曾被預言為“入世”後中國啟動世貿組織爭端解決機製第一案的中日農產品貿易爭端，最終通過雙邊協商得以解決。2001年12月21日，在日本對中國大蔥、香菇、蘭草席出口啟動為期一年的反傾銷調查的最後一天，也就是日本政府必須就是否對中國這三種農產品進口正式設限作出決定的當天，當時的中國外經貿部部長石廣生和日本經濟產業大臣平沼赳夫、農林產業大臣部勤在北京就解決農產品貿易爭端問題達成協議。中日間因農產品貿易爭端而一觸即發的貿易戰在最後一刻撥雲見日。
2000年12月22日，日本宣布對大蔥、鮮香菇、蘭草席等三種主要從中國進口的商品是否構成傾銷進行產業損害調查，以決定是否最終實行長達4年之久的全麵進口限製。
2001年4月10日，日本政府宣布，自2001年4月23日起對從中國進口的大蔥、香菇、蘭草席這三種農產品實施為期200天的臨時保障措施。根據日本政府的決定，當中國向日本出口的大蔥、香菇、蘭草席超過1997—1999年3年間平均對日出口量時，超出部分將征收高額關稅，分別為大蔥256%、香菇266%、蘭草席106%。時間一直持續到2001年11月8日。
此後，日本國內的其他一些行業協會也趁機提出針對中國產品的限製性進口保護，涉及的品種多達20多種，這對中國農業和輕工業產品的出口構成了極大威脅。日本方麵聲稱，中國農業產品對日出口劇增，對日本國內相關產業造成衝擊，為了保障日本農民利益，不得不援引WTO保障措施條款而臨時設限，此舉符合WTO規則。但據中國有關方麵的統計，以上三種農產品對日本的出口並未出現激增，更不能得出對日產業形成損害的結論。據中國海關的資料統計，受緊急進口限製的三種產品對日年貿易額僅1.5億美元，根本不足以對日本國內相關產業構成實質性的威脅。
作為反擊，中國政府在日本單方麵采取臨時緊急限製進口措施2個月後的2001年6月21日，宣布了自己的報複性措施，決定對原產於日本的汽車、車載無線電話和空氣調節器三種進口商品征收特別關稅，稅率為100%。
為了防止中日之間貿易爭端的擴大化，促進中日兩國雙邊貿易的進一步發展，2001年6月26日，中國外經貿部提出希望中日雙方通過磋商妥善解決貿易爭端。
此後，從2001年7月3日至12月19日，中日兩國政府和民間的代表分別在北京、上海、多哈、東京為解決貿易爭端舉行了多次磋商，均未取得實質性進展。但雙方均表示願意從維護兩國經貿合作大局出發，協商解決有關問題。
在這期間，因日本對這三種農產品進口設限，使中國以種植生產出口這三種農產品為生的農民利益受到重大損害，一些地方的菜農甚至麵臨著絕收的困境。據有關部門估計，此次貿易爭端中，中國的直接損失高達1億美元。同時，貿易爭端也使得日本對華汽車、車載無線電話、空氣調節器等產品的出口也受到了一定的影響，出口數量出現了急劇下降的勢頭。