前麵說過，許多道法不但無至上神之觀念，甚且連鬼神信仰都沒有。在漢代，逐漸出現至上神信仰的一大關鍵，是“中央黃老君”的觀念。這個觀念，源於漢人的五行說，東青木、西白金、南赤火、北玄水、中央為黃為土為君；又東青童、西少女，中則為老君。這個“老君”，其實是一種擬說，說明五行之位德，並不是指一位位格化的神。但在信仰鬼神的社會習慣中，它遂漸漸被視為一位神。而且既是“君”，自然便是神中最大最重要的，於是，又或稱此為“太上老君”。太上，就是最上，就是至上神了。
太上老君，因為有個“老”字，故又與“老子”相混淆，不少人徑以老子為太上老君，或認為彼此有其相關性在，如正一道法，“臨奉老君三師”，又以《老子》五千文教授即是。但也有不少人認為老君與老子並非同一人。明曹學佺《蜀中廣記》卷七十二引《玄都律》說五神下降，授張陵為國師，“有五人，其一雲是周柱下史也，一新出太上老君也”，顯見二者非一。又，陶弘景《真靈位業圖》也將二人分列。為了調和彼此的差異，說明老子與太上老君既是二人，又是一人，遂另有一套“老子變化說”出現，謂太上老君在不同時代，會以不同形相降化人間。黃帝時，他降化成為廣成子，周朝時就降化成老聃，到漢初，則降化為黃石公，如此變化不已，共有八十一化。其說亦甚巧，但不管如何，《玄都律》說這時降化人間的老君乃是“新出太上老君”，卻無意中點破了奧秘：太上老君，是漢末新形成的至上神。
上清道繼興，仿天師道之故技，也推出個新至上神：元始天尊。奉三皇文的道士們則當然不信太上老君與元始天尊，因為他們另有天皇、地皇、人皇的信仰。為了統合這些分歧，遂有人設想了“一氣化三清”之說，模仿老君變化說，謂元始天尊、太上老君和靈寶真君等，都是大道一氣所化，所以既是三又是一。《道藏經目錄》卷首說道生於一，分為三元，由混洞太無元化生天寶君，居玉清境，由赤混太無元化生靈寶君，居上清境；由冥寂玄通元化生神寶君，居太清境，三君各說十二部真經雲雲，即是這類講法的代表。
借由這些巧妙的說法，眾水分流、彼此不相統屬的關係，乃得到新的組織關聯，整合成一個大家族。而且這種整合並非會合為一體的方式，而是在尊重其內部差異的情況下，讓不同者各安其位。故雖整合為一大教，卻仍是教中有教的。後世道教不自稱某某派，而仍自稱為某某道、某某教，如元朝有全真教、玄教、真大道教、太一教，即本於此一傳統。這些教，固然可以說都是道教，但也可以說依然是各道其道的，無共同教主，無共同至上神，無共同教法，無共同經典，其實亦不妨視為許多教。
這樣的宗教形態，看起來怪異，實則或許最能反映中國哲學或文化的特點，所謂“一多相涵”，眾漚共成大海水，漚即海水，但海水不就等於眾漚，眾漚亦各不相等相同。非一源之流，又非一本之殊，乃是千燈互照，交光相攝，彼此共成其事，而自性未失，主體獨存。其獨立者自成一教，其共成者亦為一教，在宗教學上別開生麵，值得再三玩味。