關於西藏地位的問題，實際上是對中國對西藏主權地位的挑戰。這也是辛亥革命前後，所謂的“西藏獨立”問題產生的重要根源。1911年，中國發生了推翻滿清王朝的資產階級革命。就在這一時期，帝國主義侵華勢力，西藏上層的分裂分子，沆瀣一氣，陰謀勾結，鬧起了“西藏獨立”的活動。
英國改變策略，籠絡西藏上層
本來，以達賴為首的西藏上層統治集團對英國的侵略十分反對，仇視英國，以致1904年英軍侵入拉薩時，十三世達賴逃入內地避亂，並試圖依靠沙俄抗英。但因沙俄在日俄戰爭中慘敗，國勢不振，又因俄英訂立1907年反德同盟條約，所以沙皇對達賴要求其護駕歸藏的打算不敢勝任。正當達賴急於回藏之機，清政府在西藏大力推行“新政”。西藏攝政及眾僧俗官員力催達賴返藏，主持藏務。但是達賴不敢貿然前行，要視英國人眼色而定。此時英國改變了策略，表示隻要達賴不反英，就不阻止他返回拉薩。1908年10月20日，英國駐華公使朱爾典在北京雍和宮會見達賴。雙方達成妥協。達賴決定返藏。
1909年11月，達賴抵達拉薩。但是，此時清政府改革藏政的政策受到達賴及西藏上層的強烈反對。駐藏大臣聯豫的新政措施和趙爾豐改土歸流，從根本上觸動了西藏農奴主和宗教統治者的既得利益，引起了西藏僧俗官員的極大不滿。藏局出現危機。清廷乃決定趙爾豐為駐藏大臣兼川滇邊務大臣，並派鍾穎率二千川軍入藏。達賴恐懼萬分。竟然致電英俄公使，指責趙爾豐、聯豫的新政旨在消滅宗教，請求各國公使向清廷提出抗議。
1910年2月12日，川軍入藏。同日，達賴率親信逃往印度，請求英國保護，助其抵抗中國。達賴亡印後，英國處處籠絡。英印總督明托、英國駐哲孟雄行政官員貝爾多次會晤達賴，秘商對策。並由英方預備館舍，供應一切，“未及兩年，達賴與藏員盡為所愚，而傾向維殷矣。”貝爾也說：“達賴及其大臣今忽傾向於素來仇視之人，此為前所未有，數年前萬萬不能望此也”。1910年3月14日，達賴前往加爾各答，會見印督明托，表達了他本人對英印當局“至深的感激”和“至切的依存”，並希望英方擊退中國勢力，讓西藏得以“友邦的資格與中國直接談判”。達賴落入英人之手，促成了英國侵略西藏策略的轉變。
英國之所以改變過去對西藏的武裝侵略，轉而拉攏達賴，就其主要原因有：一是英印政府認為自己在西藏的主要利益是邊界問題和商業利益，兩者都不是通過武力能得以長期解決的。二是自1888年第一次印藏戰爭以來，達賴對英國的武裝入侵從不屈服。因此采取懷柔政策更有利於維持和發展英國在西藏的勢力與利益。
英國改變策略，籠絡西藏上層統治者，這是由其帝國主義殖民擴張政策的兩麵性決定的。而在西藏上層，為什麼有部分人，甘心受人拉擾，幹起分裂國家的勾當呢？這與晚清中央政府在英國幾次侵藏戰爭中執行妥協政策出賣藏人利益有關，也與清廷強製推行藏政改革緊密聯係。
在1888年英國第一次侵略西藏戰爭中，西藏人民對侵略者進行了頑強抵抗。三大寺僧眾致信駐藏大臣表示：“縱男絕女盡，情願堅持力拒，複仇抵禦。”然而，清廷中央腐朽無能，受到英國的牽製，不敢積極支持西藏人民的反英鬥爭，反而將極力主張抗英的駐藏大臣文碩撤職，並力促西藏地方政府與英人妥協，訂立喪權失地的中英印藏條約（1890）及其續約（1893）。從此西藏官民對清廷極懷不滿。1904年，英國人發動了第二次侵藏戰爭。西藏人民同樣進行了英勇的反抗。清廷在英國外交壓力下，又沒有給西藏抗英鬥爭以實質性援助。西藏地方被迫再次訂立城下之盟。在這次戰爭中，十三世達賴逃離拉薩，亡命內地，希求朝廷支持，返回西藏。但是，清廷不僅沒有給予有力支持，反而在達賴覲見光緒帝的禮遇上為難達賴，使其大為不悅。再者，清廷在其滅亡前夕在西藏推行強製性的改革，派兵入藏等有背西藏實際與傳統，亦受到西藏僧俗官員的強烈反對。
這一切，都給英國殖民者改變侵藏手法以可乘之機，使英人有可能開始從西藏統治集團內部扶植或收買一部分民族分裂主義分子，在幫助“西藏自治”的響亮口號下，迷惑人們，從而轉移西藏人民的鬥爭目標，將反英反帝轉變為反漢驅滿、分裂祖國。
晚清整頓藏務及其後果
經過1900年的義和團之變及八國聯軍的侵略後，清廷已處於風雨飄搖之中。麵對內憂外患，晚清政府不得不在全國範圍內推行改革措施，企圖挽救其封建統治。在西藏，自1904年英國武裝進藏、訂立城下之盟後，清廷因其遷就妥協的投降外交，中央政府在西藏人民心目中的威望急劇下降。對於西藏危局，清政府中一些開明之士力主整頓，推行改革，防止帝國主義繼續侵犯西藏，鞏固中國對西藏的主權。這樣自1906年開始到1911年清王朝滅亡，在五年時間裏，清政府大力整頓藏務。其中以張蔭棠查辦藏事、及趙爾豐改土歸流影響深遠。
1906年4月，張蔭棠入藏，經過調查，向清朝中央參奏了某些駐藏大臣腐敗無能、昏庸誤國的罪行，揭發了駐藏大臣有泰在西藏人民抗英鬥爭中坐誤時機、對西藏人民抗英鬥爭采取釜底抽薪、任其戰、任其敗的投降政策。清政府於1906年11月29日發布了革職，査辦有泰等十餘名滿漢官員的命令。西藏人民拍手稱快，稱讚張兩棠為西藏清除時弊，嚴肅法紀，製裁貪官汙吏的行動。張蔭棠在西藏人民中的威信大大提高。
1907年2月，張蔭棠向清朝政府提出了“治藏大綱二十四款”，即“傳諭藏眾善後問題二十四款”，並得到了清朝中央的批準。治藏大綱主要內容是：優待達賴、班禪；恢複藏王體製，由漢官監督；設置西藏行部大臣，另設會辦大臣，統管全藏；調北洋新軍六千駐藏，調內地武備生來藏訓練藏兵十萬；架通巴塘至拉薩電線，修好打箭爐、江孜、亞東的牛車路；廣設漢文學堂；準許漢藏軍民開礦；革除西藏人民的繁重差役和苛刻刑罰；試種茶樹，以抵製印茶的輸入；在各鹽井處設局征稅，製定畜產品進出口稅則；前後藏台站設巡警；創辦漢藏文白話報；擴充拉薩製械廠；設立銀行；由清政府每年撥款二百萬，作為“新政”經費。同年3月，張蔭棠根據“二十四款”，責令西藏地方政府設立了交涉、巡警、督練、鹽茶、財政、工商、路礦、學務、農務等九個局，作為執行新政的常設機構。
此外，他還頒發了《訓俗淺言》和《藏俗改良》兩本小冊子，把漢族曆代統治階級的封建倫理道德搬到西藏來，作為建設西藏，改革藏俗的指南，譯成藏文散發西藏各地。張蔭棠為了改變西藏經濟文化落後麵貌，還提出了招募、訓練藏兵、發展西藏農工商業、開發礦源、便利交通、發展教育衛生等一係列具體措施。
張蔭棠的治藏行動曾引起了繼任駐藏大臣聯豫的嫉恨和朝廷中一部分滿族貴族的猜忌。聯豫向朝廷彈劾張蔭棠。清廷諭：“風聞張蔭棠有令喇嘛盡數還俗，改換洋裝之事”，“藏番迷信宗教，如果操之太急，深恐激成事變。”因此，清政府也認為張蔭棠的言行過於偏激而不合西藏時宜，遂於1907年5月調他前往印度西姆拉，與英國代表會談“所有亞東關升埠各事宜”。6月，張蔭棠將西藏一切軍政事務移交給赴任的駐藏大臣聯豫後，離開了西藏。
張蔭棠被調離西藏後，聯豫繼續在西藏施行“新政”。1909年（清宣統元年），聯豫和駐藏幫辦大臣溫宗堯向清政府稟奏《會奏籌備西藏一切事宜摺》，提出了他們的“新政綱領”。其主要內容是：請清政府調派四川知府鍾穎統領川軍入藏，鎮壓西藏人民的反抗；將察木多（昌都）撥歸趙爾豐管轄；開采礦山，招商承辦；開辟江孜、亞東、噶大克等地為商埠；籌墾荒地；興辦學堂；開設武備速成學堂；招募達木蒙古和三十九族人加以訓練；添設參讚一員駐紮後藏，以監督防範後藏人民，並總監三埠；發放路票，限製西藏僧俗出入，等等。這些“新政”引起了西藏各階層和僧俗人民的強烈反對。西藏人民采取停止和封鎖聯豫等人駐藏官吏的生活供應的辦法，進行反抗。在西藏人民的堅決反對下，聯豫在西藏的“新政”措施隨之而中止。
在張蔭棠查辦藏事的同時，趙爾豐也在川、康兩省大力推行改土歸流。1904年，英帝國主義武裝侵略西藏後，清政府為鞏固川、康兩省地區的安寧，特派駐藏幫辦大臣鳳全前往西藏，會同駐藏大臣有泰說服西藏地方政府將過去占據的瞻對（四川新龍）地區“獻諸朝廷”。清政府答應回贈給達賴一部分金銀作為酬答。鳳全在去西藏途中經過巴塘，看到當地上層和寺院喇嘛在藏民中有很大權威，認為隻有在川康地區實行改革，才能削弱土司和寺院喇嘛的權力，加強對藏族人民的鎮壓。1905年，他向清政府建議要限製喇嘛寺院的人數，每寺不得超過三百人，並規定在二十年內禁止藏民出家為僧。鳳全的這些主張，激起了當地人民和寺院的極大反感，尤其是他處處袒護洋人和外國教堂、壓製和歧視寺院喇嘛的媚外行徑，更使僧侶憎恨，從而矛盾日漸加深。1905年2月，巴塘土司和丁林寺喇嘛聚眾燒毀了法國教堂，殺死了兩名傳教士，接著又殺死了駐藏幫辦大臣鳳全及其隨行人員，搗毀了糧台衙門。鬥爭的風潮，很快就波及到理塘和川、滇交界地帶，給清政府在川邊的統治和西藏的穩定造成了巨大的威脅。
1905年夏，清政府派建昌道尹趙爾豐和四川提督馬維騏，帶兵前往“征剿”，先後鎮壓了巴塘、理塘人民的反抗鬥爭。7月，因趙爾豐“征剿有功”，奉旨升任川滇邊務大臣兼駐藏辦事大臣。從此，他大膽整頓西藏政務，直到清朝被推翻為止。這六七年間，趙爾豐采取軍事、政治措施，廢除了明正（康定）、德格、巴塘、理塘、瞻對、察木多（昌都）、乍丫（察雅）等大小土司及其他地方勢力，並在昌都以西，北到三十九族地區，南至桑昂曲宗（察隅）的西藏東部藏族地區，都改派流官治理。明令這些地區的各族僧俗百姓，以後一體接受清政府派來的官員統治，不許再聽命於本地土司和上層僧俗頭人。趙爾豐為了取締喇嘛製度，還為各寺院強行規定了喇嘛人數，對寺院的土地亦如同其它田產一樣，一律征收賦稅，同時廢除了寺院向藏民攤派各種負擔和幹預地方行政的權力。除此之外，他還在生產、交通、教育等方麵提出了一係列的改革措施。
趙爾豐實行的改土歸流政策，加強了中央與西藏、川康地區的聯係，衝擊了這些地區的封建農奴製，削弱和打擊了僧侶農奴主的統治權勢，促進了當地生產的發展和與祖國內地經濟文化的交流。但是，趙爾豐的改革，沒有也不可能從根本上觸動封建農奴製度，他所頒行的廢除烏拉差役、清查戶口、土地以及征糧納稅等一係列改革的措施，都沒有實行。因此，他的“改土歸流”的政策，沒有給廣大西藏人民多少益處。他所創辦的官立義務學校，完全采取大漢族主義的同化教育手段，強迫五六歲的藏族兒童入學讀書，使用漢語漢文教學，強迫藏族子弟學習“官話”（漢語）、曆史、地理、唱歌等各種學科，並要改從漢名，改變原有的宗教信仰、婚喪、服飾等風俗習慣，因而在藏族地區根本行不通。
張蔭棠本人是一位頗具民族意識的有識之士，他受到西方資產階級工業革命和變法維新思想的影響，他提出的改革措施如能實現，對西藏人民是有利的。趙爾豐在藏東改土歸流也是這樣。但是他們的政策從總體上講是一種民族壓迫政策，必然引起西藏上下僧民的不滿。張蔭棠一再強調“收回政權”，實際上就是奪取達賴的權力完全歸駐藏大臣掌握。趙爾豐改土歸流，實際上就是同化藏人。這些新政措施因為有違西藏的實際，與西藏各階層人民意願相反，所以得不到噶廈的實行。
此外，清政府整頓藏務，也加劇清廷與西藏上層矛盾，使達賴十三世逐步投入帝國主義懷抱，給帝國主義拉籠西藏上層，培植親帝勢力以可乘之機。1908年11月，當達賴返藏之時，趙爾豐正在西康大力推行改土歸流。同時清政府擬選川軍精兵二千入藏。趙爾豐因“改土歸流”有功，被任命為駐藏大臣。趙爾豐入藏，無疑宣布西藏本土也將實行改土歸流。這兩項措施立即遭到達賴反對。他向北京的各國公使呼籲“撤退川軍”，希望英法日俄“幹涉中國”“為之聲援”。而清廷置之不理，川軍繼續進藏。結果，達賴再次出逃。但不是出逃內地而是逃亡印度——他過去的敵人。此後在相當長的一段時間裏，達賴執行了親英的政策。尤其在辛亥革命全國動蕩時期，達賴的這一錯誤政策給英帝國侵略西藏提供了難逢的機遇。