人類認識的曆史表明，不論是探索自然界的奧秘，還是認識人類社會發展規律，有根據的懷疑，始終是假說深化的環節。古代原始直觀的認識中存在著許多荒謬不經的內容，原始人類對此卻深信不疑。那時的不疑，恰好是人類認識低級階段的特點，它直接扼殺了哪怕是幻想猜測性質的假說的出現。人類認識發展到能夠對認識自身提出懷疑，這已經是人類進行創造性思維、進行自我意識的表現了。由此可見，沒有懷疑，就沒有假說的深化和提高。學貴善疑，學則必疑，存疑再解釋，有惑再解惑，是假說深化發展的客觀過程。亞裏士多德曾形象指出懷疑的意義，“懷疑猶如頭腦中產生的結，人們若不見有結，也就無從解脫那結。欲作研究，而從不先提出質疑，就像要旅行的人不知到何處去一樣”。
自然科學發展的曆史證明，許多假說的形成，都經曆了懷疑這個環節。例如，一八八七年，莫雷和邁克爾遜的“以太”實踐失敗了，但卻檢驗了經典物理學的漏洞。這時，是對原有理論加以懷疑呢？還是墨守陳規？愛因斯坦和波爾在經典物理學的基礎上，打破了教條和傳統認識的束縛，懷疑了經典物理學，提出新的假說――相對論和量子力學；同樣，沒有對古希臘科學權威托勒密、蓋侖、亞裏士多德學說的懷疑，就不可能有哥白尼《天體運行》、維薩裏的《人體結構》和塞爾維特血液循環的發現，也不可能有伽利略的天體動力學和牛頓力學體係的創立；沒有對燃素說的批判懷疑，就不會有氧氣理論和熱之唯動說的建立；沒有達爾文對“神創論”和“物種不變論”的懷疑，就不會有生物進化論的創立。愛因斯坦對自己一生科學研究總結時說：“對所有權威的懷疑，對任何社會環境裏都會存在的信念完全抱一種懷疑態度，這種態度再也沒有離開過我。相對論創立就是經過無盡的辛苦和痛苦的懷疑所知”。
假說形成以後的檢驗是在實踐的基礎上把或然性知識轉化為可靠知識的複雜過程。毛澤東指出：“許多理論的真理性是不完全的，經過實踐的檢驗而糾正了他們的不完全性。許多理論是錯誤的，經過實踐的檢驗而糾正其錯誤”。假設檢驗過程中懷疑的作用，就是探求假說的真偽問題和不確定性問題，糾正認識的不完全性和錯誤。例如，伽利略的比薩斜塔實驗就驗證了亞裏士多德“重物先落地”的真偽問題，從而否定了亞裏士多德的結論。
假說的發展，從狹義講，僅指單一假說自身的演變。從廣義講，他還包括假說更替的曆史過程，即通過不同假說的鬥爭與更替，直到真正的揭示自然界的規律。
懷疑原則是假說發展的動力之一。假說形成以後，人們不但給予嚴格、全麵的論證，與此同時，假說也在發展著。一方麵，懷疑本身就是各種矛盾的反映；另一方麵，假說本身便是科學性與假定性的對立統一。假定性、猜測性使假說的存在必然伴隨著懷疑，它要辯證否定舊有的假說，在發展中不斷減少假定性，增加科學性，因此，懷疑推動了假說的發展。