在研究西藏曆史中，《欽定藏內善後章程》二十九條，是一份具有重要意義的曆史文獻，標誌著清朝對西藏的主權管轄達到了較為完善的法律化階段。但是，國外某些學者不顧曆史事實，從曆史或國際法角度歪曲理解“二十九條”，否認其主權性質，認為18世紀的滿藏關係是以施主關係為基礎的保護權關係，清王朝是保護國，達賴喇嘛統治下的西藏是中國的被保護國，1793年的章程就是確立了上述中藏保護權關係的條約。持這種觀點的學者一般是將18世紀的中藏關係（他們也常稱作滿藏關係）套入到西方近代史上殖民主義宗主國家與其殖民地之間的保護權關係的陳舊框架，並依此類推，認為在中國管轄西藏最得力的18世紀，西藏仍然沒有納入中國的主權控製下，而僅僅是被置入中國的保護之下，滿清皇帝隻幹涉西藏的外交事務，西藏的獨立國地位從未間斷過。然而；隻要我們對“二十九條”產生的曆史背景、章程的內容進行分析，並與西方近代史上的保護權關係進行比較，就不難得出正確的觀點。
國際法上的附屬國
國際法認為，一個國家隻要能夠獨立地執行國家通常執行的職能，如派遣或接受大使，簽訂國際條約，直接承受國際法上的權利與義務，具有獨立參加國際關係的能力，而不必受其他國家的控製，這樣的國家就是一個獨立國家。相反，當一個國家簽訂一項條約或承擔某種其他法律義務，同意按另一國指示行事，或者將大部分對外關係交由另一個國家管理時，該國就變成了附屬國有的學者甚至認為附屬國是完全受他國主權支配的國家，它在國際上的獨立地位已被限製到幾乎不存在的地步。但從總體而言，附屬國是指主權，特別是“外交能力受到其他國家限製”的國家。這也是世界各國學者大致同意的觀點。
附屬國是古代封建關係或近代帝國主義殖民主義侵略的產物。雖然各國學者對附屬國的界定有某些分歧，但大同小異。關於附屬國的種類，大致認為有兩種：一是宗主權下的附庸國，二是保護權下的被保護國。
宗主權最早起源於君主與仆臣之間的封建關係。將宗主權與臣屬的概念用於國際關係描述國家之間的某種關係，較早且較廣泛地被征引的例子是奧斯曼帝國與北非的埃及、突尼斯等附庸國的關係。在古代，埃及和突尼斯都是獨立國家，中世紀奧斯曼帝國征服了它們，並使之成為附庸國，奧斯曼帝國則是宗主國。宗主權的基本特征是仆從國的統治者通過由宗主國的統治者舉行隆重的授權儀式（加冕、授印）而被授予自治權，宗主國有責任保護其仆從國，仆從國在爆發戰爭時有義務向宗主國提供軍事授助。此外仆從國要向宗主進貢。宗主權的形成不一定以國際協議為基礎，它往往帶有封建君臣之間的私人性質。19世紀以來，近代歐洲宗主國對其附庸國的國際關係行為完全負責。宗主國代表附庸國簽訂條約，對外宣戰。在國際法上，附庸國被認為是半主權國家，具有獨立或半獨立的國際人格。
被保護國是附屬國的另一個類型。它是指一個弱國通過條約將其重要事務如外交權交由另一個強國處理，從而使二者形成保護與被保護的關係。強國為保護國，要保護被保護國不受外來侵略與幹涉。弱國雖是被保護國，但在國際法上仍不失去國際法主體資格，不能視為保護國的一部分。根據國際慣例，保護權的成立有兩個前提：一，要以保護條約為依據；二，第三國對這種保護關係的承認對於保護國在國際上行使其代表被保護國的權力是必要的。保護權是近代殖民主義時代的產物。如1905年《日朝保護條約》規定1910年起，朝鮮成為日本的被保護國。1881年，突尼斯通過保護條約淪為法國的被保護國。
雖然宗主權與保護權被作為確認附屬國種類的兩種形式，但二者之同的區別也並不是那麼涇渭分明。在西方曆史書或法律文件中，“保護國”、“宗主國”二詞常常被混用，相提並論。1883年法國對塞內加爾提供保護，簽訂條約時這麼說：“塞內加爾居民將他們自己置於法國的保護之下，並承認法國對塞內加爾的宗主權”。二詞在此混用，在英國對非洲的許多殖民地條約中，這二個詞也常常相提並論。
歐洲殖民國家將宗主權與保護權互為替代本身說明，宗主權雖然起源於封建時代的君臣關係，但更多地是殖民主義侵略的產物，就象保護權一樣，是帝國主義對弱小民族的主權與獨立的限製或半限製。隨著時代的進步，殖民地、附屬國都取得了完全的獨立，擺脫了殖民國家的宗主權與保護權，成為享有充分主權的國家。在這些殖民地國家獨立過程中，聯合國起了巨大的推動作用。第二次世界大戰後，殖民地國家根據民族自決權原則，掀起了民族解放運動。聯合國從五十年代開始，通過許多非殖民化的文件，特別是1960年的《給予殖民地國家與人民獨立宣言》，極大地推動了全球範圍內的非殖民化進程。
由此看來，國際法上的附屬國，雖然被宗主國奪去了部分主權，特別是外交權，但它仍然是作為一個獨立國存在著，而沒有失去國際人格，其未來的地位就是獨立自主。如果把這種理論套入18世紀的中藏關係，並認為1793年章程就是確立中藏保護關係的條約，就會得出一個危險的結論（範普拉赫語）：
甶於18世紀的滿藏關係唯一正式的依據是供施關係，所以它包含的特征是保護與被保護關係的典型特征，盡管清廷經常把它說成是納貢關係。由於行政管轄權正式產生於西藏內部；由於西藏並沒有被皇帝征服或吞並，而是被置於他的保護之下；由於滿洲對西藏事務，尤其是對外交事務的幹預，這些都與典型的保護國與被保護國關係相同，加之其實際幹預的程度有眼而不連貫，因此西藏國的存在從未間斷過。西藏人在行使其主權方麵由於滿洲人對西藏事務的介入而受到限製，但這並沒有導致這個獨立國家的滅亡，它繼續保持了一個獨立國家所具有的基本特征。
那麼，這個結論的危險性及其錯誤在哪裏呢？在於它歪曲了西藏的曆史地位，篡改了二十九條的基本內容。
古代中國政治版圖與西藏
中華文明自古以來以一個成熟的體係在東方獨立地發展，成為東方文明的中心之一。古代中國對世界與國家的看法與現代概念很不相同。古代中國人認為，天下共主，四海一家；皇帝是天子，銜天之命，統領四方；中國就是天下，天下就是世界，中國皇帝是天下的統治者。《詩經》裏說“普天之下，莫非王土，率土之濱，莫非王臣”，表達的也是這個意思。古代中國的這種天下觀念認為四柱擎天，天圓地方，中原處於天下的中心。從中原開始，中國向四周輻射，依行政管轄權的馳張，逐次形成了宗藩、朝貢國或外藩關係。隨著曆史發展，這幾種關係的範圍也在不斷變化。而其顯著特點就是所謂“華夷之辨”及其變化。“華夷之辨”認為，中原文化聲明文物，講究禮儀，而四周蠻夷落後荒陋。“內諸夏，外夷狄”，要嚴華夷之大防，隻有中原皇帝才能居臨天下，統領四方。但是華夷範圍與界線並不是固定不變的。春秋戰國時期，華夏僅限於黃河流域，荊楚還是南蠻，滿蒙則為北胡。到了清朝，滿清皇帝也反對南蠻北胡的華夷之論。雍正大帝親書《大義覺迷錄》說：
“不知本朝之為滿洲，猶中國之有籍貫。舜為東夷之人，文王為西夷之人，曾何損於聖德乎！……中國自古一統之世，幅員不能廣遠，其中有不向化者，則斥之為夷狄，如三代以上之有苗，荊楚，□狁，即今湖南、湖北、山西之地也，在今日而目為夷狄可乎？至於漢、唐、宋全盛之時，北狄西成世為邊患，從未能臣服而有其地，是以有此疆彼界之分。自我朝入主中土，君臨天下，並蒙古極邊諸部落俱為版圖，是中國之疆土開拓廣遠，乃中國臣民之大事，何等尚有華夷中外之論哉！”