明朝建立後，根據當時的政治形勢，廢除了中央管理西藏地區事務的宣政院和兼領院務的帝師製度。明朝中央直接實行“多封眾建”、“尚用僧徒”的政策，使西藏地方始終處於明朝中央的統一管理之下。
同元朝一樣，明朝對西藏地區的統治也采取了利用和扶植藏傳佛教的政策。但明朝卻不象元朝那樣隻是推崇薩迦一個教派，而是對有實力的喇嘛教派領袖都賜封加號，予以扶持。
元末時，西藏的帕竹政權已雄踞一方，昔日薩迦派的一統天下已經崩潰。帕竹政權取而代之，統管西藏。明廷封帕竹為闡化王，奉明皇之命，號令西藏。明政府對管理西藏的辦法主要是多封眾建。凡來歸順請封者都有封賜。《明太祖實錄》說“凡在幅員之內，鹹推一視之仁”。明朝總封西藏各派首領為八大法王，各派均有明廷封賜的玉印。玉印是權力的象征。有印者則有權力，是朝廷命官。因此西藏地方的受印為官者視印如命，珍藏至今幾代不失。以帕竹為首的西藏八大法王及其他官員都效忠中央，深得明廷中央賞識，多次降旨嘉獎。這類的封文至今仍有許多保存在布達拉宮、大昭寺、楚布寺等處。封文對藏官“悉心效順”表示滿意，繼續封賜為官，令他們“永為捍禦之臣”，“世守西土”。
明朝除封賜法王外，還對西藏封有國師、灌頂國師、禪師、都綱、喇嘛等官員。所封官員，無論僧俗，都賜爵封印，“為官者務遵朝廷之法，撫安一方；為僧者務敦化導之誠，率民為善，以共享太平”（《明太祖實錄》）。明朝政府多封眾建、分而治之、以宗教爭取人心的辦法對西藏加強管轄是有一定效果的。
在我國曆史上，清朝對邊疆的主權管理達到了最完善的階段。新中國成立後的邊疆政治地圖也大體沿襲了清朝舊製。清朝與西藏的關係可追溯到1639年。此前，藏傳佛教已傳到滿蒙地區。1639年，清太宗皇太極派人專程到西藏，要求西藏選派高僧到清朝傳播佛教。清廷崇敬佛教並非是為了純宗教目的，而是為了利用藏傳佛教維護其剛剛建立的封建統治，鞏固它對蒙古的控製，後來乾隆帝說“興黃教即所以安眾蒙古，所係非小”。在清朝二百多年的時間裏，清政府進行了一係列的藏政改革，都與宗教離不開，試圖利用宗教鞏固中央對西藏的統治。清朝前期，清廷對西藏的施政大體經過了下麵幾個階段：
1.清初，通過蒙古汗王和黃教首領達賴喇嘛管理西藏。17世紀中葉，西藏的黃教受到噶舉派第悉藏巴地方政權的排斥，五世達賴請求信仰黃教的蒙古和碩特部首領固始汗給予支持。1642年固始汗率兵入衛藏，滅掉第悉藏巴，使西藏置於他的統治之下。這時黃教寺院集團在固始汗的支持下，在經濟和宗教方麵也取得了很大優勢。1644年，清朝定都北京後，清世祖為了進一步推進全國的統一事業，利用和扶植黃教，穩定蒙藏地區，曾多次邀請五世達賴與四世班禪覲見。1652年五世達賴進京入覲，受到順治皇帝的隆重接待。第二年，五世達賴返藏，清廷頒賜給他金冊、金印，封他為“西天大善自在佛所領天下釋教普通瓦赤喇怛喇達賴喇嘛”。從這時起，達賴喇嘛的地位得到了清朝的正式承認，而且以後曆屆達賴喇嘛的轉世必須經過中央政府的冊封，遂成定製。與此同時，清朝又派人入藏，封固始汗為“遵行文義敏慧固實汗”，也賜給金冊、金印，並諭其：“作朕屏輔，輯乃封圻”。即要固始汗為皇帝做好保衛邊疆的助手，把皇帝封賜的封地治理得和睦安定。由此可見，固始汗是被清朝封為管理西藏地方的政治、軍事首領，而達賴五世隻是“所領天下釋教”的宗教領袖，這時還不是“政教合一”的雙重領袖人物。盡管如此，達賴五世受封後其地位和聲望大大提高。各地蒙藏群眾更加敬信。1682年，五世達賴園寂。第巴桑結嘉措秘不發喪，以與固始汗之孫拉藏汗對抗。第巴桑結嘉措被拉藏汗所殺，同時拉藏汗又廢黜第巴所立的六世達賴倉央嘉措，另立意希嘉措為六世達賴。清政府承認了拉藏汗的行動，並封拉藏汗為“翊法恭順汗”。但康熙也感到“西藏事務不便令拉藏汗獨理”。1709年，康熙又派侍朗赫壽到西藏，協同拉藏汗管理西藏事務。這是清朝中央直接向西藏派遣官員的開端。此後不久，1713年，康熙又派遣官員入藏，冊封班禪五世羅桑意希為“班禪額爾德尼”，頒給金冊、金印。這是繼1645年固始汗贈班禪四世羅桑卻吉堅讚以“班禪博克多”的尊號後，黃教寺院集團建立的又一個活佛轉世係統。以後曆屆班禪額爾德尼轉世，同達賴喇嘛一樣，都必須經中央政府正式冊封。清廷正式冊封班禪五世，既有借此安定藏局的意圖，又表明它接受了固始汗尊班禪抑達賴的政策，是清政府推行的分而治之政策。