實質法治認為，法不但表達為立法機關製定的規範性文件，也包括判例、學說、習慣表達等各種淵源。第二，法律決定。形式法治把法律運作分為法律製定和法律適用兩個環節，把適用理解為一個從法律條文和案件事實得出法律結論的邏輯推理過程。實質法治看到法律推理的不確定性，並考慮法律淵源的多樣性，把法律決定看成是基於多種法律淵源的一個論證過程。第三，合法性來源。形式法治為了維護製定法的權威，強調法律的至上性和唯一性，主張有法必依，唯法是從。實質法治認為，法律條文的效力不是絕對的，法律條文也不是合法性評價的唯一考慮。第四，合法性判斷。形式法治認為，人民通過選舉代議機關製定法律，從而表達自己的意見，在合法性判斷上，行政機關具有相對於個人的優越性。實質法治堅持，公民對法律的判斷應當予以尊重，對明顯違法的行政行為有拒絕執行的權力。第五，執法的標準。形式法治認為，合理性僅僅是立法者所應當孜孜追求的，而不能要求執法者對法律的不完善負責。實質法治則更強調在法律實施過程中考慮公正合理。
根據《行政訴訟法》第五十二條之規定，人民法院審理行政案件，以法律和行政法規、地方性法規為依據。可以看出，我國行政訴訟法要求法官嚴格依據製定法來審查判斷行政權力行使的合法性。這說明我國的法治進程還處於初級階段，行政訴訟還有待於向縱深發展，行政審判工作任重而道遠。