自2001年以來，世界衛生組織（WHO）已確認1100多起具有全球影響的傳染病事件，其中超過70%是人畜共患病（注：是指在脊椎動物和人之間自然傳播的疾病和感染。它可由病毒、細菌、衣原體、立克次體、支原體、螺旋體、真菌、原蟲和蠕蟲等病原體引起）。而近30年來新發現的傳染病達40多種，其中大部分為起源於動物的新病原，同時一些古老的或已基本控製的人畜共患病又死灰複燃。
動物源性傳染病，如鼠疫森林腦炎蜱傳回歸熱鉤端螺旋體病恙蟲病乙型腦炎炭疽狂犬病萊姆病布魯氏菌病以及禽流感、豬鏈球菌病、口蹄疫等，經常存在於某地區，由於該地區具有該病的動物傳染源傳播媒介及病原體在動物間傳播的自然條件，這類疾病的病原體能在自然界動物中生存繁殖，在一定條件下，可傳播給人。有報道顯示，在1709種已知對人致病的感染病原中，有832種（49％）來源於動物，其中包括病毒、朊粒、細菌、真菌、原蟲和蠕蟲。這些病原中的156種所引起的疾病具有突發性。突發事件中73％的病原是來源於動物。首先令世人震驚的是1967在年歐洲發生的馬爾堡病毒出血熱。馬爾堡病毒暴發的動物來源是一群從烏幹達進口到西德和南斯拉夫用於製備疫苗的幾百隻非洲綠猴，這些動物中至少有13隻在到達西德時感染了疾病並全部死亡，在西德和南斯拉夫兩地實驗室工作的有關人員共31人發病，死亡7人。一般認為猴子是馬爾堡病毒的宿主，但在烏幹達的野生猴子中並未發現相應抗體，以後的年代裏，非洲仍有馬爾堡病毒感染的病例出現。甚至在1999年，在剛果民主共和國仍有局部暴發流行，馬爾堡病毒出血熱的總病死率在54.5％。埃博拉病毒與馬爾堡病毒同為絲狀病毒科成員，為引起高度致死性、高度傳染性的烈性傳染病。1976年該病毒首次在非洲紮伊爾北部的埃博拉河附近暴發埃博拉出血熱，並從埃博拉地區分離出病原，故名為埃博拉病毒。同年也在蘇丹發病。根據回顧調查1972年即在紮伊爾有1例病人發生。1976年紮伊爾發生318例，死亡280例，病死率為88％。在蘇丹發生264例，死亡152例，病死率為50％。由於發病迅速，傳染力強，在沒有嚴密的個人防衛措施的情況下造成醫院內感染，病人數急速上升。在這之後，埃博拉病毒就消聲匿跡了。但從1994年後，埃博拉出血熱再次打破沉靜，開始活躍，在紮伊爾、加篷、蘇丹、象牙海岸、烏幹達、剛果等國暴發流行。其中1994年加篷發生44例，死亡32例；1995年紮伊爾發生315例，死亡244例。近年，在剛果仍有相當的病例，死亡率在90％以上。此外，其他國家也發現帶毒動物，1989年～1996年，美國、意大利等都從菲律賓進口的猴子中檢出埃博拉病毒。
在上世紀90年代以來10餘年間，尚有來源於鼠類的Gunarito病毒引起的委內瑞拉出血熱（1991），Sinnombre病毒引起的在美國發生的漢坦病毒呼吸綜合征（1993），Sibia病毒引起的巴西出血熱（1994）；在澳大利亞，由Hendra病毒引起的病腦炎（1995）；阿根廷的Ardes病毒出血熱（1996）；在美國由西尼羅病毒引起的西尼羅熱（1998），在馬來西亞、新加坡由尼帕病毒引起的腦炎（1999）等。在上世紀細菌病因的傳染病中，最為震驚的是1994年，在印度蘇特拉市發生的肺鼠疫暴發流行。在短短的10多天內，先後有1000多人住院，50人死亡，200萬人口的城市有60萬人逃離家園，社會秩序大亂。由於是經空氣傳播的肺鼠疫大麵積流行，引起全球極大恐慌。在21世紀初，一種前所未有的新的傳染病在中國大陸傳播與流行，它就是2002年11月開始的，在2003年上半年達到流行高峰的傳染性非典型肺炎（非典），即嚴重急性呼吸係統綜合征（簡稱SARS）。SARS冠狀病毒以果子狸為宿主。果子狸是野生動物，但其棲息地常離人居區不遠。同時，也對野生蝙蝠作了廣泛調查，香港大學在當地的魯氏菊頭蝠身上發現一種非常像果子狸非典病毒的冠狀病毒，並將其命名為“蝙蝠非典病毒”。因此野生蝙蝠可能是非典病毒的源頭宿主，果子狸可能是將病毒從野外傳染到人類身上的中間宿主。在半年多的時間內，SARS波及世界上28個國家和地區，發病8422例，90％發生在中國（包括香港地區）。病死率在流行的不同階段並不一致，隨著防治經驗的積累，病死率有所改善，一般為11％。
1985年在蘇格蘭首次發現瘋牛病（或稱牛海綿狀腦病），之後歐美多個國家均發現瘋牛病，並出現人類吃食了病牛肉奶產品後感染人類海綿狀腦病的案例。目前瘋牛病仍是不治之症，且發病人數不斷上升，發病率和死亡率分別以每年21%和23%的速度增長。瘋牛病是由朊病毒引起的亞急性、漸進性、致死性中樞神經係統變性疾病，以神經元空泡化、腦灰質海綿狀病變為特征。其潛伏期長，且機體感染後不發熱、不產生炎症、無特異性免疫應答，故早期難以發現。中國至今還未發現瘋牛病，1990年中國農業部即禁止從英國進口牛、牛精液、牛胚胎、牛肉及其肉骨粉等，並禁止在動物飼料中使用任何哺乳動物的肉骨粉，組織和減少脘病毒在動物之間及動物與人之間的傳遞機會。