這次對西藏的改革具有深遠的影響。駐藏大臣的設置，是中國中央政府首次正式派遣重臣直接管理西藏，其地位相當於內地的各省督撫，是朝廷的封疆大吏。這一創製後來載入了《藏內善後章程》。此後近二百年間，清廷一直派駐大臣，管理西藏。有些學者認為，駐藏大臣是中國駐拉薩的“大使”，顯然是不符合曆史事實的。
此外，清廷中央對藏區的劃分也有著深遠的意見。這次行政區分，明確了西藏地方各派勢力的轄區範圍。在一定程度上避免了各派力量的權力鬥爭。直到現在，川滇二省的藏區，仍然沿襲著清廷1728年劃定的界線。
4.創立噶廈，授權達賴喇嘛與駐藏大臣共同管理西藏政務。1747年（乾隆十二年）頗羅鼐死，次子珠爾默特那木紮勒襲郡王爵，繼續總理藏政。但他襲職後不久，便排除異己，監視駐藏大臣的行動，切斷西藏通往內地的郵遞交通，秘密勾結蒙古準噶爾部，暗中策劃背叛朝廷的活動，威脅七世達賴的安全。1750年（乾隆十五年），駐藏大臣傅清和拉布敦定計將珠爾默特那木紮勒誘殺，傅、拉二人也同時被珠爾默特的黨羽所殺。由於這場謀叛不得人心，以達賴七世為首的愛國力量便在很短的時間內平息了叛亂，恢複了西藏的安全秩序。與此同時，清朝又派四川總督策愣等率兵入藏，處理西藏善後事宜。
清朝中央在平定珠爾默特那木紮勒之亂以後，1751年（乾隆十六年），對西藏地方的行政製度又作了一次重大的改革：A。廢除西藏郡王掌政製度，正式建立噶廈（藏語，意為發布命令的機關），即西藏地方政府，噶廈設噶倫四人，由一名僧官、三名俗官擔任，均在駐藏大臣和達賴喇嘛的直接領導下，共同辦理西藏地方行政事務。噶倫等重要官員，都要經過朝廷任命。從1751年起，清朝中央正式授權達賴喇嘛管理西藏地方行政事務。由格魯派（即黃教）管理西藏的政教合一製度從此正式確立。設立譯倉（即秘書處），由四名僧官擔任。噶廈的一切公文、政令須經譯倉審核、鈴印後才能生效。B。擴大駐藏大臣權力，將藏北三十九族（今丁青、索縣一帶）和達木蒙古八旗（今當雄一帶）交由駐藏大臣直接管轄。為了加強駐藏大臣對西藏的實力控製，增兵1500名戍藏。
這次改革，清朝中央一方麵提高了駐藏大臣的地位，以增強中央對西藏地方的直接治理，另一方麵又給予達賴喇嘛以掌政的權力。確立了達賴喇嘛同駐藏大臣共同主持西藏事務的平等地位，以抑製權勢顯赫的貴族勢力，使僧俗上層在西藏權力結構中相互製約，不致為亂。這也是西藏“政教合一”製度的開始。
1757年（乾隆二十二年），七世達賴喇嘛去世，西藏地方政教事務一時無人主持，乾隆皇帝唯恐噶倫等人“擅權滋事”，遂命第穆呼圖克圖在新達賴未尋獲和未成年之前，暫行代理達賴喇嘛取權。這便是西藏地方攝政製度的開始。
5.平定廓爾喀入侵，頒行《欽定藏內善後章程》二十九條。1788～1792年，廓爾喀人兩次侵略西藏。清廷平定廓亂之後，對藏政又進行一次較為徹底的改革。它總結了曆次改革的經驗教訓，將對西藏的各項管理措施以法律形式固定下來，這就是著名的“二十九條”。“二十九條”在西藏地方史中占有重要地位。但國外某些學者以及西藏流亡集團有意回避它。因此下麵列專節論述。