西湖天生麗質，處處嫵媚，時時風流。經曆代有識之士、能工巧匠的著力開發和精心雕琢，形成山有南北、湖分裏外的大格局。即便是以人文內涵擅勝的佛寺，也是靈隱之外，又有三竺之勝；北山古刹蔚然大觀居先，南山叢林繼起宏勝於後。位於南屏山下的淨慈寺，就是五代吳越國建都杭州以後，西湖迎來佛寺空前興盛的“黃金時代”時，由吳越國王直接創建的千年古刹。以後曆朝淨慈寺備受庇護和支持，雄峙西湖南岸，據西湖之勝，由潛道開山，延壽為第一任住持，成為與靈隱寺交相輝映的又一大道場，在杭州佛教史上有極為重要的地位。
百年有桑海，與西湖長留香火
南屏山，又名佛國山，是九曜山的分支。山上怪石聳秀，棱壁橫坡，高崖若屏，因為瀕臨西湖南岸，故有此名。山中段淩空隆起一峰名慧日峰，其正北麵有一秀潤蒼鬱的小山峰名雷峰，今稱夕照山。南屏之山，中有梵宮。後周顯德元年（954年），吳越王錢鏐下令在南屏山與夕照山之間的山麓建慧日永明院，迎請衢州高僧道潛禪師住持弘法，護國佑民。建隆二年（961年），錢鏐從靈隱寺請來延壽禪師主持永明院佛事，賜號“智覺”，是為淨慈寺第一代住持。他著有《宗鏡錄》一百卷、《心賦注》四卷及《唯心訣》一卷等書，闡揚文益的盡由心造之旨，是法眼宗的代表人物。
太平興國二年（977年），宋太宗下詔改慧日永明院為壽寧禪院，並繼續營建寺舍。此後，宋真宗、神宗、哲宗、徽宗先後賞賜佛像，加封寺內高僧法號，召請寺僧問答佛法，壽寧禪院聲譽日隆，海內外僧人先後來學，寺院不斷擴大，一時名震天下，叢林之盛，號為“南山之冠”。
南宋建炎二年（1128年），宋高宗詔改壽寧禪院為淨慈禪寺，不料隨即毀於戰亂。紹興十九年（1149年。一作九年，1139年），宋高宗大赦天下，各地建“報恩光孝禪寺”，奉祀宋徽宗（已作為戰俘客死金五國城）香火。行都杭州則以淨慈寺改建，全稱“淨慈報恩光孝禪寺”。
南宋時淨慈寺多次毀於火災。淳熙十四年（1187年），淨慈寺失火被焚，僅留山門，宋孝宗立即撥款，僅一年就修複竣工，“廣殿邃廡，崇閎傑閣，益愈於前日矣”。可好景不常，宋寧宗嘉泰四年（1204年），淨慈寺又遭回祿之災，雖然朝廷仍撥給款項重建，但經費並不寬裕，措辦材料也困難重重。嘉定三年（1210年），少林寺高僧妙崧奉詔主持改建，他效仿永明大師，常上山坐禪修持，十年後終於完工，規模勝過當年。翰林程珌記文稱該寺：“濕紅映地，飛翠侵霄，簷轉鸞翎，階排雁齒，星垂珠網，寶殿洞於琉璃；日耀璿題，金椽聳乎玳瑁。”
這時的淨慈寺，“寺故宏大，顯於湖山”，除大殿等可與靈隱寺爭勝外，寺內宗鏡堂、羅漢堂、慧日閣等為他寺所無。淳祐十年（1250年），又建毗盧閣、千佛閣，宋理宗親書“華嚴法界”、“正偏知閣”匾額。恰好朝廷對江南禪、教寺院進行品第，淨慈寺名列“禪院五山”之一，並以“南屏晚鍾”稱勝湖上。於是在剛剛確定的“西湖十景“中也榜上有名。到了景定五年（1264年），淨慈寺又獲得大批田產賞賜，經濟實力大為加強，達到其曆史上第一個興盛高峰期，日僧紛紛慕名前來學法。這些日僧在杭長期修學，均得要旨，學有成就，回國後均成為日本禪宗巨匠。
元兵攻打江南時，淨慈寺損毀慘重，好在元統一全國後，恢複得也快。大德十一年（1307年），元成宗鐵穆耳聽說淨慈寺善慶禪師的德行品學後，賞賜金襴衣，並賜徽號“慧光普照文明通辨禪師”，還頒發玉璽、詔書予以褒揚，三寶門中都以為這是莫大的榮耀。至大元年（1308年），元武宗海山欽命元熙禪師住持淨慈寺，到寺之日，浙江地方大員各率下屬拜伏迎請，十分恭敬。正因為元朝中央政府對淨慈寺這座前朝佛寺如此優待，所以至元二十七年（1290年）寺遭火毀後，數十年間各殿堂樓閣全部修複，煥然一新，而同時期西湖的其他佛寺往往毀而難複。元末群雄紛起，割據爭戰，西湖大小佛寺皆毀，唯獨淨慈寺幸免於戰火，簡直是個奇跡。盡管如此，在這個時期在淨慈寺佛學研究上並無建樹，反而在寺規禮儀上有所退步。
明初，當過和尚的朱元璋對淨慈寺就像元朝一樣也另眼相待，他在洪武五年（1372年），請淨慈寺宗泐禪師撰製獻佛文章，配以佛樂樂譜。宗泐撰成後進呈明太祖，朱元璋親自製曲名，分為《善世》、《昭信》、《慈延》、《法喜》、《禪悅》、《偏應》、《妙濟》、《善成》八章，並命太常寺（主管宗廟祭祀禮儀的機構）排練成樂舞，在重大祭典儀禮舉行時演出。在明太祖朱元璋積極倡導佛教的影響下，杭州佛教宗風又興盛起來。
明初，原先“禪黌教苑（即佛寺）金碧爭輝，鯨魚之音（即梵鍾）彼鳴此應”的西湖南北山，兵燹後隻有淨慈寺巋然獨存，但著名的南屏鍾樓卻已破敗。洪武十一年（1378年），夷簡禪師住持淨慈寺後，見寺內因戰亂影響，殿堂失修，草木凋零，風貌失色，發願葺殿治鍾，栽鬆植竹，整修全寺。不數載，寺容大變，史稱“兩山闐寂之秋，獨南屏成此宏偉”。洪武二十五年（1392年），淨慈寺再遭火災，住持道聯募款重建，數年後重振殿宇堂室。
明正統二年（1437年）、成化十年（1474年），淨慈寺兩度重修，新建圓照樓、叢玉軒、一湖軒、文昌閣等，寺院範圍比從前有所擴大。弘治十三年（1500年），各地災害頻發，民生艱難，明廷為了安撫人心，緩和矛盾，派出一批太監攜國庫資金到各地名山大刹資助佛事“為民求福”，淨慈寺也獲白金三百三十兩，重修了天王殿（山門）。嘉靖三十二年（1553年），道富禪師重修山門。明代後期，海盜倭寇猖獗。嘉靖三十二年到三十四年（1553—1555年），倭寇圍攻杭城，巡撫李天寵因兵器不足，要征用淨慈寺鍾樓的大鍾熔化製作刀劍。不但如此，李巡撫還擔心淨慈寺被倭寇搶占作為據點，竟要放火燒毀寺院。道富聞訊，雙手高舉皇帝關於保護淨慈寺廟的敕文來到李天寵的軍營，這才保住了淨慈寺。當時湖對岸的昭慶寺，就是因為李天寵出於護城的軍事考慮而化為灰燼的。
明萬曆十八年（1588年），杭州出現饑荒，淨慈寺施粥賑濟災民。萬曆十七年（1589年），司禮太監孫隆奉明神宗之命從北京城攜來皇太後親手繪製、皇帝禦題讚辭的“瑞蓮觀音大士像”一軸賞賜給淨慈寺。萬曆二十八年（1600年），孫隆又以淨慈寺位居禪院五山之由，奏請在寺內安放佛教大藏經，皇上準奏。可知淨慈寺當時的地位確實非同一般。
清初康乾之始，朝廷對杭州寺廟非常重視。康熙三十八年（1699年），康熙帝南巡到杭州，淨慈寺與靈隱寺、三天竺寺等同在其“駕幸”之列，被題詩、題額、題聯，還被賜予禦書《金剛經》一部。康熙帝還書寫了“南屏晚鍾”景名，鐫刻立碑，建碑亭於山門前放生池畔。康熙四十四年（1705年），淨慈寺毀於大火，除了大殿之外，鍾樓、羅漢殿均被毀，玄燁聞訊後派皇太子代表他到寺視察，根據太子的報告，這位頗有作為的皇帝傳下話來：“南屏晚鍾燒了，豈不少了一景麼？可在地方上化些，把寺造了，鍾也鑄上了。”
淨慈寺於是奉旨重修，精益求精，經三年方竣工，康熙親撰重修碑文。如今這塊禦碑雖已無存，但那頭馱碑的大石龜仍蹲在大殿前。康熙年間朝廷對淨慈寺常有贈賜，而雍正乾隆兩朝對淨慈寺也常有關照。雍正八年（1730年），浙江總督李衛重修淨慈山門和山門外的東西大石坊。乾隆十六年（1751年），乾隆帝來淨慈寺進香，題寫“正法眼藏”匾額懸於大殿門楣，此後又五次來寺題字賦詩，賞賜錢物，浙商、鄉紳紛紛湊趣捐施錢財，重修寺宇。熊學鵬《淨慈禪寺重修碑記》稱：“重軒廣墀，崇宏堅固，旁及偏廂。夾道樓閣堂亭，金碧丹綠，無不聿新。”
乾隆五十年（1785年）時，朝廷還專門從江蘇寺廟移來金塔兩座，分置大殿左右。在封建最高統治者的青睞下，淨慈寺再度進入鼎盛期。
鹹豐末年，太平天國軍兩度進攻杭州，兵屯淨慈寺。寺廟在戰火中遭受嚴重破壞，特別是忠王李秀成率部猛攻杭州城時，淨慈寺因靠近主要進攻點清波門，成為太平軍的大本營。清末，杭州知府薛時雨奉旨將淨慈寺重新大修，淨慈寺才大致恢複舊觀。在“紅頂商人”胡雪岩的捐助下，人們購入日本大鍾置於大殿內，光緒初年又建迎仞堂，同時整修大殿。
清末民國初，淨慈寺雖無擴建，但也基本保持了19世紀末的景色。南渡詩僧曾有詩句：
白雲深處擁雷峰，幾數寒梅帶血紅。
齋罷垂垂深入定，庵前潭影落疏鍾。
好景不長，民國二十一年（1932年）淨慈寺遭火，大多數建築被毀。重建後又經曆抗日戰爭爆發，寺僧散落，其間留在寺中的僧人生活也十分艱難。
新中國成立後，淨慈寺於1955年進行大修，大雄寶殿經重新修飾更顯得莊嚴瑰麗。“文化大革命”時，淨慈寺被占用，僅有大雄寶殿勉強維持原狀。“文化大革命”期間寺廟頹敗，日趨荒蕪。1985年以來，隨著改革開放和宗教政策的落實，淨慈寺逐步得到恢複，現已完成金剛殿（天王殿）、大雄寶殿、三聖殿（原藏經閣）、南屏晚鍾鍾亭、鍾樓、客堂、運木古井、照壁、放生池、蓮池海會閣等建築的重建，同時修複了如淨禪師墓塔和永明塔院，正式接待海內外佛教界人士，並對遊人開放。
值得一提的是，淨慈寺自創寺以來，寺院範圍廣大，院內古木修篁茂密，禪房花草深藏處，別有一番幽絕勝境。佛法莊嚴的淨慈寺所特有的一種寬容、清雅的文化氛圍和人間情愫，吸引了眾多文化層次較高而又狂放不羈的遊客，使其成為了曆代文人讀書避世之處。寺誌稱：“淨慈寺居湖南諸山之勝，名賢紀詠繁績。”兩宋以還，禪僧士大夫化，士大夫禪化，儒、釋、道三教合流，許多騷人墨客常來到淨慈寺清靜角落以求一時片刻的避世出塵，他們和寺內高僧談禪說詩，品茗讀畫，流連忘返，締為深交，形成杭州文人的一大風氣。元、明、清時，一批才華出眾但仕途多舛的文人雅士幹脆就在淨慈寺附近覓地築屋，讀書隱居。在此，他們既可飽覽湖山之勝，又可就近與寺中高僧詩畫往還，諸如元莫維賢在這裏建了南屏別墅，明孫一元築室於高士塢，柴紹炳又辟南屏書屋“爬格子”於其中，畫家李流芳的南山小築是一批西湖山水冊頁的誕生地，黃汝亨在雷峰塔旁修築的寓林常常高朋滿座、美客如雲，惹得虞淳熙趕緊步其後塵建起了讀書林。