五代末年，吳越王得知中天竺寺的開山祖師是這麼一位神奇高僧，就撥款將它改建為“崇壽院”。“崇壽”，正是希望長命百歲的意思。北宋政和四年（1114年），北宋宋徽宗為祈求保佑趙氏江山，將中天竺寺改名為“天寧萬壽永祚禪寺”。顯然，帝王們不僅自己想長壽，還企圖一姓江山永固。寶掌壽命長而佛根深，正好借光利用。中天竺寺於是在當時這一帶為數可觀的寺院中脫穎而出，逐漸興盛。時人題“中天竺十二景”有：七星潭月、永景竹浪、獅崖晚色、天香月桂、千岩古意、竺領新桐、合澗沉鍾、盥漱鬆濤、稽留旭日、雙樹高峰、臥龍香翠、玉液重泉（現均已不存）。文人騷客紛紛在此結社聚會、吟詠酬唱。
北宋王朝結束後宋室南渡，為了維持半壁江山，佛教漸漸受到重視。紹興年間（1131—1162年）後期，中天竺寺伽藍殿中的護法女神摩利支天菩薩“顯靈”，朝野上下為之轟動。宋高宗隨即傳旨撥款，增廣殿宇，並單獨辟建摩利支殿，還將皇宮中所供奉的摩利支佛像賜給中天竺寺。
摩利支天是佛教護法神“二十諸天”中的第十六位，梵文Marici的音譯，意為“光天”。由“光”的意義引申附會出她有隱身術，說她出現在太陽之前，太陽看不見她，她卻能看見太陽。沒有人能見到她，更不用說捉住她、欺誑她或加害於她了，而她則常常用自己的隱身術救人脫離苦難。
摩利支天很早就在印度古代神話中出現，後來被佛教吸收為神。在我國佛寺中，這位護法神以三頭八臂女神的形象出現。她麵呈朝陽之色，衣如鮮紅彩霞，身上飾有耳環、腕釧、寶帶、瓔珞等，佩無憂花鬘，頭頂寶塔，塔內有毗盧遮那佛（即盧舍那佛，又名大日如來）。她的正麵是微笑善相菩薩臉；左麵卻是長獠牙、吐舌頭、皺眉頭的豬容；右麵為童女相，稚嫩如蓮花之色。每麵各有三目。她左麵四手分持絹索、弓、線圈、無憂花枝；右麵四手執金剛杵、鉤、箭、針。全身作三折腰舞姿，腳旁站立著一頭雄豬。
這麼一位女神，對於如驚弓之鳥般從金兵的窮追猛打中脫逃到江南的南宋君臣來說，格外能增強安全感。既然她在此危難之際大顯其靈，自然要倍加尊崇、禮拜。
淳熙年間（1174—1189年），中天竺寺又辟建了氣勢不凡的華嚴閣。南宋嘉定品定禪院“五山十刹”時，中天竺寺被列為禪院十刹之首。寶祐二年（1254年），宋理宗再次撥款重修嚴華閣，同時修建神禦殿，以供奉其父宋寧宗和皇太後神位，並禦題“天寧萬壽永祚禪寺”寺額，以祈求永保南宋國統。至寶祐五年（1257年）年底又命住持佛照重新開鑿水月池。
本來，中天竺寺是從下天竺寺分離出來獨立成院的，那時上天竺寺已經後來居上，而中天竺寺卻仍蕭然孤立於上、下二天竺寺之間，相形失色。為了能與上、下二天竺平起平坐，中天竺寺僧們倒是憋了一口氣，想方設法尋找時機。終於，在摩利支天“顯靈”之後，他們又爭到了一次接待官方大員到本寺祈雨的機會，而且很幸運，祈雨以“靈驗”告終。從此，中天竺寺也被人刮目相看，當華嚴閣建成後，它的聲望和地位就更加顯赫，成了湖上巍然巨刹。
元朝時，朝廷實施籠絡佛教高僧的宗教政策，元初佛教界一些著名人物，如耶律楚材、劉秉忠等，或為朝廷所尊信，或居政府的要職，對於當時佛教的護持，起了相當重要的作用。且禪宗盛行江南，天台、白雲、白蓮等宗亦相當活躍，但對佛教教義未有多大的發揚，僅寺院經濟的發展與僧尼人數之增加，有甚於過去。而寺院大力經營工商業等，尤成為元代佛教的一特殊現象。元天曆年間（1328—1330年），中天竺寺僧大忻博得元文宗圖帖睦爾的歡心，被封為“廣智全悟大師”，寺名改為“天曆永祚禪寺”。凡有朝廷賞賜，大忻都用於修葺寺院。大忻自幼熟讀史書，對佛學研究頗深。他在中天竺寺住持期間退居蒲庵，著有《四會語靈》、《禪林法規》等，並有《蒲室集》等詩文著作。在至正年間，由廷俊住持天竺寺，整修殿宇，並著有《泊川集》等。大忻、廷俊等都為飽學儒僧，在他們先後住持下，中天竺又一次盛極一時。
誰知“永祚”不“永”，在元末的戰亂中，中天竺寺同樣沒有躲過寺毀僧散的災難。明洪武初，寺重建，賜名為“中天禪寺”。一代名僧宗泐住持該寺，天下高僧紛紛來禪寺住山，中天竺寺一時群賢雲集。宗泐之後又有無旨可授（號休庵）等名僧住持中天竺寺，潛心弘傳淨土法門，也曾興盛一時。正德年間（1506—1521年），寺又毀。嘉靖二十五年（1546年），僧慧鋪等募化重建，原後殿改建為白衣觀音殿。
中天竺寺以南宋後期最為宏敞，到明嘉靖時重建，當年的華嚴閣已無力恢複，但大體上還是完整的佛寺，內有天王殿、正殿、後殿（白衣觀音殿）、地藏殿、摩利支天殿和諸天殿。至於南宋時十分豪華的禦書閣以及崇奉宋寧宗和皇後之像的“神禦之殿”這時已經名存實亡了。
中天竺寺重建後不久，被侵擾杭州的倭寇燒毀，明萬曆十八年（1590年）複建。清初，康熙帝兩次到過中天竺寺，又是賜金三百兩，又是題寫“靈竺慈緣”匾。乾隆三十年（1765年），乾隆帝賜寺名為“法淨寺”，中天竺寺略呈複興之勢。但清初幾代帝王大多對上天竺寺觀音殿特別眷顧，對中、下天竺寺常常隻是出於順道才巡視。不出百年，在鹹豐末年太平天國軍攻占杭州的戰火中，中天竺寺又蕩為廢墟。光緒十八年（1892年）雖得以重修，畢竟無複盛時的景象了。
中天竺寺，在三天竺寺中是“老三”，規模上無法和上、下二天竺寺相匹敵，但卻有自己的特色。托名北宋詩僧契嵩所作的《中竺十二景題詠》，就給後人留下了古刹內外的勝景風貌。如《千歲古意》寫道：
千歲岩頭碧樹森，昔年寶掌獨知音。
蒲團坐破僧何處，寂寂青山任古今。
相傳寶掌初來時，常坐在一塊巨大岩石上說法，後人稱這塊岩石為“千歲岩”，岩在寺後。
又如《七星潭月》：
水沼形聯北鬥名，來源脈引天河清。
夜涼雲去秋空淨，冰魄渟渟萬裏平。
七星潭位於中天竺寺內大殿前，七汪清泉相通，形似北鬥七星排列。
再如《永清竹浪》：
琅玕清蔭碧於水，有時掠地狂風起。
窗前卷起伏如揚，莫驚林下化龍鯉。
“永清”即永清塢，就在中天竺寺對麵。
明清時，中天竺大殿裏有一副柱聯，文字通俗易懂，文意冷峻而又不乏嘲諷，聯文是：
我門中締結福緣，豈唯在一炷清香，幾聲佛號；
你心裏能全善果，自然地秋生桂實，春茁蘭芽。
民國時期，中天竺寺又毀於火，大批宗教佛學經典被毀，中天竺寺可以說是每況愈下。新中國成立後，中天竺寺更是黴運連連，佛像損毀，殿宇、寮舍或毀或被移占他用，僧眾遭逐出寺院，有的被迫還俗。“文化大革命”結束後，盛世重開，寺院重歸佛教協會，十方檀越踴躍資助，重建寺宇殿堂，廣傳佛法妙音，寺院佛事再度興盛。20世紀90年代初，重修梵刹，修複麵積近千平方米，並興建安養堂，供老年僧尼安養終老。自1994年起，時任杭州市佛教協會會長的俞昶熙在法淨禪寺為在家居士舉辦“佛學講座”百餘次，聽眾已達五萬多人次。1998年開始創辦“杭州市僧伽培訓班”。該寺慧燈燃犀，三寶重光，法淨永祚。
如今，中天竺寺以積極的態度從事慈善事業，經常主動去福利院行善事，也請各福利院的老人、孩子來寺內遊玩。中天竺寺廟的還有一大特點是佛事、法事較多，如“浴佛法會”、“盂蘭盆會”等，且對外公開，信徒、遊客皆可參與。
近年來，中天竺寺致力於弘揚禪茶文化，推介法淨禪茶。“法淨禪茶”出於“西湖龍井茶”一係，是杭州法淨寺僧人自種、自采、自炒和自用的有機綠茶。由於法淨寺的茶園遠離公路，山中霧氣氤氳，且從不對茶樹施加農藥，因此所產茶葉綠色純淨、品質上佳。每年春季，法淨禪寺按照佛教儀軌舉行禪茶開摘前的灑淨儀式，一百多位僧人隨後背起茶簍收獲寺院種植的“法淨禪茶”。禪茶是佛家“以茶悟道”的一種特有茶文化，來源於“茶禪一味、茶僧一緣、茶寺一體”之說。
女神靈感上天竺（法喜寺）
古人稱上天竺景色為：“萬竹參霄，碧蔭數裏，寂然空穀，維聞泉聲。”上天竺寺位於天竺山麓與白雲峰麓相交的天竺路西端，始建於五代吳越。相傳，後晉天福四年（939年），僧人道詡深入當時尚未開發的白雲峰下處女林中結庵修行，稱“大名山房”。一天晚上，道詡看見庵前山澗中閃閃發光，心中納悶。走近去仔細觀察，發現發光的竟是一段木頭。他把這段奇特的木頭取回庵中，發現其紋理、色澤與一般木頭大不相同，而且還散發出陣陣異香。次日，道詡把香木送到杭州城裏竹竿巷的雕刻名匠孔仁謙的作坊裏，請他雕一尊觀音大士坐像。據說，孔仁謙雕木成像後，見觀音像妙貌莊嚴，寶光煥發，頓起邪念，想據為己有。他立即以另一段木頭照樣刻了一尊觀音坐像，企圖魚目混珠。哪知就在孔木匠做手腳的當天晚上，觀音托夢給道詡，將孔仁謙耍弄的花招一一告明。結果道詡揭穿了孔木匠的詭計，將香木觀音“真身”迎回庵中。後人認道詡為上天竺寺的開山祖師。
後漢乾祐年間（948—950年），洛陽僧人從勳帶著一枚古佛舍利（即佛祖釋迦牟尼的舍利）來到上天竺，將古佛舍利安置在香木觀音像的頭頂部。觀音木像因此居然“妙相鹹備，晝放白光”。吳越王錢弘俶聞訊後誠惶誠恐，驚喜交加，立即派兵丁開通自下天竺經中天竺到上天竺的道路，接著就撥款建起一座像模像樣的“觀音看經院”供道翊居住。
北宋鹹平初，浙西大旱。杭州知州張去華聽說上天竺寺觀音像有“神異”，便率領僚屬，拉上一支儀仗隊，幡蓋鼓吹，把香木觀音像迎請到城南梵天寺，供奉敬香，虔敬祝禱，懇請大士開恩，普降甘霖，解救旱情。碰巧當天就下了一場透雨。這一來上天竺寺的觀音名聲大噪，從此凡遇天災人禍，杭州地方官就來此向觀音大士求助。北宋嘉祐七年（1062年），沈遘出任杭州知州，奏請朝廷把原屬禪寺的上天竺寺改為教寺，名“靈感觀音院”，委派著名高僧元淨法師（辯才）主持寺務，同時不斷擴建殿宇。治平二年（1065年），杭州郡守蔡襄奏請朝廷正式賜給上天竺寺“靈感觀音院”寺額，題寫寺額的牌匾製作費用達十萬緡錢，其考究可想而知。由於靈感觀音，上天竺寺備受朝廷厚待，每逢天災或是戰爭，到上天竺寺進香祈福是少不了的事情。上天竺寺，仗著“靈感觀音”，地位扶搖直上，超過了下、中二天竺寺，香火極盛。總體來說，宋代重佛遵道，推崇佛教，當時官員如蘇軾、蔡襄等都與佛門關係密切，三天竺寺日漸興盛。皇祐元年（1049年），宋仁宗曾將秘典五千三百三十卷賜予看經院，作為教藏，為此專門造了藏經殿。
建炎三年（1129年），金兵攻入杭州，宋室南遷，統帥兀術慕名來到上天竺寺，親眼目睹“靈感觀音”，喜出望外，下令將這尊香木觀音像以及寺中所藏的大藏經一起裝載送回北方。