然而，對自元朝以來西藏正式納入中國版圖的曆史事實，西方某些學者及西藏分裂主義分子予以否認。認為元朝皇帝與薩迦喇嘛的關係是一種施主關係：喇嘛是教主，是世俗政權首腦皇帝的崇拜對象，是皇帝的精神導師；皇帝是向神及其化身喇嘛提供保護的庇護人；在元朝，帝師八思巴是教主，兼西藏的國王，忽必烈大帝則是施主；二者之間的關係就象羅馬教皇與神聖羅馬帝國皇帝的關係一樣，都是地位平等的君主關係；西藏是一個獨立於元朝中央之外而又與之有特殊關係的王國。這一爭論涉及到供施關係的本質及“帝師”的地位，有必要加以澄清。
供施關係隨著政治歸順而開始
“供施關係”本來是佛教詞語，藏文為mchod yon，英譯為 Lamas and Patrons，或 Lamas and Benefacter。藏文 mchod 意為“布施對象”或“供養對象”，即受施者，接受布施或供養的人。佛教語言中稱作“福田”。在藏傳佛教裏接受供養與布施的人是喇嘛。藏文 yon意為“施主”，即提供布施與供養的人。藏文mchod yon讀音為“卻雲”（也有音譯“曲絨”的）。因此有人將“供施關係”譯為“卻雲關係”。也譯為“喇嘛與施主的關係。”
供施關係始於元代的忽必烈皇帝與八思巴。曆史事實表明，蒙元王室與西藏宗教領袖之間的關係首先是由政治、軍事關係開始的。1206年，成吉思汗45歲建立蒙古汗國後，開始用兵於土伯特（即衛藏）。很快原來隸屬於西夏的甘青藏族諸部在蒙古征服西夏後相繼歸順。1208年，成吉思汗西征中亞時，他的騎兵從葉爾羌南下進入西藏西部阿裏，並在該地設都元帥二員，實行軍事管製。阿裏也是較早降附蒙古汗國的藏族地區。1220年，成吉思汗追擊花刺子模末王紮闌丁時，他的軍中還有吐蕃兵。這些簡單的曆史事實表明，蒙古汗國與西藏關係的發生早於忽必烈和薩班時期，並且一開始就是政治、軍事關係，那時還沒有供施關係可言。
此時，蒙古汗國的戰略重點在西線，他們為了彌補頻繁爭戰消耗的人力、物力，需要首先鞏固西部戰線，解除後顧之憂，並為襲滅金國與宋朝作準備。因此成吉思汗及其子孫非常重視吐蕃地區的戰略地位。蒙古王室對統一西藏采取了軍事威脅和政治談判相結合的辦法而不是首先通過宗教的辦法即建立供施關係來實現。那時，蒙古王室的目的就是要征服包括西藏在內的全中國，要使西藏在政治上成為蒙古的臣屬。當時隻信薩滿教和景教而不知佛教為何物的蒙古大軍一味追求的隻是領土擴張和獲取財富，對西藏佛教根本不感興趣。蒙古滅西夏和金朝以後，在中原建立元帝國，元太宗窩闊台將原來西夏轄區及甘肅部分藏區劃為闊端的領地。闊端駐營前西夏重鎮涼州，開始準備進軍西藏本土。為了使西藏歸附蒙古，闊端先後兩次派其大將多達那波率領少量部隊，奉命調查西藏情況，並進行勸降。西藏初始拒降。於是蒙古軍隊火燒傑拉康寺和熱振寺。一路上殺死藏族僧侶500多人。多達那波的進藏使西藏政教首領們劇烈震懾，各派勢力紛紛請求蒙古王室歸收西藏。多達那波進藏後還了解到各派政治、宗教勢力的社會情況，為蒙古汗國統治西藏提供製定政策的依據。1240年，多那達波返回後，建議闊端任用當地宗教首領協助蒙古統治西藏。蒙古王室根據對西藏地區各派宗教首領的考察，決定任用薩迦派首領薩班。1244年多達那波再次攜帶闊端聖旨進藏，特召薩班赴涼州磋商西藏歸順蒙古事宜：
皇帝聖旨：
我為報答父母及天地之恩，需要一位指示道路取舍之上師，在選擇時選中了你。故望不辭道路艱辛前來此處。若你以年邁為借口不來，那麼以前釋迦牟尼為利益眾生做出的施舍犧牲又有多少？對比這下，你豈不是違反你學法時的誓願？你難道不懼怕我依邊地的法規派遣大軍前來追究給無數眾生帶來損害嗎？故此，你若為佛教及眾生著想，請盡快前來，我將使你管領西方之僧眾。
這就是《闊端召請薩迦班智達令旨》的核心內容。闊端聖旨以軍事威脅和政治利誘相結合，要求薩班為皇帝做佛事，代表西藏歸順蒙古。
同年，薩班應召，並攜帶他的侄子八思巴從薩迦起程赴涼州。1246年薩班抵涼州。1247年初，闊端與薩班在涼州舉行了協商會談，商定西藏歸順蒙古條件。與此同時，薩班寫信通告西藏僧俗首領，規勸他們接受條件，歸順蒙古大汗，西藏由蒙古指派的官員與薩迦首領共同管理。這就是前麵提到的著名的《薩迦班智達貢噶堅讚致烏思藏善知識大德及諸施主信》。
以上曆史事實充分證明，蒙元王室與西藏地方首領之間的關係，首先是政治上的歸順，西藏歸順元朝是通過和平的政治談判來解決的，隻是在解決政治從屬問題後，蒙藏才建立了宗教上的供施關係。
供施關係服務於政治統治
正是在薩班致西藏僧俗官員要求歸順蒙古的信中，第一次提出了供施關係。薩班在信中稱讚蒙古汗為“大施主”，是菩薩的化身。這段信原文如此：
祈願吉祥利樂！向上師及怙主文殊菩薩頂禮！……吾為利益佛法與眾生，尤為利益所有操蕃語之眾，前來蒙古之地，召我前來之大施主（闊端）甚喜，曰：“汝領如此年幼之八思巴兄弟與侍從一起前來，是眷顧於我。汝以頭來歸順，他人以腳來歸順，汝係因我召主而來，他人是因恐懼而來，此情吾豈能不知！……若我以世間法護持，汝以出世間法護持，釋迦牟尼之教法包有不遍弘於海內者歟！”
這段文字十分清晰地說明，西藏應歸順元朝，施主與上師要利用俗法與佛法共同護持國家。也就是說，蒙古王室要利用佛教來統一國家和維護政治統治。此點在後來元世祖忽必烈與八思巴的關係中表現得更為清楚。