關於駐藏大臣的政治地位，章程第十條規定，“駐藏大臣督辦藏內事務，應與達賴喇嘛、班禪額爾德尼平等，共同協商處理政事，所有噶倫以下的首腦及辦事人員以至活佛，皆是隸屬關係，無論大小都得服從駐藏大臣”；第十一條規定，“噶倫發生缺額需要補任時，從代本、孜本、強佐中考察各人的技能及工作成績，由駐藏大臣和達賴喇嘛共同提出兩個名單，呈報大皇帝選擇任命”。這是對從前改革中提高駐藏大臣地位的措施的明文規定或法律化。使駐藏大臣真正起到督辦藏務、代表中央的作用，並有法可依。
關於西藏地方的涉外權力，章程確立了外事集權於中央、一切對外交涉由駐藏大臣全權處理的辦法。如第十四條規定，毗鄰西藏的國家寫給西藏的行文及回文，“須以駐藏大臣為主，和達賴喇嘛協商處理”；“關於邊界的重大事務，更要根據駐藏大臣指示處理”；
“外方所獻貢物，需請駐藏大臣查閱”；“外方人員來藏時，各邊宗宗本須將人數登記，報告駐藏大臣，由江孜和漢官進行檢查後，準其前往拉薩”。
關於西藏的軍事與邊防，確立了正規藏軍體製。第四條規定：“以前前後藏都沒有正規軍隊，用時臨時征調，不僅缺乏戰鬥力，並且造擾人民，為害很大。這次呈請大皇帝批準，成立三千名正規軍；前後藏各駐一千，江孜駐五百，定日駐五百”；征兵名冊二份，“一份存駐藏大臣衙門，一份存噶廈”；第五條規定軍官選任由駐藏大臣與達賴喇嘛共同主持，並發給執照；第六條規定藏軍糧餉“由藏政府交給駐藏大臣分春秋兩季發給”；第十五條規定，在與尼泊爾邊界相聯的交通要道，樹立界碑，阻止雙方人員“隨意越界出入駐藏大臣出巡時要予以檢查”。
關於宗教方麵，確立了“金瓶掣簽”製度。第一條規定，達賴喇嘛、班禪喇嘛、各地活佛、呼圖克圖的靈童尋訪“由各呼圖克圖和駐藏大臣在大昭寺釋迦佛像前正式認定將靈童的名字及出生年月用滿漢藏三種文字寫於簽牌上，放進皇帝特賜的金瓶”抽簽。乾隆帝創立“金瓶掣簽”製的目的主要是為了消滅轉世製引起的宗教領袖與世俗權貴家族間的爭權奪利的弊端。後來的第十、十一、十二諸世達賴喇嘛都是經過金瓶掣簽認定的。這樣維護了黃教的興隆與蒙藏的穩定，有利於全國的統一。但是在晚清，隨著中央政府權力衰落，“金瓶掣簽”受到挑戰，主要體現在第十三世達賴的確認上。這一點卻被英人柏爾（Sir。Charles Bell）、理査遜（H。E。Richard-son）大書特書，以攻擊中國對西藏的主權是“虛名”的。
關於財政、金融和貿易方麵，章程規定西藏地方的賦稅、收支，由駐藏大臣與達賴喇嘛一起核査審批（第二十、二十一條）；西藏對周邊的商貿往來要報駐藏大臣衙門，由駐藏大臣簽發路證（第二條）；藏幣改鑄，由駐藏大臣派漢官會同噶倫對所鑄造之章卡（藏幣）進行檢查，藏幣正麵鑄“乾隆寶藏”字樣，邊緣鑄年號，背麵鑄藏文（第三條）。
關於司法審判，第二十五條規定，“對於打架、命案及偷盜等案件處理，可以緣依舊例”，但“須秉公辦理”。對噶倫、昂仔轄米本（相當於拉薩市市長）等利用權勢，無端加罪者，要呈報達賴，對“犯人所罰款項，必須登記，呈繳駐藏大臣衙門”，“對犯罪者的處罰，都須經駐藏大臣審批”。
總而言之，“二十九條”內容廣泛，規定明細，它總結了曆代中央政府管理西藏，特別是前清幾次改革的經驗，對於穩定西藏社會秩序，發展社會生產起到了良好作用；同時，章程鞏固了駐藏大臣在西藏的政治地位，使其真正與達賴完全平等，能夠製約噶倫，起到代表中央監督西藏地方政權的作用；章程還標誌著清政府在有效管理西藏事務方麵達到了成熟的階段，完全將西藏納入了封建國家法製的軌道。
具有諷刺意味性的是，有些人在論證西藏曆史地位時說：“西藏曆史上有自己的軍隊、貨幣和國旗，曆史上就是一個獨立國家，駐藏大臣不過是中國駐拉薩的大使”。但這些人為何有意回避“二十九條”呢？其理不言自明。因為對照“二十九條，”這種觀點不攻自破。
3.從國標法分析，“二十九條”不是保護性條約，而是中央政府行使主權的表現。國際法認為，主權是指一個國家獨立自主地處理對內對外事務的最高權力，是國家的根本屬性。對外權，指國家能夠獨立的、直接承受國際法上的權力與義務，如締結國際條約，建立外交關係，防止外來侵略；對內權指國家政府確立本國領土內的政治、經濟製度，法律、宗教體製以及社會文化發展的最高權力。國際法還認為，主權具有排他性，即主權不從屬於外來意誌與幹涉，因為主權者之間是平等的；對於外來侵略與威脅，本國可以進行防衛，以維護主權獨立領土完整。“二十九條”頒行的曆史背景正好反映了清廷中央對西藏行使排他性主權的性質。廓爾喀的兩次入侵使西藏人民深受戰亂之苦，乾隆帝出征討伐，打敗了入侵之敵，這正是清廷中央行使主權，維護國家統一的表現。
從前麵所述的章程內容來分析，“二十九條”更不是什麼確立中藏保護關係的條約。宗主國對被保護國一般要提供安全保護，防止外來入侵。但1793年中國平定廓爾喀侵藏不是到此為止，而是對藏政進行重大改革，頒行“二十九條”。這個章程，不僅規定了西藏的涉外權和軍事方麵由駐藏大臣掌握與監督的權力，而且規定了西藏的經濟、商貿、司法和宗教等方麵也由駐藏大臣與達賴共同治理。其規定如此的明細，不正反映了中國中央政府對西藏地方行使主權的兩個方麵嗎？
那麼，範普拉赫是如何從1793年的藏政改革中得出結論，認為中藏之間隻存在著某種保護性關係呢？首先，作者犯了削足適履的錯誤。他對1793年頒行“二十九條”的主要內容有意回避，隻稱，“1793年的改革”對“滿藏間的保護與被保護關係”作了規定：即清朝作為保護國，在供施關係的基礎上對自己的教主及其國家（西藏國）負有保護義務：“滿洲人幹預的性質程度，包括指派駐藏大臣作為西藏統治者與皇帝之間的居中人並負責西藏的外交事務，也屬於保護與被保護關係的典型內容。”範普拉赫這種斷章取義的作法是對“二十九條”的篡改，或是故意的回避與歪曲。按照這種裁剪方法去看清廷1793年的藏政改革，去分析“二十九條”，自然很容易得出範普拉赫的那個危險的結論（前已述）。
《欽定藏內善後章程》二十九條是清朝政府1793年整頓西藏政務的重要成果，它標誌著中國對西藏的施政達到了成熟的階段。無論從曆史還是從國際法的角度來看，“二十九條”都是中國中央政府加強對西藏地方主權管轄的表現，是總結元以來曆代王朝對西藏擁有完全主權的一個重要曆史與法律文獻。對於如此重要的文獻，某些學者或視而不見，或有意曲解，目的在哪裏？
第一，他們試圖用斷章取義的辦法，證明“二十九條”是一個保護性條約。它確立了中國對西藏的保護關係。這也是為了說明，西藏曆史以來就是一個獨立國家，即使在中國影響力最大的時期（18世紀），西藏也隻是一個中國的附屬國。
第二，他們要人們按照他們的分析框架去探討西藏問題的解決辦法。既然西藏曆史上是中國的被保護國，一直沒有失去國際人格，那麼，中國也應該象法國、日本等宗主國那樣允許自己的殖民地獨立。法國統治下的突尼斯及日本統治下的朝鮮早已擺脫了被保護的附屬國地位，成為擁有完全主權的國家。中國也應該允西藏獨立。這就是範普拉赫等人研究西藏曆史，曲解“二十九條”的真正目的。這也是他們研究曆史探討的解決西藏問題的所謂根本辦法。