元朝統一中國，即把西藏從近400年的戰亂和痛苦中拯救出來。
公元1239年（南宋嘉熙三年），駐守涼州的蒙古皇子闊端（1206—1251，成吉思汗之孫），派大將多達那波率軍進入西藏。1240年，多達那波返涼州，向闊端建議任用當地宗教首領協助蒙古統治西藏。1247年，闊端和藏傳佛教薩迦派首領薩班商定了西藏歸屬蒙古的條件，並由薩班寫信通告西藏各地僧俗首領。信中列舉事實說明，西藏歸屬蒙古，趨利避害，為大勢所趨：
漢地、西夏、阻卜軍於未滅之前，將彼等與蒙古一樣看待，但彼等不遵命令，攻滅之後，無計可施，隻得歸降。其後，因彼等悉遵命，故現在各處地方亦多有任命其貴人充當守城官、財稅官、軍官、必闍赤者。吾等吐蕃部民愚頑，或企望以種種方法逃脫，或希救蒙古因路遠而不來，或期待與蒙古交戰而能獲勝，凡以欺騙辦法對待（蒙古）者，最終必遭毀滅。……
前此數年，上部地方未曾被兵，餘率白利歸順，因見歸順甚善，故上部阿裏、烏思、藏等部亦歸順，白利各部亦歸順，故至今蒙古未遣軍旅前來，亦已受益矣！
這樣，蒙古以和平方式解決了西藏歸附蒙古王室的問題。此後薩班派的稅吏和文武官員被蒙古王室委派管理西藏的一切事務，西藏的在職官吏仍留居原職不變。這些辦法，奠定了元朝中央對西藏地方進行行政管理的基礎。
公元1260年，忽必烈即帝位後，封薩班的侄子八思巴為國師（後稱帝師），賜玉印。1264年，忽必烈遷都北京，同年，在中央設立了掌管全國佛教事務和藏族地方行政事務的機關——總製院，忽必烈授命八思巴以國師身份兼管總製院的院務，使他正式成為中央政權的一名高級官員。
1271年，忽必烈南下攻宋，建國號大元，1279年滅南宋。自此，西藏成為蒙元中央王朝管轄下的一個行政區域。
總製院於1288年改稱宣政院。西藏地方的重大事務，高級僧俗官員委任，重要機構的設立，軍事措施的製定等，均由宣政院決定。元朝在西藏地方設立了三個宣慰使司都元帥府：一是吐蕃等處宣慰使司都元帥府，主要管理今甘、青藏族地區和四川省阿壩、甘孜兩個藏族自治州的部分地區；一是吐蕃等路宣慰使司都元帥府，主要管轄今四川阿壩、甘孜兩個藏族自治州的大部分地區和西藏昌都地區的一部分；一是烏思藏納裏速古魯孫等三路宣慰使司都元帥府，管轄的範圍是衛（前藏）、藏（後藏）、阿裏等地，即今西藏自治區的範圍。同時在烏思藏地區設立了十三個萬戶府和若幹個千戶所，封授西藏地方首領管理民政或兼管軍務。從中央的宣政院到吐蕃各宣慰使司都元帥府，萬戶以上的重要官員，都由宣政院或帝師提名，再由皇帝委任。各級官員都是僧俗並用，軍民通攝。
忽必烈即帝位後，即派以達門為首的官員到西藏，清查西藏各地的戶口，設置驛站，規定貢賦的數額。西藏的烏拉（即差役）製度從此開始。
清查戶口是中央政府對於直接管轄的地區體現完全主權的一項行政措施。1268、1287年又進行人口的清查。1287年清查後，元朝中央還在西藏設立了軍站，專為軍事行動提供方便。驛站、軍站的設置，是元朝中央對全國藏族地區施政的重要措施。
元朝在西藏地方和其他藏族地區進行戶口調查，確定貢賦，建立驛站、軍站，推行烏拉製度，屯駐蒙古軍隊，設立行政機構，派王室將領駐守邊疆，賑濟貧民，實施元朝刑律和曆法，對地方官員的升降、賞罰有直接處置的權力，等等。這一係列措施，是元朝統一全國的政策在藏族地區的實施，盡管元朝在西藏等地設立的行政體係具有不同於中原地區的特點，但它都是在中央政權直接管理下的全國行政製度的一個重要組成部分。元朝在西藏的施政是全麵的，是擁有完全主權的。西藏同中國其他行政區域一樣，都是中國版圖不可分割的組成部分。