一般認為載脂蛋白至少有下列五方麵功能：
1.與脂質的親和作用，使脂質溶於水性介質中。
2.運輸膽固醇和甘油三酯。載脂蛋白不停地把食物或體內合成的各種“貨物”（脂質）通過血液運輸到身體各個組織。
3.作為脂蛋白外殼的結構成分，它能將各種脂質成分（膽固醇、甘油三酯和磷脂）結合在一起形成一個整體，與脂蛋白外生物信息相聯係。
4.以配體的形式作為脂蛋白與特異性受體的連接物。載脂蛋白結合到受體上是細胞攝取脂蛋白的第一步。如ApoB100能識別低密度脂蛋白受體，ApoE不僅能識別低密度脂蛋白受體，還能識別乳糜微粒殘粒受體。
5.激活某些與血漿脂蛋白代謝有關的酶類。如ApoA可以激活卵磷脂一膽固醇酸基轉移酶（LCAT），該酶催化高密度脂蛋白中的遊離膽固醇酯化為膽固醇酯；ApoCI則可激活脂蛋白脂酶（LPL），該酶可水解乳糜微粒和極低密度脂蛋白中的甘油三酯。
由於載脂蛋白有這樣的功能，所以它的主要作用有：
①構成並且穩定脂蛋白的結構；
②修飾並影響和脂蛋白有關的酶的代謝和活性；
③是一些酶的輔因子；
④作為脂蛋白受體的配體，決定和參與脂蛋白和細胞表麵脂蛋白受體的結合及其代謝過程。