第三期為廖、康時期，即後期今文公羊學，治學則本公羊之學，以言變法改製。此期疑古之風大熾，經今古文壁壘森嚴，學術往往成為抒發己見之憑借。
廖平（1852-1932），其一生經學觀念多變。1879年，湖南經師王?運入蜀主持尊經書院，把他引向兼綜古今、崇尚義理之路，這是廖平經學之第一變，本期的代表性著作是《今古學考》，該書對今古文經學作持平之論。廖平經學思想的二變始於1887年，本期著有《古學考》和《知聖篇》、《辟劉篇》，前者堅斥古文經一概出於劉歆等人偽作，後者把孔子裝扮成改製的素王，由此看出廖平治經轉向尊今抑古和政治變革。但因求尊孔之根據而不得，故屢變其書，以至於“其學非考據、非義理、非漢、非宋，近於逞臆，終於說怪，使讀者迷惘不得其要領”。然而這種誠臆說怪之論卻深刻地影響了康有為。
康有為（1858-1927），18歲師從朱次琦（1807-1881），受其影響，論學古今兼采、漢宋兼容，以考證探求經世義理的治學宗旨鮮明。後受政治形勢日益惡化和廖平影響，拋棄宋學和古文經學，轉向今文公羊學的軌道，尊今抑古，斥劉歆古文經為偽書，重新詮釋儒學，視孔子為改製聖人以尋求變法的依據，最終謀求重現儒學的普世性價值。這一係列觀點主要體現在《新學偽經考》、《孔子改製考》、《大同書》等著作中。其中，《新學偽經考》在學術上的成就與失誤都特別突出，當時學術界對該書形成截然相反的看法，其實隻有從政治學的角度考察該書性質，才能透徹地理解它的價值與局限。康有為極端地尊今抑古，主要是為了兼顧學術與政治，尤其以後者為要。他斷言今古文有真偽之分，直接目的是將古文經學革出儒門，因為他認為古文經學保守、複古的政治觀點不能適應現實社會政治變革的需要，而今文經學則倡導應時更法，六經注我，富於革故鼎新的精神。根本目的則希望通過定今文經學於一尊，實現清朝社會政治的全麵改革。雖然康有為的希望最終落空，但是，《新學偽經考》對於社會改造和學術進步還是起過重要作用的，是書打破了士人階層對儒家經典的迷信，起到了思想啟蒙的作用，從正反兩方麵影響了後來的思想界，前者如新文化運動中錢玄同打倒孔家店，後者如章太炎、劉師培等對古文經學的研討取得突破性進展。至於民國時期的古史辨派對康有為經學積極因素的繼承，更是不爭的事實。
《孔子改製考》在很大程度上是要恢複今文經學在治學方法和風格上的傳統，以滿足其托古改製的需要，是康有為重建儒家道統，重新在中國文化史上定位孔子的嚐試。在該書中，康有為從政治史、思想史進化規律立論，首次確認孔子為儒家文化的唯一創始人。從考證學角度看，《孔子改製考》是瑕疵滿目，不勝指摘。但其中包含著當時富有革命性的經學觀念。首先康有為特別看重孔子的布衣身份，實質上認定改製的旗手可以是庶人，即新的思想體係的創建任務隻能由布衣中的聖賢去完成，而他正以此自期。其次，康有為極力論證孔子的托古並非真正師古，包含強烈的創新要求。應該效法孔子的改製創新精神去提出新的衡量改製理論優劣的新標準，即不看新理論是否符合古代聖人的學說，而是看它是否能為現實社會政治服務。由此康有為並不排斥汲取古今中外一切政治文明成果，也就認可了儒學與中西一切學術整合的可能性與合理性，從而使經學研究由封閉性走向開放性。總之，《孔子改製考》蘊含異常激進的思想進步因素，試圖通過改造今文經學，使儒學適應中國救亡圖存的需要。從這一意義上講，它是近代今文經學史上最重要的著作。但其曆史蒙昧主義與主觀武斷的一麵又嚴重削弱了該書的理論說服力和政治戰鬥力。
《大同書》完成於1902年，是康有為參綜中西學術、關懷儒學普遍主義以及人類命運的著作，是其社會理想的反映。該書呈現了中國近代改良主義思想家所建構的第一個比較完整的、帶有空想性質的社會製度，其中所反映的大同思想是中西文化相結合的產物，儒學在該理論建構中占重要地位。
由上可知，第三期的今文公羊學之發展主要表現在政治方麵或經世層麵―學術與政治變革的高度結合，這種高度結合是使今文公羊學成為晚清最重要的社會思潮的決定性因素。由於康有為等人驚世駭俗的論調與極度尖銳的民族危機相互呼應，使今文公羊學在戊戌前後風靡於世，成為宣傳維新變法的理論武器與晚清政治史、學術史上最有影響的思潮，以及傳統學術向近代新學發展的重要學術潮流。此外，本期還有一些學者偏重於從學術角度對今文公羊學進行研究與闡發，在學術上做出重要貢獻。如皮錫瑞（1850-1908），其治學的立足點是經世致用和微言大義，他賦予公羊學說以時代意義，以服務於變法維新，並將公羊樸素進化觀與西方進化論相溝通，來展示人類社會的美好未來。但是，皮錫瑞治經尊從公羊家法，摒棄穿鑿附會和主觀臆斷，具有樸素嚴謹的學風。他的《經學曆史》與《經學通論》是學術近代化進程中破除對經學迷信，進行客觀和係統研究的創造性著作。其中《經學曆史》一書，以簡明的文字論述了中國經學史的脈搏和演變線索，其寫法顯然得力於西方進化論與公羊樸素進化觀，具有近代學術特征。再如梁啟超，除政治上的創見與實踐外，在學術方麵也有突出成就。具體表現在史學與學術史上，前者可以從其著作《新史學》看出，後者代表性著作是《論中國學術思想變遷之大勢》，關於梁啟超的思想學術成就學界論述頗多，此處不再贅述。此外，像崔適、夏曾佑等今文學者論學也偏重於從學術角度出發，對近代學術轉型也有重要貢獻。
綜上所述，清代中晚期今文公羊學的發展衍變清晰地呈現出兩條路向，其中，從政治上評價今文公羊學盛行的意義與影響，這是主要的。畢竟康有為極力推闡公羊學說是出於政治需要，冀圖利用這一既是儒家經典，又處於與正統的古文經學不同的“異端”學說，進行變法救亡運動。而且，今文公羊學說的變異性、評論時政和講求微言大義的特點正好符合當時的政治需要和容納西方傳入的近代政治學說，因而顯示了所向披靡的力量。
從學術上看，清代今文公羊學之盛興又是一股學術潮流，推動了近代新學的形成。在哲學領域，今文公羊學的樸素變易觀的盛行，為20世紀初年西方進化論在中國的廣泛傳播創造了條件。在史學領域，今文公羊學說盛行引起的重新審視古代典籍、古代曆史的普遍認識，推動了20世紀初“新史學”思潮的興起，並且對於五四前後的古史辨派考辨古史、探求可信的古史體係產生了直接影響。
參考文獻
1.梁啟超：《清代學術概論》，上海古籍出版社1998年版。
2.《康有為全集》第一集，上海古籍出版社1987年版。
3.《康有為全集》第二集，上海古籍出版社1990年版。
4.程其泰：《清代公羊學》，東方出版社1997年版。
5.廖耀仙主編：《廖平選集》（上下冊），巴蜀出版社1998年版。
6.楊向奎：《清儒學案新編》第4冊，齊魯書社1993年版。
7.陳租武、朱彤窗：《乾嘉學派研究》，河北人民出版社2005年版。
8.羅檢秋：《嘉慶以來漢學傳統的衍變與傳承》，中國人民大學出版社2006年版。
9.錢穆：《中國近三百年學術史》下冊，商務印書館1997年版。