第三個層次以做過係統深入的實地調研的5個村的實際情況為基礎，參照全國一般性的資料，進行綜合性較強的理論分析，揭示當代中國村莊經濟、社會、文化發展的主要特征，以及形成這些特征的深層次原因。得出的幾個重要結論是：
（1）傳統文化和現代製度可能耦合成一個有機的整體。王曉毅的實證分析發現，在社區經濟發生急劇變化的過程中，家族不僅仍有保持凝聚力的能力，而且傳統的家族規則和現代的商業規則可以包容在一起。胡必亮的實證分析發現，傳統的血緣、親緣和地緣關係，與適應市場需要而建立的各種帶有很強的商業性質的利益關係，能夠耦合成一個有機的整體。張軍的實證分析發現，政府、社區和市場配置資源的功能構成一個有機的整體，其中政府追求的公平原則是通過強製實現的，它關注的是人口或經濟活動人口，即人力；社區追求的福利原則是通過誘致性方式實現的，它的誘因是獲得號召力，即權力；市場追求的效率原則是通過競爭實現的，與它相對應的是人力資本的質量，即能力。
（2）村民們以家庭親屬關係構成他們主要的社會活動網絡，主要是出於降低交易費用和風險的經濟理性，表麵上清晰的血緣和地緣關係隻是便於達到目的的手段。這種將經濟理性和血緣關係結合在一起，參與者都成為贏家的華人社會關係基本模式，使世界上的華人社區都能對改革開放以來的快速經濟增長做出貢獻。雖然在現實當中會有一些例外，但它畢竟是一種特別有解釋力的說法。
（3）旨在為社區核心成員提供福利的公共資源或公共資產是社區權力（這種權力可以是顯性的，如掌握在村幹部手中，也可能是隱性的，如歸對社區活動有重大影響力的企業家所擁有）的基礎，甚至是影響村莊權力結構的決定因素。在現實中，正是為村民提供福利的能力和村莊政治經濟生活中的權力之間的相關關係，誘發出村幹部和其他能人向公共資產投資的激勵。事實上，曆史上出現的公共池塘資源和集體行動，如廣東省東莞市雁田村的公田，陝西省商州市王澗村的“百萬頃”工程，就是具有這種性質的資源和活動。
二
“叢書”顯著不同於一般的村莊研究的最大特色，是在5個村莊案例的基礎上，進行更高層次上的專題研究和理論分析，把微觀剖析和宏觀分析有機地統一起來，進而使特殊的經驗上升為一般的理論。
自20世紀70年代末實行改革開放政策以來，中國成為世界上發展最快的國家。中國的經驗也隨之成為人們關注的一個熱點。目前比較流行的解釋是：中國用漸進的改革方式逐步完成市場經濟體製對計劃經濟體製的替代，是產生這種奇跡的關鍵。然而，用改革方式漸進或激進這樣的表層差異，來說明為什麼有些轉型中經濟獲得成功，有些沒有獲得成功，解釋力並不太強。按照“叢書”作者提出的形成適宜自己文化和製度特征的經濟發展方式是農村實現快速發展的關鍵所在的邏輯，中國改革獲得成功的關鍵並非在於一般地選擇了市場經濟體製，而是采用了適宜中國國情的建立市場經濟體製的方式，即製度安排。從改革方式漸進或激進這樣的表層差異，進入到建立市場經濟體製的方式不同的深層差異中，是“叢書”做出的一個重要的理論貢獻。
在很多人都以為並想論證隻有在缺乏正式的製度安排的情形下，非正式製度安排才具有重要意義的大背景下，提出非正式製度創新才是最適宜的切入點，是“叢書”做出的另一個理論貢獻。循著“叢書”的理論框架可以合乎邏輯地做出如下推論：製度安排的有效性，是根據利用它協調關係所需支付的交易費用的多寡來衡量的，而與它正式與否沒有必然的聯係。在以村莊這樣容量的社區關係網絡中，以鄉規民約這樣的非正式製度安排來約束人們的行為規範，完全有可能因為它比使用法律這樣的正式製度安排來約束人們行為規範的交易費用低而顯得更加有效。以社會為視角進行觀察，人們形成的關係網絡確實是極其複雜的，依靠非正式製度安排來處理如此錯綜複雜的關係網絡確實力不從心。然而，從具體的家庭（企業）或社區的視角進行觀察，它們所涉及的關係網絡要簡單得多，清晰得多，經濟活動的範圍越狹窄，內容越簡單，關係網絡的複雜程度越低，非正式製度安排就有可能越有效。所以，非正式製度之所以重要，並非缺乏正式的製度安排，而是它能夠節省交易費用。
經濟發展是同社會及更廣泛的文化變遷緊密聯係的。如果忽視了對這種聯係的認識和理解，就不可能對曆史上發生的變化做出深刻的分析與判斷。基於中國的改革首先從農村開始，中國文化的“根”在農村，“叢書”采用的以非正式製度安排及其變化為主線，通過村莊特別是對鄉鎮企業行為的分析，揭示中國經濟發展與文化變遷之間互動關係的方法，是特別值得提倡的。