基本的經費保障是維持機關正常運轉和開展好工作的基本物質條件，西部貧困地區基層法院存在的困難和因經費缺乏保障帶來的執法不公、效率低下等問題與中央的要求相差甚遠。因此，要抓好西部貧困地區基層法院建設，深化西部貧困地區基層法院的內部改革和管理，確保公正司法，一心為民，發揮好法院的職能作用，首先要解決的是法院經費保障問題，從製度上為公正司法提供物質保障。
一是提高管理認識，改革管理製度。人民法院是國家權力的重要組成部分，作為唯一行使審判權的機關，其特有職能是其他任何機關不能代替的。因此，在西部貧困地區基層法院經費管理體製上要根據現實的需要，進行大膽地改革，即摒棄原有以“當地財政負擔為主”的經費負擔觀念，確立起以“中央財政、地方財政分類負擔”為核心內容的經費保障體製，這樣才能確保經費管理的宏觀調控和微觀撥付的協調一致，促進西部貧困地區基層法院審判效率的提高，法律權威的樹立，確保法律的尊嚴。
二是根據事權劃分，實行“中央財政負擔基層法院辦案經費”保障體製。從長遠看，要真正解決西部貧困地區基層法院經費困難，必須因勢利導，建立和完善適合法院工作特點和發展需要的長效保障機製。借鑒國外有益的經驗，針對我國法院財政管理體製的弊病，筆者認為，西部貧困地區基層法院經費保障機製應改變以往那種單純依靠地方財政撥款的做法，實行“中央財政負擔基層法院辦案經費”保障體製。具體而言，為解決《訴訟費用交納辦法》實施後法院經費保障工作中出現的新情況和新問題，在目前法院管理體製不變的情況下，法院的人員、公用、項目經費仍按法院現行管理體製，由同級財政負擔；中央財政負擔西部貧困地區基層人民法院的辦案經費，由其對西部地區基層法院的地方財政、法院經費運轉、審判業務、法官配置等各方麵情況進行綜合核評，劃定確需中央財政負擔辦案經費保障的貧困地區基層法院的範圍，有針對性地保障支持，隻有這樣，才能使貧困地區基層人民法院的辦案及工作經費有所保障，從而促進西部貧困地區的基層法院建設。這一方麵，最高法院已做出了偉大實踐，在2008年3月召開的第十一屆全國人大一次會議上，最高人民法院肖揚院長所作的工作報告中指出“2008年度最高人民法院要重要做好的六個方麵工作之一就是配合財政部門製定和完善基層法院公用經費保障標準，爭取中央和省級財政支持，不斷加大對中西部和貧困地區法院經費轉移支付力度”。
三是規範和完善分級負擔方式，明確地方財政核批西部貧困地區基層法院預算的具體要求。一是收支徹底脫鉤，地方財政全額保障西部貧困地區基層法院人員、公用和項目經費。地方財政部門將法院所需經費全部納入本級財政預算進行核撥，訴訟費收入全部上繳財政，使訴訟費收入與法院經費保障徹底脫鉤，不再實行法院經費來源由財政撥款和訴訟費收入組成，或財政核定法院全年經費，預算內安排一部分經費後不足部分視訴訟費繳納情況核撥的模式。二是分類核定人員、行政運行及業務經費。對人員經費按照編製內實有人員和國家規定的人民法院聘用和臨時用工人員政策據實核撥；對於行政運行經費，要按標準盡可能地予以保障；對法院信息化建設、裝備購置等經費，實行專項核定，使財政對法院經費的核定切實符合需求的實際。三是中央財政以辦案成本核算為依據，重點保障辦案經費支出。根據西部貧困地區案件類型、經濟和社會發展狀況以及實際需要核算貧困地區基層法院審理、執行各類案件的辦案成本，中央財政按照法院受理的各類案件數量和成本足額計算，保障辦案經費。