古香禪院
永福寺內有金沙、白沙二泉，明代有福泉亭建於院內，沿溪現植茶園。該院格外幽靜，頗通禪理。在此品茶參禪，真不知幾世修來的福分。
該院正麵建築為藏經樓，樓下一層為會客廳，側麵建築為祖師紀念堂，名為“闊堂”，為心越禪師師父大文禪師之號，心越禪師從他這裏繼承曹洞宗壽昌派的衣缽。
資嚴慧院
永福寺後山古名資嚴山，吳越時以山名寺，故名資嚴寺。今該院光明暢達，堪表智慧，故名資嚴慧院。
“資嚴慧院”是永福寺的最高院落。院內主建築為大雄寶殿，內奉本師釋迦牟尼佛及迦葉，阿難二尊者銅像。前方建築為福星閣，供奉福神等護法諸神。
近代琴學之祖 東皋心越禪師
永福寺曆代名僧高士輩出，其中明末清初的心越禪師東渡扶桑，弘揚中國佛教，傳授書畫篆刻藝術，複興琴道，被日本奉為“篆刻之父”、“近世琴學之祖”和“曹洞宗壽昌派開山鼻祖”，影響至今，尤為深遠。而永福寺把自己定位成以繼承、研究和弘揚佛教文化藝術為宗旨的寺廟，其淵源就是來自於這位著名的藝僧——東皋心越。
東皋心越，俗名蔣興儔，字心越，號東皋。國人鮮有把一個人的號和字連起來叫的，可大家就這麼叫他了，久而久之，約定俗成。東皋心越生於明末，出生在如今的浙江省浦江縣。八歲在蘇州報恩寺出家。十三歲開始遊曆江浙間。十八歲時謁曹洞宗壽昌派中興祖師覺浪道盛禪師於壽昌寺，參研禪法，大悟曹洞宗之旨。覺浪禪師圓寂後，心越再次雲遊四方。其間曾師從金陵琴家莊臻鳳及褚虛舟等人學琴。三十歲返回浙江，遵覺浪大師遺命往杭州皋亭山顯孝寺參拜覺浪法嗣闊堂大文禪師。兩年後繼承闊堂的衣缽，成為曹洞宗壽昌派第三十五代傳人。覺浪和闊堂的金石書畫都有很深的藝術造詣，至今在日本尚有真跡留存。心越禪師的書畫篆刻深得兩人的真傳。三十二歲時任杭州永福寺住持，卓錫四年。
三十七歲時，心越應日本長崎興福寺第四代住持澄一道亮之邀赴日擔任興福寺住持，抵日後，多舛。心越先是被拒登陸入境，後又因國內的本土佛門派係之爭，雖至海外依然受累。心越先在興福寺三年，後上大阪黃檗山萬福寺五個月，回長崎閉關開關一年零一個月，寓居江戶一年半，寓居水戶約八年半，入住水戶岱宗山天德寺四年四個月。日本元祿八年（1695年）年九月三十日 ，心越圓寂，享年五十七歲。從心越踏上日本國土，直至客死日本，共十九年。心越死後，岱宗山天德寺改名壽昌山祗園寺，奉心越為開山祖師。少林山達摩寺於心越逝世兩年後正式開堂，也奉心越為開山祖師。
東皋心越除了宗教上對日本文化有深遠的影響，還在詩文、書畫、篆刻、音樂等方麵都有影響。雖然在中國知道他的人不多，但在日本崇仰他的人不少，每遇忌辰，僧俗焚香供奉，迄今不衰。中國文化對日本的影響，唐朝是第一波浪潮，以鑒真和尚為代表；明末清初是第二波浪潮，東皋心越就是標誌性人物。
東皋心越不光漢語詩文極佳，日語的時賦、和歌也寫得極好；其書法擅長隸草，為日本書法界開一個新的境界；其篆刻，被奉為日本篆刻之父；其畫技，長於釋道人物，兼工梅蘭竹菊，日本人評價“吳道子、張僧繇恐不過如此”。東皋在日本傳藝成就最高的是教授琴道，他東渡日本時，攜虞舜、素王、萬壑鬆三張七弦古琴赴日，其中“虞舜”一琴現今仍存東京博物館。七弦古琴在唐朝就傳到了日本，但琴藝真正發展起來是在東皋傳授琴道之後。古琴藝術在日本廣泛流傳開來，演奏古琴已成為日本人民文化生活的一部分，東皋心越被譽為日本“近世琴學之祖”。《東皋琴譜》在中日兩國的琴史上都有重要的地位，東皋之後中國再無琴歌彈唱者，古琴成了純彈奏的樂器，至今如此，而在日本古琴依然是保留著且彈且唱的傳統。
可以這樣說，永福寺的重修與東皋心越有很大的關係，因為其在日本的崇高地位，這裏就成了日本人尋根的地方。杭州像這樣因為考慮國際交流因素而恢複的景點、保留的遺址不是唯一的，此外還有護國仁王寺遺址、高麗寺、大韓民國流亡政府遺址等。