在唐代，吐蕃王朝雖然與唐朝在政治上有密切的關係，兩次通婚、八次會盟，吐蕃王朝的統治者鬆讚幹布還曾接受唐朝的封爵和官職，但是唐朝並沒有在吐蕃直接派官、設治、施政，這是曆史事實。宋朝雖是對一部分藏族地區進行過一段時期的有效施政，但是當時全國總的形勢是分散的，是多民族政權對峙的時期，宋朝事實上未能把全國統一起來。到了元朝，形勢發生了根本變化，蒙古王室終於統一了全中國。在新的形勢下，全國藏族地區也由各地方勢力分裂割據進入一個比較穩定的統一局麵。元朝對包括西藏在內的藏族地區的施政，派官設治，清查戶口，設置驛站，征收賦稅、駐紮軍隊、處理糾紛等，使藏族人民和各兄弟民族、人民之間的關係，在原有的基礎上，又向前邁進了一步。元朝統一西藏，對西藏政治的安定，生產的發展，經濟文化的繁榮都起了促進作用。大量史實證明元朝的時候，不僅西藏地方是在元朝的直接治理下，就是領有西藏地方政權的薩迦昆氏家族也處在元朝中央的掌握之中，元朝可以對他們尊崇，也可以對他們處分。元朝統一了包括西藏在內的全國藏族聚居地區，並將西藏納入自己的直接治理之下，使西藏成為中國領土的一部分。這是發生在十三世紀中葉舉世公認的事實。
至於明清兩代，中央政府加強了對西藏的主權管理。特別是在清王朝統治時期，中國對西藏的管理已具備了較為完善的體製。1793年，清皇帝派大兵入藏平息廓爾喀的入侵以及頒布《藏內善後章程》二十九條，是中國在西藏行使主權的有力表現。“二十九條”是證明中國對西藏擁有主權管轄的法律文件，具有十分重要的意義。
關於西藏自13世紀以來就是中國領土這一曆史結論，流亡國外的西藏分裂集團及某些西方學者持否認態度，認為西藏統治者與中國統治者之間的關係是“供施關係”，是平等者之間的關係，與基督教世界的領導人看待教皇極為相似。還有人認為，清朝時，滿清皇帝與西藏達賴喇嘛的關係加強，中國與西藏之間存在著保護關係，1793年的《藏內善後章程》就是確立這種保護關係的條約。這兩種觀點都是對曆史與國際法的嚴重歪曲，是為“西藏自古獨立”論尋找曆史和法律依據的。
§§第二章 西藏問題的起源