“放生”是佛門大力提倡的“功德”之一，早在吳越時，淨慈寺首任住持延壽就提倡放生，兩宋時放生之風在杭州大盛。在蓮池大師的再倡下，淨慈寺的萬工池成了僧俗示善敬佛之地。每年農曆四月八日浴佛節，來這裏放生者成百上千，放縱魚蝦龜鱉活命。淨慈寺東側的空地，也被開辟為放生所，供人存活牛馬豬羊兔鹿猴等陸上生物。
清末以來，萬工放生池逐漸湮塞，淪為菜圃。1985年淨慈寺重建，放生池由海外何先生捐巨資重新開浚。四周圍以獅柱石欄，池中堆疊大型盆景，布植花木，設置微型殿堂樓閣塔坊，象征佛教四大名山。池南側入口處建小石坊一座，坊額書“放生池”篆字，坊柱有隸書柱聯一副雲：
廣施慈心於萬物，魚樂人亦樂；
普發宏願濟大千，放生救眾生。
放生池石坊前，曾建有禦碑亭一座，亭內立康熙題寫的“南屏晚鍾”景名碑，放生池東西兩頭與淨慈寺山門之間，明成化年間（1465—1487年）建了兩座跨街重簷三門石坊，清雍正八年（1730年）重建。東石坊題額“震旦靈山”，西石坊題額“湖南佛國”。民國初年，兩石坊尚存，後來因馬路拓寬通行汽車，兩石坊及禦碑亭均被拆除。
百代相繼，法席益盛
回望曆史，淨慈寺名僧接踵，大師輩出。作為“敕建”的淨慈寺，非高僧大德，是不得入寺主持佛事的。從後周顯德元年（954年）到明成化二十年（1484年）這五百餘年間，繼開山祖道潛之後，淨慈寺先後共有一百零一位高僧任住持之職。他們全都是奉旨（皇帝之命）或奉牒（中央或地方政府之命）從別處佛教名刹調派來的高僧。他們德行超邁，佛學精深，撰述宏富，聲望卓著，推動了淨慈寺的發展，擴大了淨慈寺的影響，在佛教發展史上和中外文化交流史上留下了光彩，作出了貢獻。
淨慈寺開山祖道潛，是佛教禪宗五家之一法眼宗名僧，曾師從法眼宗創始者文益（大法眼禪師）學佛。文益寫有《宗門十規論》，指出當時禪宗有十大弊端必須戒飭改正，提出“明事不二，貴在圓融”和“不著他求，盡由心造”以求悟禪的修持主張，並強調多讀書以使“圓融”（即互相融合、貫通）更為豐厚，自稱其禪風是“對病施藥，量身裁縫，隨其器量，掃除情解”。道潛秉承師訓，佛學大進。道潛進慧日永明院後，使佛教禪宗法眼宗在西湖南山呈現一派興盛局麵。
建隆二年（961年），德韶的高足延壽（904—975年）被吳越王從靈隱寺請入淨慈寺（永明院）任第一代住持，曆時十五年，弟子多達兩千人，圓寂後諡號智覺禪師（又名永明法師）。延壽師從德韶，修禪學法。據說初習禪定時，一群小鳥在他的衣袂裏做巢，這說明他的專心致誌，德韶因此非常器重他，定他為傳法弟子。延壽在佛學思想上強調“萬法唯心”，主張參學以心為宗、以悟為則。
延壽佛學思想的另一特點是充滿融合調和的色彩。延壽主張禪、教一致，即禪宗和其他宗派是不矛盾的，或者說是以觀心法門去統一其他各宗的學說。他所著的《宗鏡錄》和《萬善同歸集》對杭州及東南地區的佛教發展產生了重要影響，尤其對宋初禪宗法眼宗的盛行起了直接的推動作用。當時，高麗（朝鮮）國王看到《宗鏡錄》後十分讚賞，派特使奉國書，隨帶金線袈裟、紫水晶數珠、金澡罐等貴重禮品，率國僧三十六人前來淨慈寺學習，法眼宗從此傳入朝鮮。延壽禪、淨兼修，身體力行的宗旨和品格成為淨慈寺曆久不衰的寺風，大大提高了淨慈寺的聲望，吸引了一代又一代皈依佛門的僧眾，包括海外佛徒。他提倡的融合禪、教的思想，還受到封建統治者的推崇，如清雍正帝就稱讚他的宗旨“超出曆代諸古德之上”，說“六祖以後永明為第一大善知識”。
延壽還是一位直接參與西湖佛教建築建造的“有功之臣”。建隆元年（960年），他曾主持靈隱寺的重修，重建殿堂一千三百餘間，靈隱古刹因而中興。開寶三年（970年），他又奉詔在錢塘江畔月輪山南果園建造六和塔，為西湖添了一景。他不愧是西湖自東晉慧理以來又一位名垂青史的傑出僧人。
北宋熙寧初（107l—1074年）到元豐五年（1082年），“天堂”蘇州和杭州兩地的僧俗群眾曾鬧過一場“爭奪”高僧的“喜劇”。當時，淨慈寺（壽寧禪寺）的住持是來自蘇州的高僧宗本禪師。宗本法名圓照，原來住持蘇州瑞光寺。杭州知州陳襄因欽慕他的道行，禮請他到淨慈寺弘法。蘇州僧俗聞訊後沿路攔阻。陳襄隻得具公文向蘇州保證三年一定讓宗本回蘇州。宗本見盛情難卻，便向蘇州僧俗說：“誰不樂意作福於人啊!”意思是三年後一定回來，蘇州百姓這才讓他來到杭州。誰知宗本一去不返，蘇州人著急起來，堅請宗本回去。他們推舉代表向杭州交涉說：“當初說定隻借我師三年，現在九年都過去了，理當還給我們了。”一麵交涉，一麵謀劃強搶宗本回蘇州。杭州府得悉後大驚，不得不派出兵將以武力保護宗本，才避免了一場衝突。這出蘇、杭僧俗爭奪高僧的“喜劇”，若不是宗本禪師確實道行高潔、佛學淵博是絕不可能“演出”的。
相傳，宗本來到淨慈後，適逢大旱，湖井全都幹涸了，宗本以禪杖樹於寺西，即有甘泉湧出，於是將泉眼開掘成井，供寺眾飲用。這口井後來就叫圓照井。
熙寧六年（1073年）秋天，杭州通判蘇軾養病在家，忽然想起久聞淨慈寺宗本長老大名，至今尚未會過麵，便擯退侍從，獨自前往參謁，事後他寫詩稱讚道：“臥聞禪老入南山，淨掃清風五百間。”兩人從此結為至交。
宗本離開淨慈寺後，繼任住持的是他的弟子善本，法號大通禪師，佛根堅深不在其師之下，一時盛傳淨慈寺有大、小二“本”長老，四方弟子慕名來學者絡繹不絕。
宋室南渡，壽寧禪寺改名淨慈報恩光孝禪寺，成了朝廷優渥備加的“國寺”，有一大批名僧或入寺住持，或來寺講學，日本、朝鮮等國僧徒也紛紛前來求道問學，在弘播佛法的同時交流了文化，加深了友誼。像妙倫禪師、智愚禪師當時都名聞中外，日本的圓爾辨圓、無像近照、天祐思順、無關普門、南浦紹明、南洲宏海、山叟慧雲等幾十名僧人都曾來此學佛。南洲宏海（即真應禪師）還在寺中當上了“典賓”，幫助接待賓客長達數年。日僧正旦拜妙倫為師，回國後還刊刻師父的語錄集出版，廣泛流傳。這個時期的佛教信徒都十分重視修持，禪宗的臨濟宗和曹洞宗以及淨土宗大為盛行。
元朝初年，淨慈寺第五十八代住持元熙是一位博學而有氣節的高僧。有一次，江南釋教總統楊璉真伽強取寧波阿育王寺佛舍利後，親自來淨慈拜會元熙，想請他寫一篇關於阿育王舍利來曆始末的記文。元熙以兵後老母生死不明要前往探尋為由堅決推辭，讓這個殘殺江南人民、掘墓盜寶的惡棍碰壁而回。元熙正直不阿，威望很高，至大元年（1308年）他重入淨慈寺後，“四方英衲，一時輻輳”，曆七年盛況不衰，各地及朝鮮、日本諸僧爭先恐後來學者數以千計。
後至元五年（1339年），元順帝下詔命處林禪師住持淨慈寺，來學僧徒雲集寺中多至萬人。高麗（朝鮮）派使節和僧人航海前來參學，還誠懇禮請處林去朝鮮弘法，隻是處林年事已高，不便舟車勞頓，於是高麗人記錄下他的《四會法語》返國傳播。處林住持淨慈寺時重建殿、堂、門、廡，修飾羅漢堂群像，“尊而祖堂，幽而三塔，凡所宜有，皆一新之”。而他自己生活儉樸，操持甚嚴，與寺僧同甘共苦，粥飯同食，不厭粗陋，冬寒夏暑，隻穿布衣，十八年始終如一日，深受佛門內外敬重。
明成祖永樂四年（1406年），我國曆史上規模最大的圖書總集《永樂大典》開始纂修，淨慈寺第八十二代住持道聯禪師博通經典，朝廷征召他擔任釋教總裁之職。不久，又征召後來任淨慈寺第八十四代住持的師頤禪師參與《大典》的編纂，位居首座。淨慈寺僧源遠流長的佛學造詣為山門贏得了殊榮。
明天順（1457—1464年）初年，擔任淨慈寺第九十一代住持的是一位女性高僧蒙潤法師。蒙潤俗姓顧，海鹽（今浙江海鹽）人。十四歲時棄家削發投奔舅父祥應法師學習天台宗佛法，後來進了西湖風篁嶺腳下的崇恩演福講寺（俗稱南天竺）。蒙潤住持南天竺長達六年，天台宗風益振。退出南天竺後，她隱居念佛，誓不出山，卻被宣政院（管理佛教事務的政府機構）強行征召住持下天竺寺葺治堂舍，三年後又調任淨慈寺住持。像蒙潤這樣德、才、識皆備，連任三座大佛寺住持的女高僧，不但在西湖絕無僅有，在其他地方也是罕見的。
淨慈寺第一百代住持智源禪師於成化十年（1474年）到任後，修葺大雄寶殿、羅漢堂，又在山門外創建東、西坊門。他召集當時名僧一百餘人發憤研習佛典，探討佛法，弘揚淨慈寺宗風，史稱“自五代潛（道潛）、壽（延壽）兩師而下，至師（智源），百代相繼，法席益盛，光揚良由住持得人。是不特有功山門，實有功宗鏡者矣”。
淨慈寺住持從第一百零二代起由官方委派改為本寺推舉，後繼者一代接一代傳授山門衣缽，為佛教的發展作出了不懈的努力，淨慈寺賴以在後來五百年曆史風雲大變幻中毀而重建，衰而複興，宗風不絕。
1987年，雪相大師出任淨慈寺住持，致力於東南名刹淨慈寺的恢複工作，受到僧俗各界的敬重和讚譽。雪相大師不但是當代佛學家，還是功底深厚的詩人兼書法家。他俗姓朱，原籍浙江海鹽，1935年出家，1945年師法現代佛學大師圓瑛，對佛籍《楞嚴經》頗有研究，並撰有《般若歌》闡述禪宗思想。《般若歌》由他本人用行草書寫成篇，秀美剛勁，古樸典雅，是一部融詩、書、佛學為一體的佳作。另外雪相大師還著有《幻影吟》、《南屏沙門詩歌集》等，兼任當時的浙江省佛教協會常務理事和浙江省詩詞學會常務理事。他的詩畫作品有不少為國外收藏，如日本神戶市藏有他撰書的詩軸一幅，詩雲：
四海歡然說濟公，熒光圖畫蔚春風。
南屏古刹重開放，破扇輕搖一片紅。